Bahagian Kedua:Varian Risiko Biasa dalam NPHS1 Dan TNFSF15 Dikaitkan Dengan Sindrom Nefrotik sensitif Steroid Kanak-kanak

Hubungi: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mel:audrey.hu@wecistanche.com

Sila klik di sini untuk Bahagian Satu

Varians dijelaskan oleh semua varian autosomal dalam kajian semasa

Kebolehwarisan yang diperhatikan bagi SSNS zaman kanak-kanak yang dijelaskan oleh varian seluruh genom dianggarkan 41.1 peratus (14.0 peratus ). Kebolehwarisan pada skala liabiliti ialah 14.8 peratus (5.0 peratus ), dengan mengandaikan kelaziman populasi sebanyak 0.016 peratus . Memandangkan perkaitan kuat rantau HLA, kebolehwarisan yang diperhatikan dianggarkan 31.6 peratus (13.6 peratus), dan ia menjadi 11.4 peratus (4.9 peratus) selepas transformasi apabila varian pada kromosom 6 dikecualikan. Varian biasa (MAF > 5 peratus ) menjelaskan 88 peratus –90 peratus kebolehwarisan penyakit (Jadual Tambahan S21; Rajah Tambahan S10).

Cistanche boleh membantu dengan Sindrom Nefrotik

PERBINCANGAN

GWAS Jepun sekarang dengan saiz sampel terbesar setakat ini dan replikasi dalam berbilang populasi benua mengenal pasti varian biasa di kawasan NPHS1 dan TNFSF15 sebagai faktor kerentanan baharu untuk SSNS kanak-kanak. Analisis pasca-GWAS lokus kromosom 19 mengenal pasti mekanisme transkrip yang berpotensi di mana haplotip risiko NPHS1 boleh menyumbang kepada penyakit. Akhir sekali, saiz sampel yang lebih besar memperkasakan pemetaan halus tambahan lokus HLA yang telah dikaitkan sebelumnya.16 Secara keseluruhannya, penemuan ini berkembang dengan ketara dan meningkatkan pemahaman kita tentang latar belakang genetik SSNS zaman kanak-kanak. Mereka mengenal pasti nefrin, ahli superfamili faktor nekrosis tumor sitokin proinflamasi 15 (TNFSF15), dan molekul berkaitannya sebagai sasaran baharu untuk siasatan biologi untuk lebih memahami SSNS dan berpotensi untuk pembangunan terapeutik. Akhir sekali, perkaitan dengan varian biasa dalam lokus NPHS1 memberikan satu lagi contoh yang menunjukkan bahawa gen penyakit buah pinggang Mendelian boleh menyimpan varian kerentanan untuk penyakit multifaktorial yang lebih biasa (SSNS).

Mutasi yang jarang berlaku dalam NPHS1 menyebabkan kongenitalsindrom nefrotikdaripada jenis Finland, monogenik yang jarang berlakusindrom nefrotik that is steroid-resistant and has a poor renal prognosis.26 Surprisingly, the present study revealed that variants in NPHS1 are associated with susceptibility to SSNs. Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the sig- nificant SNPs in the NPHS1 locus was the synonymous variant rs2285450 (c.294 C>T) dalam ekson 3. Sebelum ini, Sun et al. melaporkan kekerapan yang lebih tinggi daripada alel minor rs2285450 dalam sporadis Cinasindrom nefrotikpesakit dari Singapura berbanding dalam kawalan (20 peratus lwn. 13 peratus , P ¼ 0.025) dan menunjukkan bahawa alel risiko mengakibatkan penurunan keupayaan untuk menghalang arus TRPC6 dalam sel HEK293-M1 melalui tampalan- pengapit,yang mungkin menyumbang kepada kerentanan kepada proteinuria.27,28 Kajian ini menyediakan sokongan bebas untuk rs2285450 sebagai faktor risiko untuk SSNS dan mencadangkan mekanisme alternatif untuk kerentanan terhadapsindrom nefrotikmemerlukan siasatan lanjut.

Menggunakan data transkriptomi genetik dan glomerular manusia yang berpasangan, kami tidak melihat perbezaan dalam jumlah ekspresi NPHS1 sebagai fungsi haplotip risiko ini. Walau bagaimanapun, data RNA-seq membenarkan pemerhatian ASE yang ketara mengakibatkan ekspresi NPHS1 yang lebih rendah daripada haplotip yang melindungi alel risiko (Rajah Tambahan S11). Beberapa varian risiko di lokus ini adalah sinonim dengan perubahan eksonik dalam NPHS1. Oleh itu, kami lebih menumpukan pada NPHS1 dan tidak meneruskan perbincangan tentang peranan KIRREL2 dalam mekanisme penyakit yang berpotensi. Kerja masa depan harus termasuk: (i) mengesahkan pemerhatian ini pada pesakit tambahan dengan genotaip dan data ekspresi buah pinggang; dan (ii) memperoleh pemahaman mekanistik tentang bagaimana ASE NPHS1 ini menyumbang kepada atau menyebabkan perkaitan dengan SSN yang kami perhatikan. Hipotesis yang berpotensi untuk disfungsi termasuk: (i) peningkatan beban pada sel untuk menghasilkan jumlah nefrin yang diperlukan daripada kromosom rujukan, yang membawa kepada tekanan selular dan peningkatan kerentanan kepada kecederaan; dan (ii) protein nefrin yang berpotensi tidak berfungsi yang dihasilkan daripada haplotaip risiko (cth, melalui pengubahsuaian pascatranslasi pembezaan) mengakibatkan halangan penapisan glomerular yang tidak normal.

Polimorfisme genetik pada lokus 9q32 dikaitkan dengan beberapa penyakit autoimun dan keradangan.23,29–31 Gen penyebab penyakit yang paling mungkin dalam 9q32 ialah TNFSF15, yang mengekod TNFSF15. Dalam kajian ini, perkaitan penting rs4979462 telah direplikasi secara bebas dan diperkukuhkan lagi dengan meta-analisis transetnik. Sebelum ini, Hitomi et al.32 mengenal pasti rs4979462 sebagai varian berfungsi dengan analisis fungsi in vitro menggunakan ujian luciferase dan ujian anjakan mobiliti elektroforesis. Ujian anjakan super menjelaskan bahawa alel risiko (T) rs4979462 menghasilkan tapak pengikat NF{16}} yang baru.32 Selain itu, beberapa laporan telah menunjukkan bahawa alel risiko rs4979432 mempengaruhi tahap ekspresi mRNA TNFSF15.30, 32 Kajian lanjut diperlukan untuk mengesahkan perkaitan TNFSF15 dengan SSNS pada kanak-kanak.

Dalam kajian ini, varian dalam lokus NPHS1 dan TNFSF15 telah dikenal pasti dan direplikasi terutamanya dalam populasi Asia Timur (Jepun dan Korea) dan Asia Selatan, di mana insiden penyakit yang lebih tinggi telah dilaporkan. Sebaliknya, kekerapan alel risiko calon SNP dalam NPHS1 jarang berlaku pada orang keturunan Eropah (Jadual 1). Penemuan ini mungkin menjelaskan sebahagian perbezaan epidemiologi di kalangan populasi dari perspektif polimorfisme yang berkaitan dengan penyakit. Perbezaan ini diilustrasikan lagi dengan ketiadaan isyarat penting dalam set data Jepun kami di wilayah CALHM6/FAM26F dan PARM1, yang dikesan dalam kohort homogen keturunan Eropah.15,17

Dengan sumbangan utama gen HLA-DR/DQ, set gen kompleks protein kelas II kompleks histokompatibiliti utama dan aktiviti reseptor kelas II kompleks histokompatibiliti utama sangat dikaitkan dengan penyakit ini. Tindak balas imun semula jadi juga dikenal pasti sebagai set gen yang ketara dengan kesan sederhana. Sistem imun semula jadi termasuk pengaktifan sel profesional (sel pembentang antigen dan sel B/reseptor seperti Tol), serta sistem imun adaptif, di mana molekul HLA memainkan peranan penting, terlibat dalam proses dan tindak balas penyakit. kepada rawatan.33,34

Sekitar 90 peratus daripada kebolehwarisan SSNS zaman kanak-kanak disumbangkan oleh varian biasa, walaupun varian dengan frekuensi alel yang agak jarang berlaku (MAF: 0.5 peratus –5 peratus ) turut diambil kira. Walau bagaimanapun, sebahagian besar kebolehwarisan penyakit masih tidak diketahui. Varian lain yang berkaitan dengan penyakit di kawasan bukan HLA mungkin dikenal pasti melalui kajian menyeluruh genom masa depan dengan saiz sampel yang lebih besar, terutamanya untuk pesakit Eropah dan keturunan bukan Asia Timur yang lain, kerana polimorfisme yang berkaitan dengan penyakit di kawasan bukan HLA masih sebahagian besarnya. tidak diketahui.

Dalam kajian ini, saiz sampel dalam kohort replikasi dengan keturunan yang berbeza telah mengehadkan kuasa untuk replikasi isyarat dengan saiz kesan yang lebih kecil. Stratifikasi populasi mungkin wujud dalam peringkat replikasi kerana kekurangan pelarasan. Selain itu, kesan kelompok mungkin berlaku antara kes dan kawalan apabila frekuensi alel daripada pangkalan data awam digunakan sebagai kawalan padanan populasi.

Ringkasnya, penemuan di sini menyediakan lokus SSNS baharu. Lokus NPHS1, khususnya, menyediakan konsep baharu yang provokatif untuk patogenesis penyakit, menghubungkan dan mengukuhkan paradigma baru muncul dalam nefrologi—dalam gen tertentu yang mengandungi varian Mendelian, alel yang lebih biasa boleh meningkatkan kerentanan kepada penyakit multifaktor, poligenik, seperti yang ditunjukkan sebelum ini untuk UMOD, COL4A3 dan NPHS2.26,35-41 Akhir sekali, penemuan semasa sekali lagi menekankan kepentingan menjalankan penyelidikan genomik dalam populasi yang pelbagai. Dengan berbuat demikian, kami menemui SNP khusus yang berkemungkinan lebih memberi impak kepada populasi Asia Timur dan Selatan, sambil mengenal pasti gen dan lokus yang mungkin penting dalam semua populasi, yang kami akan buta secara statistik jika menggunakan kohort penemuan Eropah.

KAEDAH

Lihat Kaedah Tambahan untuk butiran tambahan.

Sampel: Dalam peringkat penemuan, 1018 pesakit Jepun didiagnosis dengan SSNS zaman kanak-kanak (usia permulaan<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotaip dan imputasi genom keseluruhan dalam peringkat penemuan

Dalam peringkat penemuan, 1018 kes dan 3331 kawalan telah digenotip menggunakan tatasusunan Affymetrix Japonica.42 Sembilan belas sampel dikecualikan oleh kadar panggilan yang rendah (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" pro-="" cess.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute443="" (version="" 2.3.1)="" using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="" info="">score >0.5. Kawalan kualiti telah dijalankan menggunakan ambang berikut: kadar hilang individu<3%, single-nucleotide="" variant/insertions,="" and="" deletions="" call="" rate="" $97%,="" maf="" $0.5%,="" and="" hardy-="" weinberg="" equilibrium="" p="" $="" 0.0001="" in="" healthy="" controls.="" an="" identical-="" by-descent="" test="" was="" performed="" using="" a="" threshold="" of="" pi-hat="">{{{0}}.1875. Analisis komponen utama dilakukan menggunakan analisis ciri kompleks seluruh genom (versi 1.26.0)44 untuk kes, kawalan, dan data HapMap Fasa III (113 CEU [populasi Eropah barat laut], 113 YRI [Yoruba dalam

Ibadan, Nigeria], 84 CHB [orang Cina Han di Beijing, China] dan 86 JPT [penduduk Jepun di Tokyo, Jepun]); sampel yang dikenal pasti sebagai outlier telah dikecualikan (Rajah Tambahan S1A-E).

Analisis persatuan seluruh genom dalam peringkat penemuan

Analisis persatuan seluruh genom dan analisis bersyarat berasaskan varian nukleotida tunggal telah dijalankan menggunakan regresi logistik, pelarasan untuk jantina dan 4 komponen utama pertama (PC1 hingga PC4) oleh PLINK 1.9. Pakej r "qqman" telah digunakan untuk menjana plot Manhattan dan QQ. Plot serantau dijana menggunakan Locuszoom (1000 Genom Nov 2014 ASN digunakan sebagai rujukan ketidakseimbangan hubungan).45

Ujian berasaskan gen dan analisis set gen

Ujian berasaskan gen dan analisis set gen dilakukan oleh MAGMA v1.646 (dilaksanakan melalui FUMA47). Pangkalan data Genotype-Tissue Expression (GTEx)48 dan NephVS eQTL Browser (NephQTL)21 telah digunakan untuk mencari eQTL yang mempengaruhi ekspresi pelbagai gen dalam pelbagai tisu dan tisu khusus buah pinggang.

Replikasi calon SNP

Replikasi telah dijalankan dalam berbilang populasi. Peserta dalam dataset Korea telah direkrut dari Korea Selatan. Kohort MWPNC termasuk 181 pesakit keturunan Asia Selatan direkrut dari AS dan Sri Lanka, 158 pesakit keturunan Afrika direkrut dari

Rajah 4| Ekspresi mRNA NPHS1 glomerular dalamSindrom nefrotikkohort Rangkaian Kajian (NEPTUNE). ( a ) Serpihan NPHS1 per kilobase juta ekspresi membandingkan sampel dengan berbanding tanpa haplotip risiko NPHS1. Sampel dengan haplotaip risiko NPHS1 tidak menunjukkan tahap ekspresi yang berbeza secara ketara (ujian Wilcoxon, P ¼ 0.39). (b) Ekspresi khusus alel (ASE) membandingkan sampel dengan berbanding tanpa haplotip risiko NPHS1. ASE ¼ |0.5 – (haplotaip A / jumlah bacaan)|. Pada pesakit dengan alel risiko, haplotype A mempunyai semua 5 varian risiko NPHS1; pada pesakit tanpa haplotip risiko, haplotip A dipilih secara rawak daripada 1 daripada 2 haplotip mereka. Sampel dengan kurang daripada 2 polimorfisme nukleotida tunggal heterozigot atau di bahagian bawah 10 peratus daripada jumlah kiraan ditunjukkan dalam warna kelabu. Sampel dengan haplotaip risiko NPHS1 menunjukkan ekspresi spesifik alel yang ketara dengan ekspresi haplotaip risiko yang lebih rendah (ujian Wilcoxon, P ¼ 9.3E–4). CPM dikira setiap juta.

AS dan Nigeria, dan 63 pesakit Eropah dan 27 Hispanik telah diambil dari AS. Kohort NEPHROVIR termasuk 132 kanak-kanak Eu-Eropah, 56 Afrika, dan 85 Maghrebian dengan SSNS, direkrut di kawasan Paris; 2000 kawalan Eropah dari 3 bandar dan 454 kawalan daripada kohort Afrika 1000G dan 261 kawalan Maghribi digunakan sebagai kawalan padanan populasi, masing-masing. Kohort Itali dan Sepanyol (ItSpa) terdiri daripada 112 pesakit Eropah dari Itali dan Sepanyol dan 552 kawalan daripada kohort Eropah 1000G. Maklumat terperinci mengenai set data setiap populasi ditunjukkan dalam Kaedah Tambahan dan Jadual 1.

Dalam peringkat replikasi, regresi logistik dilakukan dalam dataset Korea menggunakan data genotip individu. Nilai P dikira oleh ujian c2 Pearson atau ujian tepat Fisher dalam kohort MWPNC dan pangkalan data awam. Untuk sel ¼ 0 dalam ujian c2, 0.5 telah ditambahkan pada setiap satu daripada 4 sel untuk mengira OR, ralat piawai (SE) dan selang keyakinan 95 peratus. Dalam set data NEPHROVIR dan ItSpa, analisis persatuan telah dijalankan di bawah model aditif.

Meta-analisis transetnik

Meta-analisis transetnik telah dijalankan menggunakan kaedah varians songsang berdasarkan model kesan tetap atau rawak oleh "META."49 Heterogeniti dipertimbangkan apabila ujian Cochran Q mempunyai nilai P < 0.10.="" pita=""><5e-08 dianggap="" sebagai="" ambang="" kesignifikanan="" luas="" genom="" untuk="" analisis="">

Analisis ASE dalam kohort NEPTUNE

Jumlah RNA daripada biopsi glomerular dan 30X penjujukan keseluruhan genom telah dilakukan pada 269 dan 625 sampel daripada NEPTUNE20 (lihat data tambahan20 untuk butiran lanjut). Varian pada kromosom 19 telah ditapis, mengeluarkan MAF < 0.0001,="" sisipan="" dan="" pemadaman,="" skor="" kualiti="" genotip="">< 20,="" dan="" hilang=""> 10 peratus . Varian telah berperingkat-peringkat dengan Eagle v2.4.150 pada Michigan Imputation Server51 menggunakan panel rujukan 1000 Genomes Fasa 3.52 Sampel yang mengandungi kesemua 5 kromosom 19 alel risiko (rs56117924, rs2073901, rs412285firs, rs412285, rs. Kuantiti gen (Log2CPM) dikira dengan kaedah penormalan nilai M (TMM) yang dipangkas tepiR.53 NPHS1 dan kawasan intergenik 1KB di sekelilingnya (chr19: 36,315,274–36,343,895) ditumpukan secara khusus daripada bam. Fail bam NPHS1 dan penjujukan genom keseluruhan berfasa telah dimasukkan ke dalam phASER54 untuk melaksanakan fasa haplotaip. Disebabkan hotspot penggabungan semula yang tinggi dalam NPHS1, kami mendapati fasa rs2071347 yang tidak konsisten (NPHS1, exon 26) apabila membandingkan panel rujukan dan kaedah hiliran yang berbeza, dan oleh itu menganalisis panel rujukan yang berbeza dari hiliran. Kami menggunakan phASER untuk mengira ungkapan khusus haplotype dengan menjumlahkan kiraan RNA-seq merentas semua SNP heterozigot. Sampel dengan kurang daripada 20 jumlah bacaan merentas NPHS1 telah dialih keluar. Untuk 187 sampel yang tinggal, kami dikiraASEsebagaij0.5 – (haplotaip A / jumlah bacaan)j. Pada pesakit dengan haplotype risiko, haplotype A mempunyai semua 5 varian risiko NPHS1; pada pesakit tanpa haplotip risiko, haplotip A dipilih secara rawak daripada salah satu daripada 2 haplotip mereka. Kami kemudiannya membandingkan ASE dan ekspresi gen untuk sampel dengan dan tanpa ciri-plotaip dengan Wilcoxonrank-sumtestinR. Jumlah bacaan dan bilangan SNP heterozigot yang menyokong berbeza-beza merentas sampel. Sampel dengan kuasa yang lebih rendah untuk mengesan ASE, kurang daripada 2 SNP heterozigot, atau dalam 10 peratus bahagian bawah jumlah bacaan tetap disertakan untuk kesempurnaan dan ditunjukkan sebagai titik kelabu dalam Rajah 4a dan b.

pemetaan halus HLA

Kaedah untuk imputasi HLA dan genotaip HLA ditunjukkan dalam Kaedah Tambahan.

Pengiraan kuasa

Kuasa penemuan GWAS (987 kes dan 3206 kawalan) telah dikira menggunakan pakej R "CATS".55 Dengan mengandaikan kelaziman penyakit sebanyak 0.016 peratus , kuasa kajian dikira secara berasingan di bawah model tambahan untuk varian dengan kekerapan alel 0.5 peratus, 5 peratus, dan 50 peratus, dengan ambang keertian ¼ 5E–08 (Tambahan Rajah S2). Penganggar Saiz Sampel Dalam Talian Institut Bioinformatik56 digunakan untuk menganggar kuasa replikasi bagi setiap

calon SNP.

Anggaran kebolehwarisan

Warisan penyakit yang dijelaskan oleh varian seluruh genom dianggarkan menggunakan analisis ciri kompleks seluruh genom43,57 (analisis ciri kompleks seluruh genom—kaedah LDMS), dengan mengandaikan kelaziman penyakit sebanyak 0.016 peratus dalam populasi Jepun. Semua varian yang lulus prosedur kawalan kualiti selepas imputasi genom keseluruhan dimasukkan dalam analisis. Varian dikumpulkan sebagai varian biasa (MAF > 5 peratus ) atau varian tidak biasa (0.5 peratus < maf="" #="" 5="" peratus="" )="" apabila="" membuat="" matriks="" hubungan="" genetik="" semasa="" pengiraan.="" butiran="" ditunjukkan="" dalam="" kaedah="">

LAMPIRAN

Konsortium Penyelidikan mengenai Genetik Idiopatik Kanak-kanakSindrom nefrotikdi Jepun

Yoshinori Araki, Yoshinobu Nagaoka, Takayuki Okamoto, Yasuyuki Sato, Asako Hayashi, Toshiyuki Takahashi, Hayato Aoyagi, Michihiko Ueno, Masanori Naka- nishi, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Norio Kobayashi, Shoji Fujita, Kazushi Tsuruga, Naonori Kumagado, Hirokori Kumagai Eriko Tanaka, Tae Omori, Mari Okada, Yoshiho Hatai, Tomohiro Udagawa, Yaeko Motoyoshi, Kenji Ishikura, Koichi Kamei, Masao Ogura, Mai Sato, Yuji Kano, Motoshi Hattori, Kenichiro Miura, Yutaka Harita, Shoichiro Kanda, Emi Sawanobori, Anna Kobayashi , Manabu Kojika, Yoko Ohwada, Kunimasa Yan, Hiroshi Hataya, Riku Hamada, Chikako Terano, Ryoko Harada, Yuko Hamasaki, Junya Hashimoto, Shuichi Ito, Hiroyuki Machida, Aya Inaba, Takeshi Matsuyama, Miwa Goto, Masaki Shimizu, Kazuhide Ohta, Yohei Ikezumi, Takeshi Yamada, Toshiaki Suzuki, Soichi Tamamura, Yukiko Mori, Yosh- ihiko Hidaka, Daisuke Matsuoka, Tatsuya Kinoshita, Shunsuke Noda, Masashi Kitahara, Naoya Fujita, Satoshi Hibino, Kazumoto Iijima, Kandai Nozu, Hiroshi Kaito, Shogo Minamikawa, Tomohiko Yamamura, China Nagano, Tomoko Hori- nouchi, Keita Nakanishi, Junya Fujimura, Nana Sakakibara, Yuya Aoto, Shinya Ishiko, Ryojiro Tanaka, Kyoko Kanda, Yosuke Inaguma, Yuya Hashimura, Shingo Ishimori, Naohiro Kamiyoshi, Takayuki Shibano, Yasuhiro Takeshima, Rika Fuji- maru, Hiroaki Ueda, Akira Ashida, Hideki Matsumura, Takuo Kubota, Taichi Kitaoka, Yusuke Okuda, Toshihiro Sawai, Tomoyuki Sakai, Yuko Shima, Taketsugu Hama, Mikiya Fujieda, Masayuki Ishihara, Shigeru Itoh, Takuma Iwaki Shi- mizu, Koji Nagatani, Shoji Kagami, Maki Urushihara, Yoshitsugu Kaku, Manao Nishimura, Miwa Yoshino, Ken Hatae, Maiko Hinokiyama, Rie Kuroki, Yasufumi Ohtsuka, Masafumi Oka, Shinji Nishimura, Tadashi Sato, Seiji Tanaka, Ayuko Zaitsu, Hitoshi Nakazato, Hiroshi Tamura, dan Koichi Nakanishi

Konsortium Korea Penyakit Ginjal Keturunan pada Kanak-kanak

Min Hyun Cho, Tae-Sun Ha, Hae Il Cheong, Hee Gyung Kang, Il-Soo Ha, Ji Hyun Kim, Peong Gang Park, Myung Hyun Cho, Kyoung Hee Han dan Eun Mi Yang

Konsortium Nefrologi Pediatrik Midwest (Genetik Nefrotik

Kumpulan Kajian Sindrom)

Alejandro Quiroga, Asha Moudgil, Blanche Chavers, Charles Kwon, Corinna Bowers, Deb Gipson, Deepa Chand, Donald Jack Weaver, Elizabeth Abraham, Halima Janjua, Jen-Jar Lin, Larry Greenbaum, Mahmoud Kallash, Michelle Rheault, Nilka De Jesus Gonzalez, Patrick Brophy, Rasheed Gbadegesin, Shashi Nagaraj, Susan Massengill, Tarak Srivastava, Tray Hunley, Yi Cai, Abiodun Omoloja, Cynthia Silva, Adebowale Adeyemo, Shenal Thalgahagoda, Jameela A. Kari, dan Sherif El Desk

NEPHROVIR

Mohammed Abdelhadi, Rachida Akil, Sonia Azib, Romain Basmaci, Gregoire Benoist, Philippe Bensaid, Philippe Blanc, Olivia Boyer, Julie Bucher, Anne Chace, Arnaud Chalvon, Marion Cheminee, Sandrine Chendjou, Patrick Daoud, Georges Deschênes, Claire Dossier, Ossam Elias , Chantal Gagliadone, Vincent Gajdos, Aurélien Galerne, Evelyne Jacqz Aigrain, Lydie Joly Sanchez, Mohamed Khaled, Fatima Khelfaoui, Yacine Laoudi, Anis Larakeb, Tarek Limani, Fouad Mahdi, Alexis Mandelcwaijg, Stephanie Muller, Kacem Nacere Nathan, Syatlricem Nacer, Syatlricem Nacer , Isabelle Pharaon, Véronica Roudault, Sébastien Rouget, Marc Saf, Tabassom Simon, Cedric Tahiri, Tim Ulinski dan Férielle Zenkhri

PENDEDAHAN

MGS telah menerima yuran perundingan daripada Maze Therapeutics. AS telah menerima sokongan perjalanan daripada Biofem Pharmaceuticals. GD telah menerima yuran perundingan daripada Chiesi dan Biocodex, yuran kuliah daripada Alnhylam, dan sokongan perjalanan daripada Sanofi. MV telah menerima yuran perundingan daripada Achillion Pharmaceuticals dan Gentium-Jass, yuran kuliah daripada Sanofi, dan geran daripada Alexion Pharmaceuticals. Kii telah menerima yuran perundingan daripada Zenyaku Kogyo. Semua pengarang lain mengisytiharkan tiada kepentingan bersaing.

PENGHARGAAN

Kami mengucapkan terima kasih kepada semua pesakit yang mengambil bahagian dalam kajian ini dan keluarga mereka, dan Cik Yoshimi Nozu dan Cik Ming Juan Ye atas bantuan teknikal mereka. Kami berterima kasih kepada Minoru Nakamura, Hitoshi Okazaki, dan Mika Matsuhashi atas sokongan mereka dalam kajian fungsional. Kami berterima kasih kepada J. Ludovic Croxford, Ph.D., daripada Kumpulan Edanz (www.edanzediting.com/ ac) kerana menyunting draf manuskrip ini.

Data ringkasan varian dalam penemuan GWAS tersedia melalui pangkalan data Pusat Pangkalan Data Biosains Kebangsaan Jepun (ID Penyelidikan: hum0126.v2.imp-GWAS.v1, https://humandbs. biosciencedbc.jp/en/hum0126- v2).

Kerja ini disokong oleh: Agensi Penyelidikan dan Pembangunan Perubatan Jepun (AMED) di bawah geran nombor JP17km0405108h0005 kepada Kii, KIs, KN, dan KT, dan JP17km0405205h0002 dan 18km0405205h0003 kepada KT dan MN; dan oleh Persatuan Promosi Sains Jepun (JSPS) di bawah Geran Bantuan untuk Penyelidikan Saintifik yang memupuk Penyelidikan Antarabangsa Bersama (B) 18KK0244 kepada Kii, YH, TH, CN, dan KN. Sebahagian daripada kajian ini dibiayai oleh European Research Council geran ERC-2012-ADG_20120314 (perjanjian geran 322947) dan Agence Nationale pours la Recherche "Genetransnephrose" geran ANR-16-CE{{17} } kepada PR. RG disokong oleh Institut Kesihatan Kebangsaan/Institut Kebangsaan Diabetes dan Pencernaan dan Penyakit Buah Pinggang (NIH/NIDDK) geran 5R01DK098135 dan 5R01DK094987, Doris Duke Charitable Foundation Clinical Scientist Development Award 2009033, dan anugerah Duke Health Scholars MGS disokong oleh geran Institut Kesihatan Nasional (R01-DK108805). TheSindrom nefrotikStudy Network Consortium (NEPTUNE; U54-DK-083912) ialah sebahagian daripada National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS). Rangkaian Penyelidikan Klinikal Penyakit Jarang (RDCRN) disokong melalui kerjasama antara Pejabat Penyelidikan Penyakit Jarang (ORDR), NCATS dan Institut Kebangsaan Diabetes, Pencernaan dan Penyakit Buah Pinggang. RDCRN adalah inisiatif ORDER NCATS. Pembiayaan tambahan dan/atau sokongan program untuk projek ini disediakan oleh Universiti Michigan, NephCure Kidney International dan Yayasan Halpin. Kohort NEPHROVIR disokong oleh 2 geran kepada Georges Deschênes daripada Program

Hospitalier de Recherche Clinique: memberikan PHRC 2007-AOM07018 dan PHRC 2011-AOM11002. Rangkaian NEPHROVIR diselaraskan oleh Unit Nefrologi Pediatrik Hospital Robert Debré, "Unité de Recherche Clinique de l'Est Parisien," dan "Délégation de la Recherche Clinique de la Région Ile-de-France." Marina Vivarelli disokong oleh Associazione per la Cura del bambino Nefropatico ONLUS (Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale).

BAHAN TAMBAHAN

Fail Tambahan (PDF)

Nota Tambahan. Konsortium Penyelidikan mengenai Genetik Idiopatik Kanak-kanakSindrom nefrotikdi Jepun, Konsortium Korea Penyakit Ginjal Keturunan pada Kanak-kanak, Konsortium Nefrologi Pediatrik Barat Tengah (GenetikSindrom nefrotikkumpulan belajar), dan NEPHROVIR.

Analisis bersyarat langkah-bijak tambahan di rantau HLA dan pemetaan halus HLA.

Kaedah Tambahan.

Jadual S1. Definisi NS.

Jadual S2. Maklumat klinikal pesakit dalam penemuan GWAS dan kajian replikasi antarabangsa.

Jadual S6. Set gen yang ketara dengan nilai P < 0.05="" selepas="" pembetulan="" bonferroni="" dalam="" analisis="" set="" gen="" oleh="">

Jadual S9. Analisis bersyarat mengikut langkah di rantau HLA.

Jadual S10. Haplotip HLA dikaitkan dengan ketara dengan SSN zaman kanak-kanak Jepun dalam peringkat penemuan menggunakan data HLA-imputasi. Jadual S11. Alel HLA dikaitkan dengan ketara dengan SSN zaman kanak-kanak Jepun dalam peringkat penemuan menggunakan data HLA-imputasi. Jadual S16. Analisis persatuan haplotaip HLA-DRB1-DQB1 dengan SSN zaman kanak-kanak dalam peringkat penemuan menggunakan data imputasi HLA. Jadual S19. Analisis persatuan haplotaip HLA-ACB-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 dengan SSN zaman kanak-kanak dalam peringkat penemuan menggunakan data imputasi HLA.

Jadual S20. Homozigot HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 dan HLA- DRB1*13:02–DQB1*06:04, dan heterozigot HLA-DRB1*08:02– DQB1*03:02 dan HLA-DRB1 *13:02–DQB1*06:04 dalam peringkat penemuan oleh HLA-imputation.

Jadual S21. Anggaran kebolehwarisan menggunakan varian autosomal dalam set sampel Jepun penemuan.

Rajah S1. Analisis komponen utama dalam penemuan GWAS menggunakan sampel HapMap Fasa III sebagai rujukan (113 penduduk Utah yang mempunyai keturunan dari Eropah utara dan barat [CEU], 113 Yoruba di Ibadan [YRI], 84 orang Cina Han di Beijing [CHB] dan {{ 4}} Jepun di Tokyo [JPT]).

Rajah S2. Kuasa penemuan GWAS.

Rajah S3. Plot kuantil-kuantil (Q-Q) nilai P untuk SNP dikira menggunakan regresi logistik dengan pelarasan untuk jantina dan PC1-4 (987 kes dengan SSN zaman kanak-kanak dan 3206 kawalan sihat). Rajah S4. Analisis bersyarat dalam lokus calon pada kromosom 19.

Rajah S5. Analisis bersyarat dalam lokus calon pada kromosom 9.

Rajah S6. Analisis bersyarat dalam lokus calon pada kromosom 18.

Rajah S7. Lokasi dan anotasi 5 SNP dipilih untuk replikasi dalam NPHS1-rantau KIRREL2 (A).

Rajah S8. Plot Manhattan ujian berasaskan gen oleh MAGMA. Rajah S9. Analisis bersyarat secara berperingkat di rantau HLA. Rajah S10. Anggaran kebolehwarisan berasaskan SNP dalam populasi Jepun.

Rajah S11. Gambar rajah skema ekspresi alel khusus NPHS1. Kedua-dua sampel risiko dan bukan risiko menunjukkan jumlah bacaan yang sama.

Fail Tambahan (Excel)

Jadual S3. Varian dengan nilai P < 1e–05="" dalam="" penemuan="" gwas.="" jadual="" s4.="" kuasa="" kohort="" replikasi="" untuk="" mereplikasi="" snp="">

Jadual S5. Gen penting seluruh genom yang dikaitkan dengan SSN zaman kanak-kanak dalam peringkat penemuan oleh MAGMA.

Jadual S7. Gen termasuk dalam 4 set gen penting dalam analisis set gen oleh MAGMA.

Jadual S8. Varian dengan nilai P < 0.05="" dalam="" kawasan="" calon="" pada="" kromosom="" 19="" (36.2–36.6="" mb)="" dalam="" pangkalan="" data="" gtex="" dan="" pelayar="" nephqtl="">

Jadual S12. Analisis persatuan alel HLA gen kelas I HLA dengan SSN zaman kanak-kanak dalam peringkat penemuan menggunakan data imputasi HLA. Jadual S13. Analisis persatuan alel HLA gen kelas II HLA dengan SSN zaman kanak-kanak dalam peringkat penemuan menggunakan data imputasi HLA. Jadual S14. Analisis persatuan haplotip HLA-AB dengan SSN zaman kanak-kanak dalam peringkat penemuan menggunakan data HLA-imputasi. Jadual S15. Analisis persatuan haplotip HLA-ACB dengan SSN zaman kanak-kanak dalam peringkat penemuan menggunakan data HLA-imputasi. Jadual S17. Analisis perkaitan haplotaip HLA-DRB1-DQB1-DPB1 dengan SSN zaman kanak-kanak dalam peringkat penemuan menggunakan data HLA-imputasi.

Jadual S18. Analisis perkaitan haplotaip HLA-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 dengan SSN zaman kanak-kanak dalam peringkat penemuan menggunakan data imputasi HLA.

RUJUKAN

1. Noone DG, Iijima K, Parekh R. Idiopathicsindrom nefrotikpada kanak-kanak. Lancet. 2018;39:61–74.

2 Chanchlani R, Parekh RS.Perbezaan etnik pada zaman kanak-kanaksindrom nefrotikFrant Pedat.2016y:39.

3 Kikunaga K bhikuaK Terano C et aL Insiden sindrom nefrotik idiopatik yang tinggi dalam kanak-kanak Asia Timur: tinjauan di seluruh negara di Jepun (kajian JP-SHINE).Clin Exp Nephral.2017;21651-657.

4 RH Putih. Keluargasindrom nefrotiktinjauan LA Eropah. ClnNephral. 19731215-219.