Hubungi:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Klik di sini untuk mendapatkan maklumat tentang Bahagian II (Pengenalan, bahan dan kaedah) artikel ini.

Pemprofilan Proteomik Sel Tunggal Berhampiran Tubular Proksimal dan Glomerulus Buah Pinggang Manusia Normal

Tara K. Sigdel¹, Paul D. Piehowski², Sudeshna Roy¹, Juliane Libreto¹, Joshua R. Hansen², Adam C. Swensen², Rui Zhao³, Ying Zhu³, Priyanka Rashmi¹, Andrew Schroeder¹, Izabella Damm¹, Swastika Sur¹, Jinghui Luo4, Yingbao Yang4, Wei-Jun Qian²* dan Minnie M. Sarwal¹* untuk Konsortium Projek Perubatan Ketepatan Buah Pinggang (KPMP).

¹Bahagian Pemindahan MultiOrgan, Jabatan Pembedahan, Universiti California, San Francisco, San Francisco, CA, Amerika Syarikat

²Makmal Kebangsaan Barat Laut Pasifik, Bahagian Sains Biologi, Richland, WA, Amerika Syarikat

³Makmal Sains Molekul Alam Sekitar, Makmal Kebangsaan Barat Laut Pasifik, Richland, WA, Amerika Syarikat

⁴Jabatan Patologi, Universiti Michigan, Ann Arbor, MI, Amerika Syarikat

Kata kunci:glomerulus, spektrometri jisim, analisis sel tunggal, proteomik,buah pinggang

Penilaian molekul pada peringkat sel tunggal boleh mempercepatkan penyelidikan biologi dengan menyediakan penilaian terperinci tentang organisasi selular dan heterogeniti tisu dalam kedua-dua penyakit dan kesihatan. Manusiabuah pinggangmempunyai keadaan multi-selular yang kompleks dengan fungsi yang berbeza-beza, yang kebanyakannya kini boleh dimanfaatkan sepenuhnya dengan kemajuan teknologi terkini dalam proteomik tisu pada tahap hampir sel tunggal. Kami membincangkan langkah asas dalam aplikasi pertama kaedah proteomik berasaskan spektrometri jisim (MS) ini untuk analisis sub-bahagian manusia biasa.buah pinggang, sebagai sebahagian daripada Projek Perubatan Ketepatan Buah Pinggang (KPMP). Menggunakan ~ 30–40 sel buah pinggang yang telah dibedah mikro yang ditangkap laser, kami mengenal pasti lebih daripada 2,500 protein manusia, dengan kekhususan kepadatiub proksimal(PT; n=25 protein) dan glomerular (Glom; n=67 protein) kawasanbuah pinggangdan fungsi metabolik mereka yang unik. Kajian rintis ini menyediakan peta jalan untuk aplikasi aliran kerja proteomik sel-sel tunggal kami untuk analisis petak mikro buah pinggang yang lain, pada skala yang lebih besar, untuk membongkar gangguan fungsi sub-sel buah pinggang dalam buah pinggang normal serta etiologi yang berbeza. akut dan kronikpenyakit buah pinggang.

cistanche boleh meningkatkan fungsi buah pinggang

pengenalan

Kemajuan terkini dalam pemprofilan molekul, khususnya analisis transkrip pada peringkat sel tunggal, boleh mendedahkan populasi sel yang jarang berlaku dalam tisu klinikal heterogen, yang menyumbang kepada pemahaman kita tentang biologi buah pinggang, dan proses molekulnya (1-7). Terdapat keperluan yang tidak dipenuhi untuk membangunkan kaedah yang boleh memberikan maklumat biologi yang komprehensif pada peringkat RNA dan DNA dan juga membenarkan analisis tisu proteomik sel tunggal.

Teknologi proteomik, tidak seperti genomik, boleh memberikan maklumat berfungsi pada keadaan selular dan rangkaian kawal selia (2). Cabaran teknologi untuk proteomik berasaskan spektroskopi jisim (MS) ialah pengehadan bahan permulaan. Tidak seperti transkriptomi, proteomik tidak membenarkan penguatan molekul. Faktoid ini telah menghasilkan usaha substantif untuk meningkatkan sensitiviti analitikal proteomik berasaskan MS, termasuk pengecilan teknologi dan kecekapan yang lebih tinggi pada sumber pengionan semburan elektrik (8, 9), supaya kepekaan analisis kini mencukupi untuk mengesan protein dalam mamalia tunggal. sel. Walaupun mempunyai kepekaan analitik yang tinggi, aplikasi proteomik kepada volum sampel yang kecil telah memperkenalkan cabaran tambahan, seperti penjerapan tidak spesifik protein dan peptida pada permukaan tiub tindak balas, kinetik pencernaan yang tidak cekap, keperluan untuk pembersihan, dan cabaran dengan penghantaran. Kumpulan kami baru-baru ini telah melaporkan kaedah proteomik sel hampir tunggal (nscProteomics) dalam sel HeLa, yang menyediakan teknologi yang sangat inovatif dan sensitif untuk pengukuran proteom sampel dengan jumlah protein sub-nanogram daripada sebilangan kecil sel (10). Kaedah ini memerlukan peralatan pemprosesan sampel yang sangat disesuaikan dan sukar untuk dipindahkan ke makmal penyelidikan lain dalam keadaan pembangunan semasanya. Memproses manusiabuah pinggangtisu melalui saluran paip ini memerlukan perhatian yang teliti terhadap pembangunan protokol untuk mengoptimumkan pemeliharaan tisu dan penangkapan sel.

Dalam kajian ini, kami telah memberi tumpuan kepada menyediakan peta jalan bagi kejayaan pengukuran soal siasat proteomik pelbagai sub-petakbuah pinggang, pada tahap hampir sel tunggal, dengan penghantaran berikut: (i) Penilaian pengumpulan dan penyimpanan tisu buah pinggang yang optimum untuk nscProteomics; (ii) Pengenalpastian piawai rujukan yang sesuai untuk nscProteomics; (iii) Pengoptimuman ketebalan tisu buah pinggang untuk laser capture microdissection (LCM); (iv) Pengoptimuman parameter LCM; (v) Penerangan tentang kaedah nscProteomics menggunakan kaedah POTS mikro berasaskan LC-MS yang automatik sepenuhnya (μPOTS; Memproses dalam Satu periuk untuk Sampel Surih) (11); (vi) Analisis data untuk nscProteomics.

Untuk mencapai tugas yang disebutkan di atas, kami telah memproses 11 manusia unikbuah pinggangbiopsi dan membangunkan protokol dan metodologi untuk mengumpul, memproses, dan menyoal siasat ekspresi proteomik manusia.buah pinggangsampel oleh μPOTS. Apabila digabungkan dengan LC-MS yang sangat sensitif, kami mempamerkan kaedah μPOTS automatik sepenuhnya yang membolehkan kebolehulangan dan menyediakan ukuran proteomik kuantitatif ~3,000 protein daripada 10 hingga 100 sel buah pinggang yang dibedah mikro (LCM) tangkapan laser, a tahap liputan hanya dicapai sebelum ini untuk beribu-ribu sel (12–17). Kajian ini akan membantu untuk pencirian molekul heterogeniti selular tisu dan patologi dalam biopsi buah pinggang daripada pesakit dengan punca penyakit buah pinggang akut dan kronik yang berbeza. Teknologi unik ini berpotensi untuk membongkar heterogeniti proteomik dan penanda protein unik dalam pelbagaibuah pinggangsub-jenis dan sub-struktur penyakit yang akan dikaitkan dengan patogenesis penyakit, prognosis, dan stratifikasi risiko. Kajian ini diringkaskan dalam Rajah 1.

Rajah 1. Aliran kerja proteomik sel tunggal berdekatan (nscProteomics) dioptimumkan untuk memproses manusiabuah pinggangtisu. Aliran kerja termasuk pengenalpastian optimumbuah pinggangpengumpulan dan penyimpanan tisu, kawalan kualiti untuk penangkapan laser microdissection penubuhan kaedah nscProteomics untuk sel-sel buah pinggang.

Prosedur Eksperimen

Reka Bentuk Kajian

Perwakilan skematik kajian proteomik yang dijalankan ke atas 11 normal manusia yang unikbuah pinggangditunjukkan dalam Rajah 2A. Sebanyak 28 larian spektrometri jisim (MS) telah dilakukan untuk nscProteomik pembongkaran mikro (LCM) tangkapan pukal dan laser pada bahagian glomerular (Glom) dan proksimal berbelit-belit (PT) berpasangan. Tisu dari dua yang pertamabuah pinggangtelah dipelihara sebagai FFPE dan dalam medium kompaun suhu pemotongan optimum (OCT). Isu tisu buah pinggang daripada 9 buah buah pinggang lagi hanya diproses dalam OCT (Rajah 2A).

Rajah 2. (A) Ringkasan sampel kajian dan ujian. (B) Plot QC untuk kebolehulangan proses menggunakan tisu OCT. Perbezaan kiraan spektrum antara protein untuk 2 larian berasingan menggunakan tisu OCT telah diplotkan terhadap kiraan spektrum protein purata untuk 1,257 protein. Dalam plot, garis biru menggambarkan perbezaan min; garis merah dan hijau masing-masing menggambarkan 2 SD dan 3 had SD. 97.96 peratus protein berada dalam had kebolehulangan yang dikira iaitu 13.52 yang menunjukkan tahap kebolehulangan yang tinggi. Ia juga dilihat bahawa kebolehubahan antara larian proses yang melibatkan tisu OCT adalah lebih rendah daripada proses yang melibatkan tisu FFPE (had kebolehulangan yang dikira: 24.43). (C) Perbandingan taburan kiraan spektrum 374 protein biasa dalam OCT dan FFPE. Bilangan protein yang lebih besar daripada tisu OCT menunjukkan kiraan spektrum yang tinggi manakala kelebihan yang lebih tinggi bagi kiraan spektrum rendah dilihat untuk protein daripada tisu FFPE. (D) Perbandingan taburan kiraan spektrum 76 protein unik dalam FFPE dan 244 protein unik dalam OCT. Keutamaan protein kiraan spektrum rendah yang lebih tinggi dilihat dalam tisu OCT. Ini mungkin menunjukkan bahawa teknik tisu OCT adalah lebih baik untuk pengesanan protein rendah yang banyak dalam senario semasa. Pekali korelasi antara protein yang dikenal pasti daripada tisu beku 2 OCT ialah 0.96 (P <>

Pemerolehan Sampel Tisu Buah Pinggang

Manusiatisu buah pinggangtelah dikumpul daripada sejumlah 11 nephrectomi separa yang tidak dikenal pasti, yang diperoleh daripada University of California San Francisco (UCSF) dan University of Michigan (UM), dengan LHDN yang diluluskan, sebagai sebahagian daripada kajian kemungkinan teknologi perintis dalam Perubatan Ketepatan Buah Pinggang NIH Projek (KPMP). Hanya kawasan yang sihatbuah pinggangseperti yang ditentukan oleh ahli patologi terlatih telah digunakan untuk tujuan ini. Sampel telah dianonimkan dengan satu-satunya kaveat adalah bahawa tisu-tisu itu dikumpulkan daripada orang dewasa. Untuk menilai protokol pengumpulan sampel yang optimum untuk teknologi, pada mulanya, ~100 mg tisu daripada 2 buah pinggang dibahagi sama rata dan sama ada disediakan sebagai bahagian tisu tertanam parafin tetap formalin (FFPE) atau dibekukan dalam Kompaun OCT Tissue-Plus™ (Fisher Scientific). Satu 5 μm dan tiga bahagian berturut-turut tebal 10 μm dipotong daripada setiap blok OCT dengan cryo-microtome dan dipasang pada slaid membran 1.0 polyethylene terephthalate (PET) (Zeiss) untuk glomerular dantubul proksimalpembedahan. Bahagian tebal 5 μm telah diwarnakan H&E untuk visualisasi struktur histologi utama. Baki bahagian tebal 10 μm dibiarkan tidak ternoda. Semua slaid disimpan pada -80 darjah sehingga pembedahan.

Cistanche untuk memperbaiki disfungsi buah pinggang

Penilaian Kesan Penghantaran dan Pemprosesan Tisu Terhadap Output Proteomik

Untuk menilai kesan kelewatan pada analisis proteomik tisu beku OCT,buah pinggangtissue samples were collected at one center, shipped to a second site >4 jam perjalanan jauh, dan diproses di pusat kedua, dan sebaliknya. Proteomik pukal dilakukan pada dua 2 unikbuah pinggang(buah pinggang #3, #4), diperoleh di Universiti Michigan, dan dihantar ke 2 lokasi berbeza (Ohio State University dan UCSF) untuk analisis MS, menggunakan protokol dan parameter MS yang sama di kedua-dua tapak. Keputusan larian MS kemudiannya dibandingkan antara 2 tapak.

Pengekstrakan dan Pemendakan Protein

Ini telah dijalankan pada kedua-dua kaedah persediaan tisu OCT dan FFPE untuk pemilihan kaedah optimum untuk proteomik tisu. Tisu OCT dibahagikan kepada bahagian tebal 10 μm menggunakan cryomicrotome. Untuk memilih jumlah minimum tisu yang diperlukan untuk pengekstrakan protein untuk MS, tiga keriting (satu bahagian yang dimasukkan ke dalam tiub Eppendorf dan bukannya dihamparkan pada slaid), dan 5 keriting tisu beku telah dipotong, dicairkan dan dipindahkan ke tiub microcentrifuge. mengandungi manik keluli tahan karat 5 mm (Qiagen), terdedah kepada Penampan Lisis Sel Mamalia (termasuk Penyelesaian Perencat Nuklease dan Protease Benzonase®; Qiagen), dan dihomogenkan dalam TissueLyser LT (Qiagen) pada 50 r/s selama 3 minit. Kepekatan protein dikira (Bradford assay; Thermo Scientific) dan disimpan pada −20 darjah sehingga digunakan. Tisu disimpan untuk<2 months="" in="" ffpe="" was="" sectioned="" into="" ten="" 10="" μm="" thick="" sections="" using="" a="" microtome.="" three="" and="" five="" curls="" of="" tissue="" were="" cut,="" deparaffinized="" in="" xylene,="" centrifuged,="" and="" incubated="" in="" extraction="" buffer="" exb1="" (qiagen)="" supplemented="" with="" β-mercaptoethanol.="" samples="" were="" incubated="" on="" ice,="" followed="" by="" incubation="" at="" 80°c="" for="" 2="" h.="" protein="" was="" quantified="" (bradford="" assay;="" thermoscientific)="" and="" stored="" at="" −20°c="" until="" further="" use.="" protein="" was="" precipitated="" by="" the="" addition="" of="" cold="" acetone,="" followed="" by="" centrifugation="" to="" pellet="" and="" dry="" the="" precipitated="" protein.="" the="" pellet="" was="" re-suspended="" in="" 6="" m="" urea/100="" mm="" tris-hcl="" ph="" 7.8,="" and="" protein="" concentration="" was="" quantified="" (bradford="" assay;="" thermoscientific)="" and="" stored="" at="" −20°c="" until="" trypsin="">

Pencernaan Trypsin

Kira-kira 150 ug daripada jumlah protein (~15 peratus daripada input yang tersedia) telah terdedah kepada agen pengurangan (200 mM DTT dan 100 mM Tris-HCl) dan reagen pengalkilasi (200 mM iodoacetamide dan 100 mM Tris-HCl) dan kemudian dicairkan dengan air bebas RNAse/DNAse untuk mengurangkan kepekatan Urea kepada 0.6 M. Empat ug trypsin babi (Sigma) telah ditambah dan sampel dicerna pada 37 darjah . Kepekatan protein dikira (ujian Bradford; ThermoScientific) dan 10 ug protein digunakan untuk MS.

MS untuk Proteomik Pukal untuk Menilai Kaedah Pemprosesan Tisu Buah Pinggang Optimum

Campuran peptida tryptic telah diasidkan dengan asid formik, dibersihkan dengan lajur Monospin C18, dan dianalisis pada Orbitrap Q Exactive HF-X (Thermo Scientific). MS/MS dilakukan menggunakan Higher-Energy C-Trap Dissociation (HCD). Spektrum jisim dianalisis menggunakan Byonic v2.14.27 (Metrik Protein) yang membenarkan toleransi jisim 12 ppm. Pengubahsuaian pasca translasi boleh ubah dibenarkan, termasuk pengoksidaan, metilasi, karbamilasi dan fosforilasi. Protein dihadkan kepada mereka yang mendapat markah lebih baik daripada kadar penemuan palsu (FDR) 1 peratus. Perbandingan kelimpahan protein dan data MS dibuat untuk memilih kaedah yang optimum untukbuah pinggangpengumpulan tisu antara FFPE dan OCT.

Pembedahan Mikro Tangkapan Laser

Bahagian tebal 5, 10, dan 20 μM yang tidak dicemari yang dipasang pada slaid PET diletakkan di atas pentas sistem Zeiss PALM MicroBeam Laser Microdissection (Zeiss) untuk menguji ketebalan pemotongan yang optimum. Glomerular dantubul proksimalkawasan telah dipilih menggunakan alat tangan bebas dan pembedahan dilakukan pada objektif 10X. Bahagian dengan ~ 4,580 μm2 kawasan dan ketebalan 10 uM telah ditangkap, yang menyumbang ~ 40 sel glomerular berdasarkan formula yang diterbitkan sebelum ini untuk anggaran sel glomerular pada orang dewasa yang sihatbuah pinggang(18). Untuktiub proksimalsel, kami menangkap ~ 2,900 μm2 daripadatiub proksimalsel, yang menyumbang ~ 36 sel. Bahagian potong dilontarkan ke dalam penutup pelekat legap 200 μL (Zeiss) (LPC Energy, 66; LPC Focus, 79) dan disimpan pada -80 darjah.

Near-Single-Sel-Proteomics (nscProteomics)

Untuk melarutkan protein yang dikumpul dalam penutup tangkapan dengan LCM, titisan 10 μL 0.1 peratus DDM 50 mM Tris pH 8 telah ditambah terus pada penutup. Sampel diinkubasi selama 30 minit pada suhu 37 darjah dalam pengadun termotop Eppendorf ThermoTop untuk mengurangkan penyejatan, diikuti dengan sentrifugasi pada 2,000 × g selama 1 minit untuk memindahkan lisat ke vial. Protein dikurangkan dengan 5 mM dithiothreitol dan diinkubasi pada 37 darjah selama 30 minit. Alkilasi telah dijalankan pada 10 mM iodoacetamide dengan pengeraman 45 minit dalam gelap pada 25 darjah. Seterusnya, aliquot 10 ng Ls-C telah ditambah diikuti dengan pengeraman 3 jam pada 25 darjah. Satu aliquot 10 ng trypsin kemudiannya ditambah diikuti dengan pencernaan semalaman pada 25 darjah . Peptida yang dicerna dicampur dengan 15 μL aliquot 18 MΩ air.

Platform LC-MS untuk Sampel Ultra-Kecil

Sampel peptida (25 μL) diasingkan menggunakan lajur 60 cm, dengan diameter dalam 50 μm dan pemancar bersepadu (Objektif Baharu). Lajur telah dibungkus secara dalaman dengan media Waters BEH berdiameter 1.7 μm. Kecerunan 100-min telah dihasilkan menggunakan pam nano Dionex Ultimate 3000 RSLC (Thermo Scientific). Sistem ini digandingkan dengan spektrometer jisim QExactive Plus (Thermo Scientific). Spektrum jisim dikumpulkan dari 300 hingga 1, 800 m / z, menggunakan 12 kaedah pemerolehan bergantung kepada data teratas. Spektrum MS1 dikumpulkan dengan resolusi jisim 35K dan MS2 dengan 17.5K. IT maksimum 100 ms digunakan untuk meningkatkan pengenalan daripada ion kelimpahan rendah.

Pengekstrakan Data Proteomik

Semua fail mentah telah diproses menggunakan MaxQuant (versi 1.5.3.30) untuk pengesanan ciri, pencarian pangkalan data dan kuantifikasi protein/peptida (19) berikutan tetapan yang diterangkan sebelum ini (10). Spektrum jisim tandem telah dicari dalam pangkalan data manusia UniProtKB/Swiss-Prot (dimuat turun pada 29 Dis 2018 dan mengandungi 20,417 entri yang disemak). Data proteomik MS untuk nscProteomics telah didepositkan ke Konsortium ProteomeXchange melalui repositori rakan kongsi PRIDE (20) dengan pengecam set data PXD015058 dan 10.6019/PXD015058.

Analisis data

Data MS diperolehi daripada larian yang dilakukan di PNNL (nscProteomics) dan Stanford University (proteomik pukal). Untuk proteomik pukal. Kaedah statistik berikut digunakan untuk memilih yang optimumbuah pinggangkaedah pengumpulan tisu, sama ada dibekukan dalam OCT atau diproses sebagai FFPE, seperti yang dinilai oleh proteomik pukal tisu kuantitatif, (i) Hasil protein/mg tisu input yang setara telah dikira; (ii) Kebolehulangan MS telah diuji pada keluaran MS daripada bahagian FFPE dan OCT daripada setiap 2 buah pinggang, disediakan oleh individu yang sama menggunakan protokol yang sama, dianalisis pada instrumen MS yang sama menggunakan protokol yang ditetapkan, selang beberapa hari (21). Had kebolehulangan (22) telah digunakan untuk memberikan batasan anggaran pada perbezaan pengukuran antara larian berturut-turut bagi satu proses serta anggaran ketepatan untuk perbandingan antara proses. Pekali korelasi, yang memberikan tahap persetujuan antara larian berturut-turut (menggunakan tisu yang sama), telah dikira; (iii) Kelimpahan protein dan taburan saiz serpihan peptida dikira untuk menilai variasi yang berasal daripada degradasi protein, penyambung silang akibat formalin, dsb. Aspek lain QC, termasuk (iv) penilaian hanyut proses ke atas replika dan masa dengan menggunakan kumpulan biasabuah pinggangrujukan dan (v) pengiraan bias. Analisis kuantitatif yang ketat dan pengenalpastian protein unik menggunakan data hanya dengan protein dengan kiraan spektrum Lebih besar daripada atau sama dengan 5 (23). Ujian tepat Fisher digunakan untuk menilai pengayaan protein biasa dan unik yang dipetakan antara dua buah pinggang manusia normal, (#1 dan #2). Berdasarkan analisis di atas (lihat keputusan), tisu beku OCT telah dipilih sebagai kaedah pengumpulan untuk semua analisis seterusnya.

Langkah seterusnya fokus analisis data adalah untuk mengenal pasti, mengukur dan mengesahkan set protein yang diperkaya atau khusus kepada ~ 10-100 sel yang diperoleh daripada setiap dua yang dipilih.buah pinggangsub-compartment—rantau Glom dan PT, diperoleh daripada kawasan yang samabuah pinggang, secara pukal dan LCM OCT dibekukantisu buah pinggang(n=9; buah pinggang #3–11) dan dikendalikan oleh nscProteomics.

{{0}}Pendekatan penapisan separa konservatif langkah telah diguna pakai untuk menangani isu data yang hilang/tidak lengkap dan ujian G (24) telah digunakan untuk mengenal pasti sama ada data itu Hilang Secara Rawak (MAR) atau Hilang Bukan Secara Rambang (MNAR). Penilaian kebolehpercayaan data tambahan dilakukan dengan memilih secara ketat protein yang diperhatikan dalam Lebih daripada atau sama dengan 50 peratus daripada semua sampel. Ujian-T digunakan untuk mengenal pasti pengayaan protein yang ketara dalam glomming atau PT dan pembetulan ujian berganda (Benjamini-Hochberg FDR) dengan ambang kepentingan 0.1 telah digunakan. Untuk tujuan analisis, data MS keamatan relatif (log 2 diubah) yang diperoleh daripada Glom, PT, dan pecahan pukal daripada satubuah pinggangdianggap berpasangan. Kami mengenal pasti protein yang diperkaya dalam Glom (dengan paras rendah dalam PT/ pukal), dan unik untuk Glom (tiada dalam PT) serta protein yang diperkaya dalam PT (dengan paras rendah dalam Glom/ pukal) dan unik kepada PT (tiada dalam Glom) . Analisis pengayaan hanya dilakukan pada data tanpa kehilangan nilai dalam setiap kumpulan untuk meningkatkan keyakinan. Korelasi antara nilai kelimpahan protein biasa digunakan untuk menilai tahap persetujuan antara protein sub-kompartemen yang diperkaya antara larian berasingan bagi eksperimen yang sama. Kami juga melakukan pengesahan silang protein yang diperkaya dengan ketara dalam setiap petak dengan menghuraikan perbandingan ini daripada set sampel unik antara 2 larian yang berbeza, Larian 1 dan Larian 2. Pengesahan biologi untuk set sub-petak diperkaya (Glom dan PT) protein telah dijalankan oleh menyoal jika protein diperkaya sub-kompartemen yang diketahui boleh disetempatkan kembali ke kawasan khusus mereka dalam data awam daripada Human Protein Atlas (https://www.proteinatlas.org/) (25).

Cistanche untuk gejala kegagalan buah pinggang

Perbandingan/Integrasi Data Cross-Omics

Untuk menilai kesesuaian ekspresi protein pada tahap RNA, data yang dijana daripada penjujukan RNA sel tunggal (scRNA Seq) yang dilakukan pada 10 nephrectomies asli telah digunakan, 9 daripadanya bertindih denganbuah pinggangdigunakan dalam nscProteomics. Untuk ini, platform 10x Genomics Chromium dengan kimia v3 telah digunakan menggunakan kaedah yang dioptimumkan dalam makmal Sarwal sebagai Tapak Soal-siasat Tisu (TIS) Konsortium KPMP (manuskrip yang memperincikan kaedah dan keputusan sedang dalam penyediaan). Untuk analisis silang-omik ini, kami menggunakan data transkrip daripada 45,411buah pinggangsel diselesaikan kepada sembilan jenis sel utama: Podosit, sel mesangial, endothelium glomerular, stroma/interstitium, sel imun,tubul proksimal, anggota badan menaik tebal gelung Henle, tubul distal/penghubung, dan saluran pengumpul. Analisis data sel tunggal dilakukan menggunakan pakej Seurat R versi 2.3.4. Analisis yang lebih mendalam tentang data ini sedang dalam pembangunan (26).

Daripada: 'Pemprofilan Proteomik Sel Tunggal Berhampiran bagiTubular ProksimaldanGlomerulusdaripada Manusia Biasabuah pinggang' oleh Tara K. Sigdel1, Paul D. Piehowski2, Sudeshna Roy1, Juliane Liberto1, Joshua R. Hansen2, Adam C. Swensen2, Rui Zhao3, Ying Zhu3, Priyanka Rashmi1, Andrew Schroeder1, Izabella Damm1, Swastika Sur1, Jinghui Luo4, Yingbao Yang4, Wei-Jun Qian2* dan Minnie M. Sarwal1* untukbuah pinggangKonsortium Projek Perubatan Precision (KPMP).

---Artikel PENYELIDIKAN ASAL Depan. Med., 17 September 2020 |