DNA Methylome Dan Transkriptom Mengenalpasti Gen dan Laluan Utama yang Terlibat dalam Pembentukan Kulit Telur Berbintik-bintik dalam Ayam Petelur Tua

Abstrak

Latar belakang

Kualiti kulit telur ayam berkait rapat dengan keuntungan pengeluaran telur. Bintik kulit telur mencerminkan ciri kualiti penting yang mempengaruhi penampilan telur dan pilihan pelanggan. Walau bagaimanapun, mekanisme pembentukan bintik masih kurang difahami. Dalam kajian ini, kami secara sistematik membandingkan indeks imun dan antioksidan serum ayam bertelur berbintik-bintik dan normal. Analisis transkriptom dan metilom digunakan untuk menjelaskan mekanisme pembentukan bintik kulit telur.

manfaat cistanche untuk lelaki-menguatkan sistem imun

Klik di sini untuk melihat produk Cistanche Enhance Immunity

【Minta lebih lanjut】 E-mel:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Keputusan

Keputusan menunjukkan bahawa tujuh gen yang dinyatakan secara berbeza (DEG) telah dikenal pasti antara kumpulan normal dan bintik. Analisis pengayaan set gen (GSEA) mendedahkan bahawa gen yang dinyatakan terutamanya diperkaya dalam laluan isyarat kalsium, lekatan fokus, dan laluan isyarat MAPK. Selain itu, 282 gen metilasi diferensial (DMG) telah dikesan, yang mana 15 gen dikaitkan dengan penuaan, termasuk ARNTL, CAV1, dan GCLC. Analisis laluan menunjukkan bahawa DMG dikaitkan dengan imuniti pengantaraan sel T, tindak balas kepada tekanan oksidatif, dan tindak balas selular terhadap rangsangan kerosakan DNA. Analisis integratif transkriptom dan data metilasi DNA mengenal pasti BFSP2 sebagai satu-satunya gen yang bertindih, yang dinyatakan pada tahap rendah dan hypomethylated dalam kumpulan speckle.

Kesimpulan

Secara keseluruhan, keputusan ini menunjukkan bahawa gen dan laluan berkaitan penuaan dan imun memainkan peranan penting dalam pembentukan kulit telur berbintik-bintik, memberikan maklumat berguna untuk meningkatkan kualiti kulit telur.

cistanche tubulosa-meningkatkan sistem imun

Kata kunci

Ayam bertelur, Telur berbintik-bintik, Transkriptom, Metilasi DNA, Kekebalan

Latar belakang

Telur ayam adalah salah satu sumber protein yang paling penting, dan kosnya yang agak rendah menjadikannya popular di kalangan pengguna. Sepanjang empat dekad yang lalu, pengeluaran telur telah meningkat dengan ketara disebabkan oleh pembangunan baka telur khusus dan pemilihan genetik, dengan sasaran "Memberi makan ayam petelur selama 100 minggu untuk menghasilkan 500 telur" [ 1, 2]. Walau bagaimanapun, pencapaian sasaran ini telah dihadkan oleh penurunan beransur-ansur dalam kualiti kulit telur dan fisiologi yang berkaitan dengan penuaan ayam, mengakibatkan peningkatan berat kulit telur, warna kulit telur yang lebih cerah, dan kulit telur berbintik-bintik [3]. Bintik coklat kemerahan, ciri kualiti kulit telur yang penting, sering muncul pada hujung kulit telur coklat yang tumpul, dengan ketara menjejaskan penampilan telur dan pilihan pelanggan. Tahap bintik kulit telur dinilai menggunakan kaedah pemarkahan. Bintik boleh dijaringkan mengikut keamatan pigmen, pengedaran, dan saiz bintik [4]. Selain itu, kebolehwarisan kulit telur berbintik berkisar antara 0.15-0.2, menunjukkan penentuan genetik [5]. Selain itu, kajian terdahulu menunjukkan bahawa ayam tua mempunyai kadar kulit telur berbintik yang lebih tinggi daripada ayam muda, mencapai 20% selepas umur 60 minggu [6]. Kelenjar kulit telur ialah organ pembentukan telur yang memainkan peranan penting dalam struktur kulit telur dan pembentukan warna. Semasa pembentukan telur, kuning telur bergerak melalui infundibulum, magnum, dan isthmus dan mencapai kelenjar kulit telur, yang merembeskan sejumlah besar kalsium, pigmen, kutikula, dan bahan lain, membentuk struktur kulit telur yang lengkap dan kutikula luar [7-9]. ]. Sebarang pengubahsuaian atau kerosakan pada kelenjar kulit telur mempengaruhi pembentukan struktur kulit telur dan pigmentasi [10–12]. Metilasi DNA ialah salah satu laluan pengubahsuaian yang paling awal diketahui dan melibatkan pemindahan kumpulan metil ke tapak karbon kelima sitosin untuk membentuk 5-metilcytosine [13]. Metilasi DNA memainkan peranan penting dalam proses penuaan haiwan, mengawal ekspresi gen yang berkaitan dengan usia dan etiologi penyakit neurologi, imunologi dan metabolik [14-17]. Selain itu, metilasi DNA yang digabungkan dengan faktor persekitaran boleh menyebabkan fenotip yang berbeza semasa penuaan [18]. Beberapa fenotip ternakan kompleks telah dikaitkan dengan metilasi DNA [19, 20]. Baru-baru ini, penjujukan RNA (RNA-seq) telah berguna dalam mendedahkan gen dan laluan ciri asas pada tahap transkrip [21-24], seperti perkembangan otot embrio, kecekapan suapan, dan saiz sampah. Kajian terdahulu kami menunjukkan bahawa, walaupun kejadian kulit telur berbintik tidak menjejaskan prestasi ayam bertelur (data tidak diterbitkan), bintik boleh menjejaskan penampilan telur dan mengurangkan nilai ekonominya dengan ketara. Selain itu, mekanisme molekul pembentukan telur berbintik kurang difahami. Oleh itu, kajian ini bertujuan untuk menjelaskan mekanisme pembentukan kulit telur berbintik-bintik menggunakan teknik transkriptom dan metilasi DNA. Memandangkan kulit telur berbintik adalah warisan dan berkaitan dengan usia, kami menggunakan gabungan analisis metilasi transkriptom dan DNA untuk meneroka gen dan laluan utama yang terlibat dalam pembentukan kulit telur berbintik. Adalah dijangkakan bahawa penemuan kajian ini akan meningkatkan pemahaman tentang mekanisme molekul pembentukan sifat kulit telur, yang berguna untuk pembiakan haiwan.

Rajah 1 Telur biasa dan berbintik daripada ayam bertelur yang sudah tua. A Telur biasa, B Telur berbintik

Jadual 1 Parameter biokimia serum bagi kumpulan normal dan bintik

Keputusan

Parameter biokimia serum

A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) dalam parameter antioksidan antara kumpulan normal dan bintik.

Profil transkrip kelenjar kulit telur

Enam perpustakaan cDNA telah dibina daripada kumpulan speckle dan normal. Selepas kawalan kualiti, sejumlah 615,170,158 bacaan mentah dan 604,275,600 bacaan bersih diperolehi (98.22% daripada bacaan mentah). Selepas penjajaran menggunakan perisian HISAT2, kadar pemetaan ialah 90.75-93.18%, dan kadar pemetaan unik dalam semua sampel adalah lebih besar daripada 73.47% (Jadual Tambahan S3). Tahap ekspresi gen digambarkan menggunakan peta haba kelompok dan analisis komponen utama (PCA). Tiada perbezaan ketara dalam profil ekspresi gen sampel daripada kumpulan bintik dan normal, kerana sampel tidak membentuk kelompok yang berbeza (Rajah 2A, B). Sebanyak tujuh gen yang dinyatakan secara berbeza (DEG) telah dikenal pasti antara kumpulan normal dan bintik (m.s<0.05, |log2 Fold Change|>1), termasuk dua gen terkawal dan lima terkawal (Jadual 2). Analisis pengayaan set gen (GSEA) menunjukkan bahawa empat laluan telah diperkaya dengan ketara oleh gen yang dinyatakan (Jadual Tambahan S4). Skor pengayaan normal negatif (NES) menunjukkan tahap ekspresi yang lebih rendah untuk beberapa laluan dalam kumpulan normal berbanding dengan kumpulan speckle, dengan laluan isyarat kalsium, interaksi reseptor ligan neuroaktif, lekatan fokus, dan laluan isyarat MAPK menjadi laluan dengan ungkapan terendah (Rajah 2C). DEG pokok (BFSP2, IQSEC, TMOD4) yang dikenal pasti oleh RNA-seq telah disahkan menggunakan PCR masa nyata kuantitatif (qRT-PCR). Ekspresi yang sama bagi tiga gen terbukti menggunakan RNA-Seq dan qRT-PCR, dan pekali penentuan (R2 ) mencapai 0.93 (Rajah 2D), menunjukkan bahawa data RNA-seq boleh dipercayai.

Jadual 2 Gen yang dinyatakan secara berbeza (DEG) antara ayam yang bertelur berbintik dan normal

Rajah 2 Profil transkriptom kelenjar kulit telur. A Peta haba tahap ekspresi gen, B Analisis komponen utama semua gen menggunakan nilai ekspresi ternormal DEseq2, C Tiga set gen wakil daripada keputusan analisis pengayaan set gen, D Keputusan pengesahan qPCR bagi gen yang dinyatakan secara berbeza

Profil metilasi DNA kelenjar kulit telur

A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{{0}}.89) (Gamb. 3A). PCA menunjukkan bahawa sampel daripada kedua-dua kumpulan tidak jauh berbeza, kerana mereka tidak membentuk kelompok yang berasingan (Rajah 3B). Tiada perbezaan ketara dalam tahap metilasi CG, CHG, dan CHH antara kedua-dua kumpulan (Rajah 3C). Walau bagaimanapun, kumpulan speckle menunjukkan tahap metilasi CG yang lebih tinggi daripada kumpulan normal. Kawasan ulangan dan ekson mempamerkan tahap metilasi CG tertinggi, manakala rantau 5′ UTR mempunyai tahap metilasi CG terendah (Rajah 3D). Sebanyak 2788 kawasan metilasi berbeza (DMR) telah dikenal pasti antara kumpulan normal dan bintik. DMR terletak terutamanya dalam intron (47.45%), diikuti oleh rantau intergenik (36.05%), ekson (8.29%), promoter (5.95%), 3'-UTR (1.18%), dan 5'-UTR ( 0.97%) wilayah (Rajah 4). Selain itu, 282 gen metilasi berbeza (DMG) telah dikenal pasti, termasuk 172 gen hipermetilasi dan 74 hipometilasi di rantau promoter. Selain itu, 36 DMG ditemui dalam badan gen, termasuk 30 gen hipermetilasi dan enam gen hipometilasi. Kami menukar DMG kepada ortolog manusia mereka dan memperoleh 158 simbol gen yang dimuat naik dalam Metascape untuk anotasi fungsi, ontologi gen (GO) dan analisis laluan. Gen diperkaya dalam 176 proses biologi GO, termasuk pengawalan tindak balas selular terhadap rangsangan faktor pertumbuhan dan imuniti pengantaraan sel T, tindak balas kepada tekanan oksidatif, dan tindak balas selular terhadap rangsangan kerosakan DNA.

Rajah 3 Tahap metilasi keseluruhan dalam ayam bertelur berbintik dan normal. Analisis korelasi tahap metilasi antara sampel daripada dua kumpulan. B Analisis komponen utama tahap metilasi semua sampel. C Histogram tahap metilasi tapak sitosin dalam dua kumpulan. D Carta garisan tahap metilasi bagi kawasan genomik yang berbeza. Kawasan genomik setiap gen dibahagikan kepada 20 tong; tahap metilasi tapak sitosin bagi kawasan fungsian yang sepadan bagi semua gen kemudiannya dipuratakan.

Rajah 4 Histogram anotasi kawasan metilasi diferensial (DMR) dalam kawasan fungsi genomik

Rajah 5 istilah A GO bagi DMG. B Hubungan antara ekspresi gen dan tahap metilasi DNA dalam kumpulan bintik. C Hubungan antara ekspresi gen dan tahap metilasi DNA dalam kumpulan normal. D Gambar rajah Venn gen bertindih antara DEG dan DMG

Analisis laluan menunjukkan bahawa gen diperkaya dalam 19 laluan Ensiklopedia Gen dan Genom (KEGG) Kyoto, termasuk kemerosotan RNA, peraturan mediator radang saluran TRP, dan laluan isyarat TNF. Selain itu, 25 set gen telah dikesan, termasuk isyarat oleh Rho GTPases, kitaran RHO GTPase dan kitaran CDC42 GTPase. 20 kelompok ontologi diperkaya teratas ditunjukkan dalam Rajah 5A. Antara 158 gen manusia homolog, 15 berkaitan dengan penuaan atau umur panjang (Jadual Tambahan S6). Analisis integratif bagi penjujukan bisulfit keseluruhan genom (WGBS) dan data RNA-seq telah dilakukan untuk menentukan hubungan antara metilasi DNA dan tahap ekspresi gen (Rajah 5B dan C). Terdapat korelasi negatif antara metilasi DNA dan tahap ekspresi gen di hulu tapak permulaan transkripsi (TSS) dan hiliran tapak penamatan transkripsi (TTS); walau bagaimanapun, tiada korelasi antara metilasi DNA dan tahap ekspresi gen dalam badan gen. Gambar rajah Venn menunjukkan bahawa BFSP2 adalah satu-satunya gen yang bertindih antara DMG dan DEG (Rajah 5D).

Perbincangan

Kajian selama beberapa tahun telah menunjukkan bahawa pembentukan bintik pada kulit telur adalah diwarisi, dan ayam bertelur yang berumur menghasilkan kadar kulit telur yang lebih tinggi daripada ayam yang lebih muda [6]. Penuaan ayam bertelur sering disertai dengan keradangan kronik dan tekanan oksidatif [25, 26]. Parameter darah haiwan mencerminkan status fisiologi dan pemakanan mereka. SOD, GSH-PX, GSH, CAT, dan T-AOC adalah komponen sistem pertahanan antioksidan. Keputusan kajian ini menunjukkan bahawa tidak terdapat perbezaan yang signifikan dalam kapasiti antioksidan ayam tua antara kumpulan bintik dan normal, yang bertentangan dengan penemuan Moreno dan Osorno [27]. Moreno melaporkan bahawa burung bertelur dengan cengkerang berbintik mungkin mengalami tekanan fisiologi kerana fungsi pro-oksidan komponen bintik utama dan mempunyai toleransi yang lebih tinggi terhadap tekanan oksidatif [28]. Perbezaan dalam keputusan boleh dikaitkan dengan spesies berbeza yang digunakan dalam kajian.

cistanche tubulosa-meningkatkan sistem imun

Imunoglobulin adalah protein yang terlibat dalam proses anti-radang dan memainkan peranan pengawalseliaan dalam tindak balas keradangan [29]. Kajian terdahulu menunjukkan bahawa burung Blue Tit yang bertelur berbintik-bintik menunjukkan tahap imunoglobulin yang rendah [30]. Begitu juga, keputusan kajian ini menunjukkan bahawa burung dalam kumpulan bintik mempunyai tahap IgA serum yang jauh lebih rendah berbanding dengan kumpulan normal, menunjukkan bahawa ayam dalam kumpulan bintik mungkin mempunyai keupayaan anti-radang yang lebih rendah, yang konsisten dengan penemuan Martínez dan Merino [30]. IgA, sebagai salah satu petunjuk penting dalam menilai fungsi imun humoral ayam, mempunyai fungsi antivirus, antibakteria, dan antitoksin [31]. Kajian telah menunjukkan bahawa suplemen diet yis -glukan boleh meningkatkan kandungan IgA serum. Kandungan IgA yang meningkat boleh meningkatkan keupayaan individu untuk mengekalkan homeostasis imun, yang membawa kepada manfaat kesihatan yang mungkin [32]. Kajian juga menunjukkan bahawa apabila ayam petelur semakin tua, daya tahannya terhadap patogen luar berkurangan [33]. Apabila patogen memasuki badan ayam bertelur yang sudah tua, sistem pertahanan mukosa tisu oviduk mungkin rosak akibat penurunan imuniti yang serentak [34]. Walau bagaimanapun, tahap IgA yang lebih tinggi boleh meningkatkan keupayaan badan untuk mengekalkan homeostasis imun, menghalang pencerobohan patogen ke dalam tisu submukosa oviduk, sekali gus mengekalkan kualiti kulit telur yang baik. Tambahan pula, analisis RNA-seq mengenal pasti tujuh DEG antara kumpulan speckle dan normal, termasuk IQSEC3, BFSP2, TMOD4, LOC112530987, GABRA2, TRIQK, dan pseudogene. IQSEC3, ahli keluarga faktor pertukaran nukleotida nukleotida guanine ARF (GEF) yang tahan brefeldin [35, 36], menggalakkan perkembangan sinaps perencatan dengan mengikat dengan gephyrin [37]. IQSEC3 adalah penting dari segi fungsi untuk mengekalkan aktiviti rangkaian dalam vivo. Ketukan IQSEC3 dalam gyrus dentate hippocampal dalam tikus mengurangkan ketumpatan sinaps GABAergik dan meningkatkan kerentanan kepada sawan yang teruk [38]. Walau bagaimanapun, tiada kajian mengenai fungsi IQSEC3 dalam ayam.

Asid gamma-aminobutyric (GABA) ialah neurotransmitter perencatan utama dalam sistem saraf pusat vertebrata [39] dan boleh mengubah struktur reseptor dan kebolehtelapan ion reseptor yang sepadan [40]. GABA boleh bertindak secara langsung pada sel otot licin tiub melalui GABAA-R atau GABAB-R, yang terletak pada dinding tiub fallopio dan mengambil bahagian dengan mengawal kontraksi tiub dalam arnab [39], manusia [41], dan tikus [42]. Kajian telah menunjukkan bahawa GABRA1 memainkan peranan penting dalam pengeluaran telur. Tahap ekspresi tinggi GABRA1 boleh menghalang percambahan sel granulosa, meningkatkan apoptosis sel, dan menghalang sintesis dan rembesan progesteron, mengakibatkan pengeluaran telur berkurangan [43-45]. Irama bertelur ayam bertelur adalah proses neuromodulator [46, 47]. Berdasarkan keputusan ini, kami membuat spekulasi bahawa terdapat hubungan halus antara pembentukan bintik kulit telur dan sistem saraf, walaupun pautan yang tepat memerlukan penyiasatan lanjut.

TMOD4, ahli keluarga protein yang menutup hujung tajam filamen aktin [48], dinyatakan dalam otot rangka dan jantung [49, 50]. Kajian telah melaporkan bahawa TMOD4 terdapat dalam kanta ayam dewasa, eritrosit, dan gentian otot rangka berkedut cepat [51]. TMOD4 telah didapati mengambil bahagian dalam pemasangan myofibril, penguncupan otot, dan pembezaan [52-54]. Penguncupan otot oviduk menyebabkan telur berputar di dalam rahim, membolehkan pigmen termendap sama rata pada permukaan kulit telur. Kami membuat spekulasi bahawa pembentukan telur berbintik mungkin berkaitan dengan pengecutan otot oviduk, tetapi kajian lanjut diperlukan. GSEA digunakan untuk menganalisis fungsi biologi semua gen yang dinyatakan untuk mengelakkan kehilangan beberapa set gen yang menarik melalui strategi bebas cutof. Gen yang dinyatakan terutamanya diperkaya dalam laluan isyarat kalsium, lekatan fokus, laluan isyarat MAPK, dan interaksi reseptor ligan neuroaktif. Telah dilaporkan bahawa dalam proses mineralisasi kulit telur, gen yang berkaitan dengan laluan isyarat kalsium terlibat dalam penyerapan ion kalsium dan karbonat daripada darah dan diangkut ke cecair rahim melalui sel epitelium oviduk untuk mengambil bahagian dalam kulit telur. mineralisasi [46, 55]. Apabila ion kalsium dan karbonat terus bermineral dalam kulit telur, telur berputar secara berterusan di dalam rahim, dan pigmen kulit telur, protoporphyrin-IX, boleh dimendapkan secara seragam pada permukaan kulit telur [56]. Kami membuat spekulasi bahawa perbezaan dalam bekalan ion karbonat dan kalsium antara kedua-dua kumpulan mungkin telah menyebabkan pengedaran pigmen yang tidak sekata dalam proses pemendapan pada permukaan kulit telur, menyebabkan bintik-bintik kulit telur.

cistanche tubulosa-meningkatkan sistem imun

Lekatan fokus ialah struktur makromolekul yang membentuk sambungan mekanikal antara sitoskeleton aktin intraselular dan komponen matriks ekstraselular [57]. Telah ditunjukkan bahawa lekatan fokus memainkan peranan penting dalam mengekalkan morfologi dan fungsi oviduk dalam katak coklat Cina [58], manakala lekatan fokus juga telah terlibat dalam mekanisme perbezaan pengeluaran telur dalam ayam Jinghai Yellow dan Nandan-Yao. ayam ternakan [59, 60]. Dalam kajian semasa, lekatan fokus terlibat dalam pembentukan bintik-bintik kulit telur, tetapi mekanisme penyertaan khusus masih memerlukan penyiasatan lanjut. Laluan MAPK mempunyai tiga ahli yang menonjol: p38 kinase protein diaktifkan mitogen (p38 MAPK), Jun N-terminal kinase (JNK), dan kinase tindak balas ekstraselular (ERK), yang bersama-sama mengawal pertumbuhan sel, pembezaan, apoptosis, keradangan dan lain-lain. tindak balas fisiologi yang penting [61]. Laluan ERK 1/2 MAPK telah ditunjukkan memainkan peranan penting dalam pertumbuhan, perkembangan, dan pembezaan oviduk dan rahim [62]. Wang et al. menggunakan Vanadium untuk mendorong pertumbuhan sel epitelium oviduk dan mendapati ahli keluarga MAPK telah diaktifkan, membawa kepada tekanan oksidatif oviduk, mengurangkan aktiviti sel, dan apoptosis sel [63]. Dalam kajian semasa, kami mendapati bahawa laluan isyarat MAPK dalam kumpulan berbintik-bintik telah diperkaya dengan ketara, dan oleh itu membuat spekulasi bahawa ayam yang bertelur berbintik-bintik mungkin mengalami sedikit tekanan, dengan sedikit kesan pada oviduk. Interaksi reseptor ligan neuroaktif berkaitan dengan sintesis hormon steroid dalam gonad. Mereka memainkan peranan penting dalam pengawalan pengeluaran telur dan fungsi ovari dalam ayam [59, 64]. Gen yang dinyatakan secara berbeza, GABRA2, juga tergolong dalam laluan interaksi reseptor ligan neuroaktif. Memandangkan bintik-bintik kulit telur muncul sebagai hasil pengeluaran telur, dan pengeluaran telur adalah proses berirama, pengayaan besar interaksi reseptor ligan neuroaktif dalam kumpulan berbintik-bintik membawa kita untuk membuat spekulasi bahawa mungkin terdapat perbezaan dalam prestasi pengeluaran telur antara ayam yang bertelur berbintik-bintik. dan ayam bertelur biasa, tetapi ini memerlukan penerokaan lanjut.

Faktor persekitaran boleh mempengaruhi ekspresi gen melalui pengubahsuaian epigenetik. Gabungan pengubahsuaian genetik dan epigenetik boleh membantu dalam menjelaskan mekanisme pembentukan sifat kompleks [19, 65]. Hubungan antara metilasi DNA seluruh genom dan ekspresi gen telah dikaji selama bertahun-tahun [66, 67]. Secara amnya, metilasi DNA menindas ekspresi gen [68]. Keputusan kajian ini konsisten dengan penemuan sebelumnya dalam tahap ekspresi gen yang tinggi dikaitkan dengan metilasi DNA yang rendah di rantau promoter [67, 68]. Walau bagaimanapun, tiada trend yang jelas diperhatikan di rantau badan gen, yang mungkin kerana corak ekspresi gen juga dikawal oleh faktor lain [69, 70]. Analisis pengayaan fungsional mendedahkan bahawa DMG terutamanya diperkaya dalam imuniti pengantara sel T, tindak balas kepada tekanan oksidatif, dan tindak balas selular terhadap rangsangan kerosakan DNA, dan kebanyakan laluan dikaitkan dengan penuaan [71-73]. Gen berkaitan penuaan lain juga telah dikenal pasti, termasuk GCLC [74], CAV1 [75], dan LYN [76]. Gabungan data transkriptom dan metilasi DNA menunjukkan bahawa BFSP2 adalah satu-satunya gen yang bertindih dan dinyatakan dengan ketara pada kedua-dua tahap metilasi DNA dan transkriptomi. BFSP2 telah hypomethylated dan tahap ekspresinya rendah dalam kumpulan speckle, menunjukkan ekspresi gen dikawal oleh faktor transkripsi lain sebagai tambahan kepada pengubahsuaian metilasi. Selain itu, BFSP2 telah dikenal pasti sebagai gen calon dalam katarak kongenital dominan autosomal [77] dan penyakit katarak progresif [78]. Walaupun telah ditunjukkan bahawa BFSP2 berkaitan dengan perkembangan mata dalam ayam [79], kajian tentang fungsi lain dalam ayam adalah terhad. Oleh itu, kajian lanjut adalah perlu untuk menjelaskan peranannya dalam pembentukan kulit telur berbintik-bintik.

manfaat cistanche untuk lelaki-menguatkan sistem imun

Kesimpulan

Kesimpulannya, indeks imun serum menunjukkan bahawa kandungan IgA dalam kumpulan berbintik adalah jauh lebih rendah daripada kumpulan normal, dan kami membuat spekulasi bahawa penurunan fungsi imun berkait rapat dengan pembentukan bintik kulit telur. Analisis transkriptom mengesan tujuh DEG antara kumpulan berbintik dan normal, yang mana IQSEC3, GABRA2, dan BFSP2 dikenal pasti sebagai gen yang berpotensi penting yang dikaitkan dengan pembentukan telur berbintik. Analisis metilasi DNA mengenal pasti DMG yang dikaitkan dengan imuniti pengantaraan sel T, tindak balas kepada tekanan oksidatif, dan tindak balas selular terhadap rangsangan kerosakan DNA. Daripada 282 DMG yang dikenal pasti, 15 dikaitkan dengan penuaan. Analisis integratif transkriptom dan metilasi DNA mendedahkan bahawa satu-satunya gen yang bertindih ialah BFSP2, yang hampir tidak dikaji dalam ayam. Data yang dibentangkan di sini mencadangkan bahawa laluan imun dan penuaan ayam bertelur mungkin menyumbang kepada pembentukan kulit telur berbintik-bintik, meningkatkan pemahaman kita tentang mekanisme penjanaan bintik-bintik kulit telur.

Rujukan

1. Bain MM, Nys Y, Dunn IC. Meningkatkan kegigihan dalam bertelur dan menstabilkan kualiti telur dalam kitaran bertelur yang lebih lama. Apakah cabarannya? Br Poult Sci. 2016;57(3):330–8.

2. Pottgüter R. Memberi makan ayam petelur sehingga umur 100 minggu. Lohmann Inf. 2016;50:18–21.

3. Molnar A, Maertens L, Ampe B, Buyse J, Kempen I, Zoons J, Delezie E. Perubahan dalam ciri kualiti telur semasa fasa terakhir pengeluaran: adakah terdapat potensi untuk kitaran bertelur yang dilanjutkan? Br Poult Sci. 2016;57(6):842–7.

4. Gosler AG, Higham JP, James Reynolds S. Mengapakah telur burung berbintik-bintik? Ecol Lett. 2005;8(10):1105–13.

5. Arango J, Settar P, Arthur J, O'Sullivan N. Hubungan antara warna cangkerang dan kejadian bintik-bintik dalam garisan telur perang. In: Proc XIIth European Poultry Conference: 2006. 2006. hlm. 10–4.

6. Cheng X, Fan C, Ning Z. Kualiti telur jeragat dan faktor pengaruhnya. Chinese Poult Sci. 2019;41(19):6–9 (Dalam bahasa Cina).

7. Hincke MT, Nys Y, Gautron J, Mann K, Rodriguez-Navarro AB, McKee MD. Kulit telur: struktur, komposisi dan mineralisasi. Biosci Depan (Landmark Ed). 2012;17(4):1266–80.

8. Samiullah S, Roberts JR, Chousalkar K. Warna kulit telur dalam ayam bertelur coklat - ulasan. Poult Sci. 2015;94(10):2566–75.

9. Wilson PW, Suther CS, Bain MM, Icken W, Jones A, Quinlan-Pluck F, Olori V, Gautron J, Dunn IC. Memahami pembentukan kutikula telur burung dalam oviduk: kajian tentang asal usul dan pemendapan. Biol Reprod. 2017;97(1):39–49.

10 Zhu M, Li H, Miao L, Li L, Dong X, Zou X. Diet kadmium klorida menjejaskan biomineralisasi cangkang dengan mengganggu metabolisme kelenjar kulit telur dalam ayam bertelur. J Anim Sci. 2020;98(2):skaa025.

11. Qi X, Tan D, Wu C, Tang C, Li T, Han X, Wang J, Liu C, Li R, Wang J. Kemerosotan kualiti kulit telur dalam ayam petelur yang dijangkiti secara eksperimen dengan virus influenza burung H9N2. Vet Res. 2016;47:35.

12. Wang J, Yuan Z, Zhang K, Ding X, Bai S, Zeng Q, Peng H, Celi P. Epigallocatechin-3-gallate protected vanadium-induced eggshell depigmentation melalui P38MAPK-Nrf2/HO-1 laluan isyarat dalam ayam bertelur. Poult Sci. 2018;97(9):3109–18.

13. Avery OT, Macleod CM, McCarty M. Kajian tentang sifat kimia bahan yang mendorong transformasi jenis pneumokokal: aruhan transformasi oleh pecahan asid desoksiribonukleik yang diasingkan daripada jenis pneumococcus Iii. J Exp Med. 1944;79(2):137–58.

14. Kochmanski J, Marchlewicz EH, Cavalcante RG, Sartor MA, Dolinoy DC. Metilasi DNA epigenome-lebar yang berkaitan dengan usia dan hidroksimetilasi dalam darah tikus membujur. Epigenetik. 2018;13(7):779–92.

15. Zhang X, Hu M, Lyu X, Li C, Thannickal VJ, Sanders YY. Metilasi DNA mengawal ekspresi gen dalam fibrosis organ. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2017;1863(9):2389–97.

16. Ehrlich M. DNA hypermethylation dalam penyakit: mekanisme dan kaitan klinikal. Epigenetik. 2019;14(12):1141–63.

17. Ling C, Ronn T. Epigenetik dalam Obesiti Manusia dan Diabetes Jenis 2. Metab Sel. 2019;29(5):1028–44.

18. Kaminen-Ahola N, Ahola A, Maga M, Mallett KA, Fahey P, Cox TC, Whitelaw E, Chong S. Penggunaan etanol ibu mengubah epigenotip dan fenotip anak dalam model tetikus. Genet PLoS. 2010;6(1):e1000811.

19 Tan X, Liu R, Xing S, Zhang Y, Li Q, Zheng M, Zhao G, Wen J. Pengesanan Luas Genome bagi Gen Utama dan Penanda Epigenetik untuk Hati Berlemak Ayam. Int J Mol Sci. 2020;21(5):1800.

20. Hwang JH, An SM, Kwon S, Park DH, Kim TW, Kang DG, Yu GE, Kim IS, Park HC, Ha J, et al. Corak metilasi DNA dan ekspresi gen yang dikaitkan dengan saiz sampah dalam plasenta babi Berkshire. PLoS SATU. 2017;12(9):e0184539.

21. Yu C, Qiu M, Zhang Z, Lagu X, Du H, Peng H, Li Q, Yang L, Xiong X, Xia B, et al. Penjujukan transkriptom mendedahkan gen yang terlibat dalam tekanan oksidatif yang dicetuskan kadmium dalam jantung ayam. Poult Sci. 2021;100(3):100932. 22. Boo SY, Tan SW, Alitheen NB, Ho CL, Omar AR, Yeap SK. Analisis transkriptom sel pembunuh semulajadi limfosit intraepithelial ayam yang dijangkiti virus penyakit bursal berjangkit yang sangat ganas. Sci Rep. 2020;10(1):18348.

23. Ren L, Liu A, Wang Q, Wang H, Dong D, Liu L. Analisis transkriptom perkembangan otot embrio dalam Ayam Gunung Chengkou. BMC Genomics. 2021;22(1):431.

24. Yang C, Han L, Li P, Ding Y, Zhu Y, Huang Z, Dan X, Shi Y, Kang X. Pencirian dan Analisis Transkriptom Duodenal Lembu Daging Cina Dengan Kecekapan Makanan Mencapah Menggunakan RNA-Seq. Genet Depan. 2021;12:741878.

25. Wang J, Jia R, Gong H, Celi P, Zhuo Y, Ding X, Bai S, Zeng Q, Yin H, Xu S, et al. Kesan Tekanan Oksidatif pada Ovari Ayam: Penglibatan Intervensi Mikrobiota dan Melatonin. Antioksidan (Basel). 2021;10(9):1422.

26. Attia YA, Al-Harthi MA, Abo El-Maaty HM. Tahap Kalsium dan Kolekalsiferol dalam Ayam Petelur Fasa Akhir: Kesan pada Ciri-ciri Produktif, Kualiti Telur, Biokimia Darah dan Tindak Balas Imun. Hadapan Vet Sci. 2020;7:389.

27. Moreno J, Osorno JL. Warna telur burung dan pemilihan seksual: adakah pigmentasi kulit telur mencerminkan keadaan wanita dan kualiti genetik? Ecol Lett. 2003;6(9):803–6.

28. Afonso S, Vanore G, Batlle A. Protoporphyrin IX dan tegasan oksidatif. Percuma Radic Res. 1999;31(3):161–70.

29. Schwartz-Albiez R, Monteiro RC, Rodriguez M, Binder CJ, Shoenfeld Y. Antibodi semulajadi, imunoglobulin intravena dan peranannya dalam autoimun, kanser dan keradangan. Clin Exp Immunol. 2009;158(Bekalan 1):43–50.

30. Martínez-de la Puente J, Merino S, Moreno J, Tomás G, Morales J, Lobato E, García-Fraile S, Martínez J. Adakah kekotoran kulit telur dan warna penunjuk kesihatan dan keadaan pada payudara biru Cyanistes caeruleus? J Avian Biol. 2007;38(3):377–84.

31. Fagarasan S, Honjo T. Sintesis IgA usus: pengawalan pertahanan badan barisan hadapan. Nat Rev Immunol. 2003;3(1):63–72.

32. Zhen W, Shao Y, Wu Y, Li L, Pham VH, Abbas W, Wan Z, Guo Y, Wang Z. Suplemen beta-glukan yis pemakanan meningkatkan warna kulit telur dan kebolehtetasan telur yang subur serta meningkatkan fungsi imun dalam pembiak. ayam bertelur. Int J Biol Macromol. 2020;159:607–21.

33. Elhamouly M, Nii T, Isobe N, Yoshimura Y. Modulasi berkaitan usia sistem pertahanan imun semula jadi mukosa isthmik dan rahim dalam ayam petelur. Poult Sci. 2019;98(7):3022–8.

34. Li J, Qin Q, Li YX, Leng XF, Wu YJ. Pendedahan tri-ortho-cresyl fosfat membawa kepada pengeluaran telur yang rendah dan kualiti kulit telur yang lemah melalui gangguan perkembangan folikel dan fungsi kelenjar kulit dalam ayam bertelur. Ecotoxicol Environ Saf. 2021;225:112771.

35. Fukaya M, Kamata A, Hara Y, Tamaki H, Katsumata O, Ito N, Takeda S, Hata Y, Suzuki T, Watanabe M, et al. SynArfGEF ialah faktor pertukaran nukleotida guanin untuk Arf6 dan disetempatkan secara keutamaan pada pengkhususan pasca sinaptik sinaps perencatan. J Neurochem. 2011;116(6):1122–37.

36. Um JW. Fungsi sinaptik keluarga IQSEC faktor pertukaran nukleotida guanin faktor ribosilasi ADP. Neurosci Res. 2017;116:54–9.

37. Um JW, Choi G, Park D, Kim D, Jeon S, Kang H, Mori T, Papadopoulos T, Yoo T, Lee Y, et al. IQ Motif dan SEC7 Domain-containing Protein 3 (IQSEC3) Berinteraksi dengan Gephyrin untuk Menggalakkan Pembentukan Sinaps Perencatan. J Biol Chem. 2016;291(19):10119–30.

38. Kim S, Kim H, Park D, Kim J, Hong J, Kim JS, Jung H, Kim D, Cheong E, Ko J, et al. Kehilangan IQSEC3 Mengganggu Penyelenggaraan Sinaps GABAergic dan Mengurangkan Ekspresi Somatostatin dalam Hippocampus. Rep. Sel. 2020;30(6):1995-2005 e1995.

39. Erdö SL, Riesz M, Kárpáti E, Szporny L. Rangsangan pengantara reseptor GABAB terhadap pengecutan oviduk arnab terpencil. Eur J Pharmacol. 1984;99(4):333–6. 40. Roth FC, Draguhn A. GABA metabolisme dan pengangkutan: kesan pada keberkesanan sinaptik. Plast Neural. 2012;2012:805830.

41. Erdő SL, László Á, Szporny L, Zsolnai B. Ketumpatan tinggi tapak pengikat GABA tertentu dalam tiub fallopio manusia. Neurosci Lett. 1983;42(2):155–60.

42. Erdo SL, Rosdy B, Szporny L. Kepekatan GABA yang lebih tinggi dalam tiub fallopio berbanding di otak tikus. J Neurochem. 1982;38(4):1174–6.

43. Sun X, Chen X, Zhao J, Ma C, Yan C, Liswaniso S, Xu R, Qin N. Analisis perbandingan transkriptom folikel ovari mendedahkan gen utama dan laluan isyarat yang terlibat dalam pengeluaran telur ayam. BMC Genomics. 2021;22(1):899.

44. Chen X, Sun X, Chimbaka IM, Qin N, Xu X, Liswaniso S, Xu R, Gonzalez JM. Analisis transkrip folikel ovari mendedahkan potensi gen penting yang dikaitkan dengan peningkatan dan penurunan kadar pengeluaran telur ayam. Genet Depan. 2021;12:622751.

45. Luan X, Liu D, Cao Z, Luo L, Liu M, Gao M, Zhang X. Pemprofilan transkriptom mengenal pasti gen yang dinyatakan secara berbeza dalam ovari angsa Huoyan antara tempoh bertelur dan tempoh terhenti. PLoS SATU. 2014;9(11):e113211.

46. ​​Cui Z, Zhang Z, Amevor FK, Du X, Li L, Tian Y, Kang X, Shu G, Zhu Q, Wang Y, et al. Sirkadian miR-449c-5p mengawal pengangkutan Ca(2+) rahim semasa pengapuran kulit telur dalam ayam. BMC Genomics. 2021;22(1):764.

47. Mishra SK, Chen B, Zhu Q, Xu Z, Ning C, Yin H, Wang Y, Zhao X, Fan X, Yang M, et al. Analisis transkriptom mendedahkan gen yang dinyatakan secara berbeza yang dikaitkan dengan kadar pengeluaran telur yang tinggi dalam paksi pituitari-ovari ayam hipotalamus. Sci Rep. 2020;10(1):5976.

48. Cox PR, Siddique T, Zoghbi HY. Organisasi genomik Tropomodulins 2 dan 4 dan penyambungan intergenik dan intraeksonik YL-1 dan Tropomodulin 4 yang luar biasa. BMC Genomics. 2001;2:7.

49. Cox PR, Zoghbi HY. Penjujukan, analisis ekspresi dan pemetaan tiga gen tropomodulin manusia yang unik dan ortolog tetikus mereka. Genomik. 2000;63(1):97–107.

50. Yamashiro S, Gokhin DS, Kimura S, Nowak RB, Fowler VM. Tropomodulins: protein penutup hujung runcing yang mengawal seni bina filamen aktin dalam pelbagai jenis sel. Sitoskeleton (Hoboken). 2012;69(6):337–70.

51. Almenar-Queralt A, Lee A, Conley CA, Ribas de Pouplana L, Fowler VM. Pengenalpastian isoform tropomodulin novel, tropomodulin rangka, yang menutupi filamen aktin berhujung pada otot rangka pantas. J Biol Chem. 1999;274(40):28466–75.

52. Ren T, Li Z, Zhou Y, Liu X, Han R, Wang Y, Yan F, Sun G, Li H, Kang X. Penjujukan dan pencirian lncRNA dalam otot payudara ayam Gushi dan Arbor Acres. Genom. 2018;61(5):337–47.

53. Xu L, Zhao F, Ren H, Li L, Lu J, Liu J, Zhang S, Liu GE, Song J, Zhang L, et al. Analisis ekspresi bersama gen berkaitan berat janin dalam otot rangka ovine semasa peringkat pertengahan dan akhir perkembangan janin. Int J Biol Sci. 2014;10(9):1039–50.

54. Wu Y, Wang Y, Yin D, Mahmood T, Yuan J. Analisis transkriptom mendedahkan pemahaman molekul tentang nikotinamida dan natrium butirat pada kualiti daging ayam pedaging di bawah ketumpatan stok yang tinggi. BMC Genomics. 2020;21(1):412.

55. Zhang F, Yin ZT, Zhang JF, Zhu F, Hincke M, Yang N, Hou ZC. Mengintegrasikan data transkriptom, proteom dan QTL untuk menemui gen yang berfungsi penting untuk kulit telur itik dan pembentukan albumen. Genomik. 2020;112(5):3687–95.

56. Nys Y, Gautron J, Garcia-Ruiz JM, Hincke MT. Mineralisasi kulit telur burung: pencirian biokimia dan fungsi protein matriks. CR Palevol. 2004;3(6–7):549–62.

57. Chen CS, Alonso JL, Ostuni E, Whitesides GM, Ingber DE. Bentuk sel menyediakan kawalan global pemasangan lekatan fokus. Biochem Biophys Res Commun. 2003;307(2):355–61.

58 Su H, Zhang H, Wei X, Pan D, Jing L, Zhao D, Zhao Y, Qi B. Analisis Proteomik Perbandingan Rana chensinensis Oviduct. Molekul. 2018;23(6):1384.

59. Zhang T, Chen L, Han K, Zhang X, Zhang G, Dai G, Wang J, Xie K. Analisis transkrip ovari dalam telur yang lebih besar dan kurang menghasilkan Ayam Kuning Jinghai. Anim Reprod Sci. 2019;208:106114.

60. Sun T, Xiao C, Deng J, Yang Z, Zou L, Du W, Li S, Huo X, Zeng L, Yang X. Analisis transkriptom mendedahkan gen dan laluan utama yang dikaitkan dengan pengeluaran telur dalam ayam domestik Nandan-Yao. Comp Biochem Physiol Bahagian D Genomik Proteomik. 2021;40:100889.

61. Peter AT, Dhanasekaran N. Apoptosis sel granulosa: kajian semula mengenai peranan modul isyarat MAPK. Reprod Domest Anim. 2003;38(3):209–13.

62. Jeong W, Kim J, Ahn SE, Lee SI, Bazer FW, Han JY, Song G. AHCYL1 dimediasi oleh isyarat sel ERK1/2 MAPK yang disebabkan oleh estrogen dan peraturan mikroRNA untuk mempengaruhi aspek fungsi oviduk burung. PLoS SATU. 2012;7(11):e49204.

63. Wang J, Huang X, Zhang K, Mao X, Ding X, Zeng Q, Bai S, Xuan Y, Peng H. Kesan oksidatif dan apoptosis Vanadate dimediasi oleh laluan MAPK-Nrf2 dalam sel epitelium magnum lapisan oviduk. Metalomik. 2017;9(11):1562–75.

64. Tao Z, Song W, Zhu C, Xu W, Liu H, Zhang S, Huifang L. Analisis transkriptik perbandingan ovari itik yang menghasilkan telur tinggi dan rendah. Poult Sci. 2017;96(12):4378–88.

65. Shioda K, Odajima J, Kobayashi M, Kobayashi M, Cordazzo B, Isselbacher KJ, Shioda T. Pemeliharaan Transkriptomik dan Epigenetik Identiti Jantina Genetik dalam Gonad Embrio Ayam Jantan yang dicirikan oleh Estrogen. Endokrinologi. 2021;162(1):bqaa208.

66. Huang YZ, Sun JJ, Zhang LZ, Li CJ, Womack JE, Li ZJ, Lan XY, Lei CZ, Zhang CL, Zhao X, et al. Profil metilasi DNA seluruh genom dan hubungannya dengan mRNA dan transkriptom mikroRNA dalam tisu otot lembu (Bos taurine). Sci Rep. 2014;4:6546.

67. Tan X, Liu R, Zhang Y, Wang X, Wang J, Wang H, Zhao G, Zheng M, Wen J. Analisis bersepadu metilom dan transkriptom ayam dengan sindrom hemoragik hati berlemak. BMC Genomics. 2021;22(1):8.

68. Fu Y, Li J, Tang Q, Zou C, Shen L, Jin L, Li C, Fang C, Liu R, Li M, et al. Analisis bersepadu metilome, transkriptom, dan miRNAome bagi tiga baka babi. Epigenomik. 2018;10(5):597–612.

69. Lawrence M, Daujat S, Schneider R. Pemikiran sisi: bagaimana pengubahsuaian histon mengawal ekspresi gen. Trend Genet. 2016;32(1):42–56.

70. Zhao BS, Roundtree IA, He C. Regulasi gen pasca transkrip oleh pengubahsuaian mRNA. Nat Rev Mol Sel Biol. 2017;18(1):31–42.

71. Chakravarti B, Abraham GN. Penuaan dan imuniti pengantaraan sel T. Mech Penuaan Dev. 1999;108(3):183–206.

72. Camougrand N, Rigoulet M. Penuaan dan tekanan oksidatif: kajian beberapa gen yang terlibat dalam penuaan dan sebagai tindak balas kepada tekanan oksidatif. Respirator Fisiol. 2001;128(3):393–401.

73. Ribezzo F, Shiloh Y, Schumacher B. Tindak balas kerosakan DNA sistemik dalam penuaan dan penyakit. Biol Kanser Semin. 2016;37–38:26–35.

74. Orr WC, Radyuk SN, Prabhudesai L, Toroser D, Benes JJ, Luchak JM, Mockett RJ, Rebrin I, Hubbard JG, Sohal RS. Ekspresi berlebihan ligase glutamat-cysteine ​​memanjangkan jangka hayat dalam Drosophila melanogaster. J Biol Chem. 2005;280(45):37331–8.

75. Park DS, Cohen AW, Frank PG, Razani B, Lee H, Williams TM, Chandra M, Shirani J, De Souza AP, Tang B, et al. Tikus Caveolin-1 null (-/-) menunjukkan pengurangan dramatik dalam jangka hayat. Biokimia. 2003;42(51):15124–31.

76. Park JW, Ji YI, Choi YH, Kang MY, Jung E, Cho SY, Cho HY, Kang BK, Joung YS, Kim DH, et al. Polimorfisme gen calon untuk diabetes mellitus, penyakit kardiovaskular, dan kanser dikaitkan dengan umur panjang di Korea. Exp Mol Med. 2009;41(11):772–81.

77. Jakobs PM, Hess JF, FitzGerald PG, Kramer P, Weleber RG, Litt M. Katarak kongenital dominan autosomal yang dikaitkan dengan mutasi pemadaman dalam gen protein filamen manik manusia BFSP2. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1432–6.

78. Conley YP, Erturk D, Keverline A, Mah TS, Keravala A, Barnes LR, Bruchis A, Hess JF, FitzGerald PG, Weeks DE, et al. Lokus katarak progresif permulaan juvana pada kromosom 3q21-q22 dikaitkan dengan mutasi missense dalam protein struktur flamen manik-2. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1426–31.

79. Kumar P, Kasiviswanathan D, Sundaresan L, Kathirvel P, Veeriah V, Dutta P, Sankaranarayanan K, Gupta R, Chatterjee S. Menuai petunjuk daripada analisis transkrip genom luas untuk meneroka anomali pengantara thalidomide dalam perkembangan mata embrio anak ayam: Nitrik oksida membetulkan anomali pengantara thalidomide dengan mengayunkan kembali sistem kepada corak transkrip biasa. Biochimie. 2016;121:253–67.

80. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: prapemproses FASTQ semua-dalam-satu yang sangat pantas. Bioinformatik. 2018;34(17):i884–90.

81. Kim D, Paggi JM, Park C, Bennett C, Salzberg SL. Penjajaran genom berasaskan graf dan genotaip dengan HISAT2 dan HISAT-genotip. Nat Biotechnol. 2019;37(8):907–15.

82. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R, Pemprosesan Data Projek Genom S. Format Penjajaran Jujukan/Peta dan SAMtools. Bioinformatik. 2009;25(16):2078–9.

83. Liao Y, Smyth GK, Shi W. featureCounts: program tujuan am yang cekap untuk menetapkan bacaan jujukan kepada ciri genomik. Bioinformatik. 2014;30(7):923–30.

84. Love MI, Huber W, Anders S. Anggaran sederhana perubahan lipatan dan serakan untuk data RNA-seq dengan DESeq2. Genome Biol. 2014;15(12):550.

85. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, et al. Analisis pengayaan set gen: pendekatan berasaskan pengetahuan untuk mentafsir profil ekspresi seluruh genom. Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102(43):15545–50.

86. Krueger F, Andrews SR. Bismark: penjajar fleksibel dan pemanggil metilasi untuk aplikasi Bisulfte-Seq. Bioinformatik. 2011;27(11):1571–2.

87. Jones PA. Fungsi metilasi DNA: pulau, tapak permulaan, badan gen dan seterusnya. Nat Rev Genet. 2012;13(7):484–92.

88. Akalin A, Kormaksson M, Li S, Garrett-Bakelman FE, Figueroa ME, Melnick A, Mason CE. methylKit: pakej R komprehensif untuk analisis proses metilasi DNA seluruh genom. Genome Biol. 2012;13(10):R87.

89. Zhou Y, Zhou B, Pache L, Chang M, Khodabakhshi AH, Tanaseichuk O, Benner C, Chanda SK. Metascape menyediakan sumber berorientasikan ahli biologi untuk analisis set data peringkat sistem. Nat Commun. 2019;10(1):1523.