Mekanisme kesan seperti estrogen dari cistanche desertacola glikosida: pandangan dari farmakologi rangkaian dan transkripsi

3. Hasil eksperimen

3.1 Keputusan Analisis Farmakologi Rangkaian

3.1.1 Analisis Rangkaian Kesan Estrogen Seperti Komponen Aktif GCS

Sejumlah 40 sebatian dalam GCS (Jadual 1) dianalisis dengan menggunakanTCMSP, Symmap, Dan sebagainya, Jahitan, danQSARpangkalan data. Selepas mengeluarkan pendua, 183 sasaran dikumpulkan. DariGenecardsdanKELUARGApangkalan data, "kekurangan estrogen" atau "tahap estrogen rendah" digunakan sebagai kata kunci untuk mendapatkan sasaran yang berkaitan dengan penyakit. Menggabungkan sasaran dari kedua -dua sumber dan mengeluarkan pendua mengakibatkan 1,712 sasaran penyakit.

MenggunakanCytoscape v3.9.1, rangkaian "kompaun - sasaran" (CT) divisualisasikan (Rajah 1). Rangkaian ini termasuk 223 nod: 40 nod yang mewakili komponen aktif GCS dan 183 nod yang mewakili sasaran, yang dihubungkan dengan 253 tepi. Menggunakan platform dalam talian Venn Diagram, persimpangan gen sasaran spesifik 40 GCS dan gen sasaran seperti estrogen menghasilkan 72 sasaran sasaran "GCS-estrogen-seperti" yang bertindih (Rajah 2).

 

Suplemen cistanche untuk disfungsi seksual lelaki

Whatsapp kami untuk maklumat lanjut

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 Penyaringan sasaran teras dan analisis rangkaian PPI

Parameter topologi rangkaian (ijazah, sentraliti antara, dan sentraliti kedekatan) dianalisis. Nilai median parameter ini digunakan sebagai ambang. Sasaran memenuhi ketiga-tiga kriteria ambang telah dipilih sebagai sasaran teras untuk kesan seperti estrogen GC. Sebanyak 24 sasaran teras telah dikenalpasti. MenggunakanCytoscape v3.9.1, rangkaian "kompaun - sasaran teras - seperti estrogen" digambarkan (Rajah 3). Di samping itu, rangkaian PPI sasaran teras telah dibina (Rajah 4).

 

3.1.3 Analisis Pengayaan Laluan Fungsional dan KEGG

Dari analisis fungsi GO, 35 penyertaan penting telah dikenalpasti. Berdasarkan p-nilai yang diperbetulkan, 20 laluan teratas dipilih (Rajah 6). Ini terutamanya melibatkan fungsi molekul seperti pengikatan reseptor sitokin, pengikatan reseptor estrogen, pengikatan reseptor faktor pertumbuhan, dan aktiviti reseptor nuklear.

Analisis pengayaan laluan KEGG mengenal pasti 83 laluan isyarat penting. Jalur 20 teratas, yang disenaraikan oleh p-nilai yang diperbetulkan, divisualisasikan (Rajah 7). Laluan berkaitan estrogen utama termasuk:

Faktor Nekrosis Tumor (TNF) Laluan Isyarat

Interleukin -17 (il -17) Laluan isyarat

Faktor Hypoxia-Inducible -1 (hif -1) Laluan isyarat

Laluan isyarat estrogen

Laluan ini memainkan peranan kritikal dalam kesan seperti estrogen GC.

3.2 Integrasi dengan data transkripik

3.2.1 Analisis korelasi antara sasaran yang diramalkan dan data transkripik

MenggunakanHGNCPangkalan data, 24 gen sasaran teras yang diramalkan oleh farmakologi rangkaian telah ditukar kepada gen tikus homolog, menghasilkan 31 gen. Selepas mengeluarkan pendua, 29 gen kekal. Dengan membandingkan dengan data transkrip, semua 29 sasaran teras (kecualiMcl1danGCG) menunjukkan perubahan ekspresi gen. Hasilnya ditunjukkan dalam Jadual 2.

3.2.2 Analisis Korelasi Antara Laluan KEGG dari Farmakologi Rangkaian dan Transkripsi

Selepas menukar gen sasaran teras ke dalam gen tikus homolog, analisis pengayaan laluan KEGG telah dijalankan. Sebanyak 1 0 8 jalur (dengan padjust <{4}}. 05) telah dikenalpasti untuk gen sasaran teras. Analisis pengayaan KEGG data penjujukan transkripik dikenal pasti 107 laluan (dengan padjust <0.05). Hasil analisis korelasi antara farmakologi rangkaian dan transkripik ditunjukkan dalam Rajah 8.

Terdapat 68 jalur bertindih, termasuk:

Laluan isyarat estrogen

Laluan Isyarat Kem

Laluan isyarat TNF

Laluan bertindih menyumbang lebih daripada 60% daripada jumlah laluan.