Genetik Osteopontin dalam Pesakit Dengan Penyakit Buah Pinggang Kronik: Kajian Penyakit Buah Pinggang Kronik Jerman Ⅳ
Jun 11, 2024
Proteom plasma.
Selain itu, kami menggunakan statistik ringkasan GWAS bagiprotein plasma(pGWAS) oleh Sun et al. [22] untuk menjalankan analisis kolokalisasi untuk mengenal pasti isyarat persatuan yang konsisten antara OPN dan protein dengan kesan dalam cis serta dalam trans. Berbeza dengan data daripada GTEx dan NephQTL, ringkasan pGWAS yang tersedia di seluruh genom membenarkan penilaian kedua-dua kesan. Untuk mengesan kolokalisasi dengan cis-pQTLs, statistik ringkasan pGWAS bagi mana-mana rantau pro-tein-gen (rantau gen ± 500kb, rantau cis) telah diekstrak. Mengikut lokus OPN dan rantau 100kb di sekelilingnya, kami menyemak sama ada mana-mana ekstrak cis pGWAS bertindih dan mempunyai nilai p persatuan pGWAS<0.05/2 (Bonferroni correction for two OPN loci). For all hereby selected proteins, we then extracted the protein-gene-region from the OPN GWAS summary statistics and ran colocalization within the protein-gene-region. For potential colocalization with trans-pQTLs, we selected all proteins with pGWAS association p-values <0.05/2/3,000 (Bonferroni correction for the two OPN loci and number of proteins evaluated in pGWAS) within a 100kb region around an OPN-associated index SNP. For all hereby selected proteins, colocalization analyses were conducted within the ±500kb region of the OPN-associated index SNP.
Makanan Kesihatan Organik Untuk Kesihatan Buah Pinggang
Untuk protein kolokalisasi, analisis pengayaan Gene ontologi (GO) (http://geneontology. org/, [101,102]) dalam bentuk ujian perwakilan PANTHER [103] dengan dua set data anotasi komponen selular GO dan molekul GO fungsi (homo sapiens) sebagai rujukan telah dijalankan untuk menilai kategori diperkaya yang mana protein yang dikenal pasti ditugaskan. Secara keseluruhannya, 20,595 gen manusia dipetakan kepada pelbagai istilah yang berkaitan dengan komponen selular dan fungsi molekul. Sesuatu kategori dianggap diperkaya jika kedua-duanya, nilai p yang diperbetulkan Bonferroni bagi ujian tepat Fisher dan kadar penemuan palsu berdasarkan prosedur Benjamini-Hochberg, adalah<0.05
penyakit UKB. Akhirnya, kami menggunakan GWAS daripada pangkalan data GeneAtlas (http://geneatlas. Roslin.ed.ac.uk/) untuk melakukan analisis kolokalisasi untuk dua lokus OPN yang direplikasi (±500kb) dan semua ciri penyakit binari UKB yang menunjukkan genom- persatuan penting yang luas (p-value<5.0E-08) in at least one of the two replicated OPN loci. Overall, GeneAtlas comprises GWAS results of 660 binary disease traits of ~450,000 UKB participants [23]. In addition, we adopted the conditional colocalization analysis approach which was first applied in a GWAS of plasma proteome [104].
Performing colocalization on conditionally independent association statistics could reveal true colocalization signals that were missing when using marginal association statistics in the presence of multiple independent association signals. We applied the GCTA COJO Slct algorithm to identify independent association signals in the OPN region for the seven traits [105], which showed a trait association signal different from the OPN signal (H3: p1.2>{{0}}.8). Dataset genotip GCKD yang telah dibersihkan dan dikira yang disebut sebelum ini digunakan sebagai rujukan LD oleh GCTA. Kami menetapkan pemotongan kolineariti pada 0.1 untuk menjadi konservatif. Untuk lokus dengan lebih daripada 1 isyarat bebas, analisis bersyarat anggaran telah dijalankan oleh algoritma GCTA COJO-Cond untuk menjana statistik persatuan bersyarat yang dikondisikan pada SNP bebas lain di rantau ini [105]. Akhirnya, analisis kolokalisasi telah dilakukan seperti sebelum ini untuk setiap SNP bebas menggunakan statistik persatuan bersyarat sebagai input.
Ujian varian jarang terkumpul
Secara keseluruhannya, 4,879 peserta GCKD dengan data lengkap mengenai genotaip (cip Exome), ukuran eGFR, UACR, dan log2(OPN) dimasukkan dalam analisis ujian varian jarang terkumpul (S1 Fig). Seperti yang diterangkan sebelum ini [106], dua jenis ujian pengagregatan varian yang jarang berlaku (ujian bur den, ujian persatuan kernel jujukan [SKAT]) yang dilaksanakan dalam pakej R seqMeta (v1.6.7, [107]) telah dijalankan menggunakan data cip exome dan log2 (OPN) ukuran (hasil). Setiap gen, varian dengan MAF<1% and having a major effect on the gene product (nonsynonymous, stop gain/loss, splicing; "qualifying variants") as annotated by dbNSFP v.2.0 were aggregated [24,25]. Results were filtered to retain genes with cumulative minor allele count (MAC) �10 and with �2 contributing variants per gene. Analyses were adjusted for age, sex, log(eGFR), and log(UACR). To adjust for multiple testing, the statistical significance level was corrected for the number of assessed genes (N = 17,575) and the two conducted tests: 0.05/(2×17,575) = 1.4E-06. Moreover, analyses were repeated for significantly associated genes additionally adjusted for the two replicated OPN loci.
Replikasi lokus yang dikenal pasti dalam Kajian Young Finns
Tiga lokus OPN yang dikenal pasti dalam GWAS peserta GCKD telah diuji untuk replikasi dalam kohort Risiko Kardiovaskular dalam Kajian Young Finns (YFS). Di sini, plasma OPN diukur dengan ujian imunosorben berkaitan enzim (kit Osteopontin Quantikine Manusia, Sistem R&D, Amerika Syarikat) daripada sampel yang dicairkan buat kali pertama untuk ujian pada tahun 2007. Sampel 2,442 peserta dan 546,677 SNP genotip tersedia untuk analisis lanjut selepas QC dan imputasi. Butiran lanjut boleh didapati dalam Kaedah S1. Mengikut lokus yang dipilih, analisis perkaitan log2(OPN) pada dos SNP (aditif) telah dibentuk dengan memasang model regresi linear yang diselaraskan untuk umur, jantina dan eGFR dengan menggunakan SNPTEST v2.5.4 [89]. GFR dianggarkan dengan persamaan dan log kajian MDRD2-diubah sebelum analisis [108]. Replikasi ditakrifkan oleh nilai p persatuan satu sisi<0.05/3 (Bonferroni correction for three OPN loci).
Penghargaan Kami berterima kasih atas kesediaan pesakit CKD untuk mengambil bahagian dalam kajian GCKD. Usaha besar kakitangan kajian pelbagai pusat wilayah amat dihargai. Kami berterima kasih kepada sebilangan besar pakar nefrologi yang menyediakan penjagaan rutin untuk pesakit dan bekerjasama dengan kajian GCKD. Penyiasat GCKD disenaraikan dalam Maklumat S1. Senarai lengkap pakar nefrologi yang sedang bekerjasama dengan kajian GCKD boleh didapati di (http://gckd.org).
Konsep Sumbangan Pengarang: Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.
Penyusunan data: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Terho Lehtima¨ki, Binisha H. Mishra, Olli T. Raitakari, Matthias Nauck, Kai-Uwe Eckardt, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheis.
Analisis formal: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Binisha H. Mishra, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.
Pemerolehan pembiayaan: Terho Lehtima¨ki, Olli T. Raitakari, Kai-Uwe Eckardt, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.
Penyiasatan: Binisha H. Mishra, Olli T. Raitakari, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.
Metodologi: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Binisha H. Mishra, Matthias Nauck, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.
Pentadbiran projek: Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.
Sumber: Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.
Perisian: Yurong Cheng, Yong Li, Binisha H. Mishra, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.
Penyeliaan: Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.
Pengesahan: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Terho Lehtima¨ki, Binisha H. Mishra, Olli T. Raitakari, Matthias Nauck, Kai-Uwe Eckardt, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheis.
Rujukan
1. Kaleta B. Peranan osteopontin dalam penyakit buah pinggang. Inflamm Res. 2019; 68(2):93–102. https://doi. org/10.1007/s00011-018-1200-5 PMID: 30456594.
2. Denhardt DT, Guo X. Osteopontin: protein dengan pelbagai fungsi. Faseb j. 1993; 7(15):1475–82. Epub 1993/12/01. PMID: 8262332.
3. Ross FP, Chappel J, Alvarez JI, Sander D, Butler WT, Farach-Carson MC, et al. Interaksi antara protein matriks tulang osteopontin dan sialoprotein tulang dan osteoklas integrin alpha v beta 3mempotensikan penyerapan tulang. Jurnal Kimia Biologi. 1993; 268(13):9901–7. Epub 1993/05/ 05. PMID: 8486670.
4. PM Hijau, Ludbrook SB, Miller DD, Horgan CM, Barry ST. Unsur-unsur struktur motif osteopontin SVVYGLR adalah penting untuk interaksi dengan integrin alpha(4). FEBS Lett. 2001; 503(1):75–9. https://doi.org/10.1016/s0014-5793(01)02690-4 PMID: 11513858.
5. Hu DD, Lin EC, Kovach NL, Hoyer JR, Smith JW. Pencirian biokimia pengikatan osteopontin kepada integrin alpha v beta 1 dan alpha v beta 5. J Biol Chem. 1995; 270(44):26232–8. https://doi.org/10.1074/jbc.270.44.26232 PMID: 7592829.
6. Xie Y, Sakatsume M, Nishi S, Narita I, Arakawa M, Gejyo F. Ekspresi, peranan, reseptor, dan peraturan osteopontin dalam buah pinggang. Buah Pinggang Int. 2001; 60(5):1645–57. https://doi.org/10.1046/j.1523- 1755.2001.00032.x PMID: 11703581.
7. Rabb H, Barroso-Vicens E, Adams R, Pow-Sang J, Ramirez G. Alpha-V/beta-3 dan alpha-V/beta-5 taburan integrin dalam buah pinggang neoplastik. Am J Nephrol. 1996; 16(5):402–8. https://doi.org/10.1159/ 000169032 PMID: 8886177.
8. Lopez CA, Hoyer JR, Wilson PD, Waterhouse P, Denhardt DT. Heterogeniti ekspresi osteopontin di kalangan nefron dalam buah pinggang tikus dan ekspresi dipertingkatkan dalam glomeruli sklerotik. Penyiasatan makmal; jurnal kaedah teknikal dan patologi. 1993; 69(3):355–63. Epub 1993/09/01. PMID: 8377476.
9. Giacopelli F, Marciano R, Pistorio A, Catarsi P, Canini S, Karsenty G, et al. Polimorfisme dalam promoter osteopontin menjejaskan aktiviti transkripnya. Genomik fisiologi. 2004; 20(1):87–96. Epub 2004/10/14. https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00138.2004 PMID: 15479859.
10. Salimi S, Noora M, Nabizadeh S, Rezaei M, Shahraki H, Milad MK, et al. Persatuan polimorfisme timah osteopontin rs1126616 dan tahap osteopontin serum yang lebih tinggi dengan nefritis lupus. Biomed Rep. 2016; 4(3):355–60. Epub 2016/03/22. https://doi.org/10.3892/br.2016.589 PMID: 26998275; PMCID Pusat PubMed: PMC4774351.
11. Forton AC, Petri MA, Goldman D, Sullivan KE. Polimorfisme osteopontin (SPP1) dikaitkan dengan lupus erythematosus sistemik. Hum Mutat. 2002; 19(4):459. Epub 2002/04/05. https://doi.org/10. 1002/humu.9025 PMID: 11933203.
12. Xu AP, Bai J, Lu¨ J, Liang YY, Li JG, Lai DY, et al. Polimorfisme gen Osteopontin berkaitan dengan sistemik lupus erythematosus pada pesakit Cina. Chin Med J (Engl). 2007; 120(23):2124–8. Epub 2008/01/03. PMID: 18167187.
13. Fathy R, Elsayed GR, Hasan AS. Polimorfisme Gen Osteopontin 9250 C/T dalam Pesakit Nefritis Lupus Mesir. SL Perubatan Klinikal: Penyelidikan. 2021; 4(1):120.
14. Kaleta B, Krata N, Zagozdzon R, Mucha K. Polimorfisme Gen Osteopontin dan Perkumuhan OPN Kencing dalam Pesakit dengan Nefropati Immunoglobulin A. sel. 2019; 8(6). https://doi.org/10.3390/ cells8060524 PMID: 31159229; PMCID Pusat PubMed: PMC6628186.
15. Cheema BS, Iyengar S, Ahluwalia TS, Kohli HS, Sharma R, Shah VN, et al. Persatuan polimorfisme penggalak gen Osteo pontin dengan kerentanan kepada nefropati diabetik dalam orang India Asia. Clinica chimica Acta; Jurnal Antarabangsa Kimia Klinikal. 2012; 413(19–20):1600–4. Epub 2012/05/ 16. https://doi.org/10.1016/j.cca.2012.04.028 PMID: 22584029.
