Sistem Antiviral Yis Pelbagai Mencegah Patogenesis Maut Disebabkan Oleh LA Mycovirus

Kajian terbaru menunjukkan bahawa sistem antivirus sangat dipelihara daripada bakteria kepada mamalia, menunjukkan bahawa pandangan unik tentang sistem ini boleh diperoleh dengan mengkaji organisma mikrob. Tidak seperti bakteria, walau bagaimanapun, di mana jangkitan phage boleh membawa maut, tiada akibat virus sitotoksik diketahui dalam yis Saccharomyces cerevisiae yang sedang tumbuh walaupun ia dijangkiti secara kronik dengan mikovirus RNA rantai dua yang dipanggil LA. Ini tetap berlaku walaupun sebelum ini mengenal pasti sistem antivirus yang dipelihara yang mengehadkan replikasi LA. Di sini, kami menunjukkan bahawa sistem ini bekerjasama untuk menghalang replikasi LA yang berleluasa, yang menyebabkan kematian dalam sel yang tumbuh pada suhu tinggi. Mengeksploitasi penemuan ini, kami menggunakan skrin overexpression untuk mengenal pasti fungsi antivirus untuk homolog yis protein pengikat poliA (PABPC1) dan domain La yang mengandungi protein Larp1, yang kedua-duanya terlibat dalam imuniti semula jadi virus pada manusia. Menggunakan pendekatan kehilangan fungsi pelengkap, kami mengenal pasti fungsi antivirus baharu untuk RNA exonucleases REX2 dan MYG1 yang dipelihara; kompleks pengawalseliaan kromatin SAGA dan PAF1; dan HSF1, pengawal selia transkrip induk bagi tindak balas tegasan proteostatik. Melalui penyiasatan sistem antivirus ini, kami menunjukkan bahawa patogenesis LA dikaitkan dengan tindak balas tekanan proteostatik yang diaktifkan dan pengumpulan agregat protein sitotoksik. Penemuan ini mengenal pasti tekanan proteotoksik sebagai punca asas patogenesis LA dan memajukan lagi yis sebagai sistem model yang berkuasa untuk penemuan dan pencirian sistem antivirus yang dipelihara.

Semua strain makmal dan kebanyakan pencilan persekitaran yis tunas S. cerevisiae dijangkiti virus RNA (dsRNA) beruntai dua yang dipanggil LA (1, 2). LA tergolong dalam keluarga Totiviridae yang tersebar luas bagi virus dsRNA endogen. Seperti semua virus keluarga ini, genom LA dsRNA dibungkus dalam virion yang melindunginya daripada penghadaman pengantara hos. Lubang dalam virion membenarkan penyemperitan transkrip RNA ke dalam sitosol yang mengekod protein kapsid, Gag, yang terdiri daripada sebahagian besar zarah. Transkrip LA juga mengekod protein gabungan Gag-pol, yang dihasilkan pada tahap yang jauh lebih rendah daripada protein Gag, yang mempunyai aktiviti polimerase RNA yang bergantung kepada RNA. Setiap virion mengandungi protein Gag-pol, yang menyumbang kepada replikasi LA dan transkripsi dalam zarah. Enkapsidasi transkrip virus dalam zarah yang baru lahir dan sintesis untaian RNA negatif oleh Gag-pol untuk membentuk genom dsRNA melengkapkan kitaran replikasi LA (2). Untuk menghasilkan protein ini, LA menggunakan ciri khas virus RNA yang terdapat pada manusia, termasuk mekanisme "cap-snatching" yang memberikan transkrip LA dengan topi 5'-metil dan mekanisme pengubah bingkai ribosom untuk menghasilkan protein gabungan Gag dan Gag-pol daripada satu transkrip (3, 4).

cistanche tubulosa-meningkatkan sistem imun

Kajian terbaru tentang sistem antivirus bakteria telah menunjukkan bahawa mereka berkongsi pemuliharaan evolusi yang luar biasa dengan manusia, mendedahkan potensi organisma mikrob untuk memberikan pandangan baharu tentang imuniti semula jadi virus (5-11). Malah, kajian awal yang melibatkan LA membawa kepada penemuan dua sistem antivirus yang kemudiannya telah ditunjukkan menyumbang kepada imuniti semula jadi terhadap pelbagai virus RNA dalam mamalia (12-17). Sistem antivirus pertama ini melibatkan gen SKI2, 3, dan 8, yang mengekod subunit kompleks berkaitan ribosom yang dipelihara yang menentang terjemahan transkrip yang tidak mempunyai ekor poli(A) seperti yang dikodkan oleh LA (18–23). Laluan pengecilan LA yang berasingan berlaku melalui Xrn1 (juga dikenali sebagai SKI1), exoribonuclease 5′{16}}′ yang merendahkan mRNA tidak bertutup (24–26).

Kami baru-baru ini mendapati bahawa DNA mitokondria / RNA endonuclease Nuc1 menindas pengumpulan LA dalam sel sporulasi, mewakili laluan antivirus yis baru (27). Nuc1 ialah homolog endonuclease G (EndoG) yang terdapat dalam semua eukariota dan banyak prokariot dan paling terkenal kerana peranannya dalam menggalakkan pemecahan genom semasa kematian sel yang diprogramkan mamalia, mekanisme pilihan terakhir yang menonjol bagi pertahanan virus (28, 29). Menariknya, kematian sel yang diprogramkan adalah intrinsik kepada sporulasi yis, dan Nuc1 memecah DNA daripada produk meiotik yang mati semasa proses ini sebagai tambahan kepada peranannya dalam melemahkan tahap virus LA yang diwarisi oleh spora yang masih hidup (27, 30, 31).

Walaupun kehadiran LA di mana-mana dalam strain makmal, tidak ada akibat kecergasan yang dikaitkan dengannya dan oleh itu LA sebahagian besarnya dianggap sebagai komensal yang tidak berbahaya. Di sini, kami menunjukkan bahawa jangkitan LA sebenarnya boleh membawa maut untuk yis dan ia mesti dilemahkan secara aktif melalui imuniti semula jadi virus untuk mengekalkan daya maju. Khususnya, dalam strain yang tidak mempunyai laluan antiviral NUC1 dan SKI bertindak selari, nombor salinan LA meningkat secara besar-besaran, membawa kepada kematian pada suhu tinggi.

cistanche tubulosa-meningkatkan sistem imun

Kami memberi alasan bahawa pencirian lanjut LA dan faktor yang mengekalkan replikasinya pada tahap yang rendah boleh mendedahkan sistem antivirus baharu. Mengenal pasti keadaan yang membawa kepada patogenesis LA membolehkan kami menggunakan pendekatan saringan genetik bioinformatik dan ke hadapan untuk menemui gen antivirus baharu. Menggunakan skrin untuk gen yang terlalu tertekan yang menindas kematian bersyarat nuc1∆ ski3∆, kami mengenal pasti fungsi antivirus untuk homolog yis protein pengikat poli(A) (PABPC1) dan domain La yang mengandungi protein Larp1, yang kedua-duanya terlibat dalam virus semula jadi. imuniti pada manusia (32, 33). Selain itu, kajian genetik kehilangan fungsi mengenal pasti dua belas gen antivirus baharu. Antaranya ialah kompleks penggerak transkrip SAGA yang sangat terpelihara dan beberapa eksonuklease RNA termasuk REX2 dan MYG1, yang kedua-duanya mempunyai homolog manusia dan bakteria yang berbeza tetapi kurang berciri (34-37).

Akhirnya, kami mencirikan patogenesis LA menggunakan kaedah biologi sel dan mendapati bahawa beban virus yang tinggi menyebabkan tekanan proteostatik. Oleh kerana suhu tinggi diketahui memburukkan lagi tekanan proteostatik, pemerhatian ini mencadangkan bahawa tekanan proteostatik bencana adalah punca kematian akibat LA. Selaras dengan hipotesis ini, kami menunjukkan bahawa mutan nuc1∆ ski3∆ mempamerkan kepekaan yang bergantung kepada LA kepada azetidine-2-asid karboksilik (AZC), analog prolin yang diketahui menyebabkan tekanan ortostatik (38). Selanjutnya, kami menunjukkan fungsi antivirus untuk HSF1, faktor transkripsi terpelihara yang mengesan dan mengarahkan tindak balas kepada tekanan ortostatik. Menariknya, Hsf1 manusia juga memainkan peranan penting dalam replikasi dan/atau kepatogenan pelbagai virus termasuk HIV, SARS-Cov-2 dan virus denggi, walaupun mekanismenya tidak jelas (39). Penemuan ini memberikan contoh baru tentang pemuliharaan imun semula jadi daripada mikrob kepada manusia dan yis cahaya tinggi lagi sebagai sistem model yang berkuasa untuk penemuan sistem antivirus baharu.

Keputusan

Sistem Antiviral Yis NUC1, SKI dan XRN1 Bekerjasama untuk Mencegah Patogenesis LA.

Kajian terdahulu kami tentang NUC1 tertumpu pada sel meiotik (27). Untuk menyiasat fungsi antivirus NUC1 dalam yis yang tumbuh secara vegetatif, kami memeriksa nombor salinan LA dalam sel haploid mitosis dalam latar belakang terikan BY4742 rujukan. Kami memerhatikan tahap LA dsRNA menggunakan pewarnaan etidium bromida RNA elektroforesis dan mendapati bahawa mutan berganda nuc1∆ ski3∆ menunjukkan peningkatan besar dalam LA dsRNA (Rajah 1A). Kami menyokong penemuan ini menggunakan mikroskop imunofluoresensi dengan antibodi dsRNA yang digunakan untuk mengesan virus RNA yang mereplikasi (40, 41). Imej-imej ini menunjukkan bahawa LA dsRNA terkumpul dalam fokus, mengingatkan tapak "kilang virus" replikasi virus yang diperhatikan dalam sel manusia (Rajah 1B dan Lampiran SI, Rajah S1) (42). Selaras dengan penemuan sebelumnya dalam latar belakang terikan lain (24, 27, 43), western blotting menunjukkan bahawa paras protein Gag dinaikkan dalam mutan nuc1∆ dan ski3∆ (Rajah 1C). Tambahan pula, kami menunjukkan bahawa mutan berganda nuc1∆ ski3∆ mengumpul paras Gag yang tinggi secara besar-besaran (Rajah 1C). Data ini menunjukkan bahawa NUC1 dan SKI3 mengambil bahagian dalam laluan antivirus yang berasingan dan kehilangan kedua-dua laluan mengakibatkan beban virus LA yang meningkat dengan ketara.

Untuk menentukan sama ada viral load LA yang tinggi menjejaskan kecergasan sel, kami memeriksa pertumbuhan yis menggunakan ujian pertumbuhan ujian spot. Kecacatan pertumbuhan halus nuc1∆ dan ski3∆ mutan tunggal diperhatikan pada 37 darjah apabila sel ditanam dengan gliserol dan bukannya glukosa sebagai sumber karbon, keadaan di mana yis bergantung pada respirasi mitokondria (Rajah 1D). Hebatnya, walaupun mutan berganda nuc1∆ ski3∆ berkembang secara normal pada 3{19}} darjah, ia menunjukkan kematian bersyarat pada 37 darjah tanpa mengira sumber karbon (Rajah 1D). Seperti yang dijangkakan, daya maju pada suhu tinggi telah dipulihkan kepada mutan berganda nuc1∆ ski3∆ oleh plasmid pengekspres NUC{12}}yang menimbulkan penurunan yang sepadan dalam paras Gag (Rajah 1 C dan D). Untuk mengesahkan bahawa kecacatan pertumbuhan mutan berganda nuc1∆ ski3∆ disebabkan oleh LA, kami membina terikan isogenik yang disembuhkan LA (LA0 ) dan menguji pertumbuhannya pada suhu tinggi. Kami mendapati bahawa kecacatan pertumbuhan telah dikurangkan sepenuhnya, membayangkan bahawa kematian bersyarat adalah akibat daripada replikasi LA yang tidak terhad (Rajah 1D). Untuk menilai kesan nombor salinan LA yang tinggi pada kecergasan sel di bawah keadaan pertumbuhan yang optimum, kami mengukur kadar percambahan dalam budaya cecair. Kajian-kajian ini mendedahkan kadar pertumbuhan yang berkurangan dalam nuc1∆ ski3∆ mutan berganda berbanding jenis liar pada 30 darjah yang diterbalikkan dalam strain L-A0, menunjukkan bahawa beban LA yang tinggi memudaratkan kecergasan walaupun dalam sel tidak tertekan (Lampiran SI, Rajah 1). S2).

sistem imun yang meningkatkan tumbuhan cistanche

Klik di sini untuk melihat produk Cistanche Enhance Immunity

【Minta lebih lanjut】 E-mel:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Untuk mencirikan lagi cara NUC1 berinteraksi dengan laluan antivirus yang diketahui, kami menguji hubungannya dengan XRN1. Kami mendapati bahawa mutan berganda nuc1∆ xrn1∆ mengumpul paras Gag yang sangat tinggi berbanding dengan sama ada mutan tunggal dan mempamerkan kematian bersyarat yang bergantung kepada LA pada suhu tinggi (Lampiran SI, Rajah S3 A ​​dan B), menunjukkan bahawa NUC1 dan XRN1 bertindak dalam laluan selari untuk melemahkan LA. Mencerminkan peranan penting mereka yang tidak berlebihan dalam peraturan mRNA pukal, mutan berganda xrn1∆ ski3∆ tidak dapat dielakkan, walaupun dalam strain yang tidak mempunyai LA (44). Untuk menentukan sama ada XRN1 mewakili sistem antivirus bebas daripada NUC1 dan SKI3, kami menggunakan plasmid salinan tinggi untuk mengekspresikan XRN1 secara berlebihan dalam mutan berganda nuc1∆ ski3∆. Sesungguhnya, kami melihat penurunan yang ketara dalam tahap Gag dan penindasan kematian bersyarat nuc1∆ ski3∆ menggunakan overexpression XRN1 dipacu plasmid (Rajah 1 C dan D). Kami menyimpulkan bahawa Nuc1, Ski3, dan Xrn1 secara konvergen menentang replikasi LA dan beban virus LA yang meningkat secara besar-besaran dalam nuc1∆ ski3∆ atau nuc1∆ xrn1∆ mutan menyebabkan patogenesis maut pada suhu tinggi (Rajah 1E).

Skrin Genetik Berasaskan Bioinformatik Mengenalpasti Faktor Antiviral Baharu.

Kematian bersyarat yang bergantung kepada LA bagi mutan berganda nuc1∆ ski3∆ menimbulkan kemungkinan bahawa faktor antivirus lain boleh dikenal pasti melalui kajian mutan gabungan. Untuk mengenal pasti faktor antivirus calon baharu, kami mencari pangkalan data interaksi genetik yang dipilih susun untuk penghapusan gen yang menyebabkan kecacatan pertumbuhan sintetik apabila digabungkan dengan nuc1∆ dalam sekurang-kurangnya dua kajian saringan tinggi (45). Sebagai tambahan kepada kehadiran yang dijangkakan pemadaman XRN1 dan SKI dalam set data ini, kami mendapati enam belas gen tambahan. Kami menggunakan persilangan genetik untuk membuat mutan tiga kali ganda menggabungkan penghapusan setiap enam belas gen ini dengan nuc1∆ ski3∆ dan mengesahkan enam yang menyebabkan kecacatan pertumbuhan yang teruk (Jadual 1). Kami menentukan bahawa fenotip pertumbuhan sintetik yang disebabkan oleh setiap gen ini telah diterbalikkan dalam strain LA{11}}, menunjukkan bahawa mereka mengekod protein antivirus (Jadual 1). Kami menghuraikan pengesahan beberapa hit skrin ini sebagai faktor antivirus baharu di bawah.

Satu gen yang dikenal pasti dalam skrin kami, REX2, mengekodkan eksonuklease RNA 3′-5′ yang dipelihara daripada bakteria kepada manusia (35). Kedua-dua Rex2 dan homolog manusia REXO2 menyetempat ke mitokondria dan mengandungi domain EXOIII yang banyak ditemui dalam protein prokariotik dan eukariotik, termasuk protein antivirus yang dirangsang interferon ISG20 (36, 37, 46–48). Kami mendapati bahawa strain rex2∆ nuc1∆ double-mutant terkumpul dengan banyak meningkatkan tahap Gag berbanding sama ada mutan tunggal dan mempamerkan kecacatan pertumbuhan yang bergantung kepada LA, termasuk kematian pada suhu tinggi (Rajah 2 A dan B, dan Lampiran SI, Rajah. S2). Strain tunggal-mutant rex2∆ mempamerkan sedikit peningkatan dalam tahap Gag, walaupun kesan ini adalah kecil (Rajah 2B). Untuk meneliti dengan teliti akibat rex2∆ untuk nombor salinan LA, kami mengkuantifikasi LA RNA menggunakan RT-qPCR. Pengukuran ini mengesahkan bahawa strain rex2∆ nuc1∆ mengumpul tahap LA yang sangat meningkat, walaupun mereka juga mendedahkan bahawa mutan tunggal rex2∆ tidak mengumpul RNA LA yang meningkat (Rajah 2C). Penemuan ini mencadangkan peranan antivirus Rex2 hanya kelihatan jika tiada fungsi NUC1. Hebatnya, nuc1∆ ski3∆ rex2∆ dan nuc1∆ xrn1∆ rex2∆ triple mutan tidak dapat dielakkan dalam semua keadaan pertumbuhan, dan kecacatan ini telah diterbalikkan dalam strain L-A0 (Rajah 2D). Penemuan ini menunjukkan potensi patogenik yang teruk dari LA mycovirus dan mengenal pasti peranan antivirus baharu untuk eksonuklease RNA setempat mitokondria yang sangat terpelihara.

Rajah 1. Pengecilan LA melindungi yis daripada patogenesis maut. (A) Gel bernoda etidium bromida daripada jumlah RNA yang disediakan daripada strain yang ditunjukkan ditunjukkan, dengan jalur dsRNA LA 4.6 kb ditunjukkan dengan anak panah. ( B ) Imunofluoresensi digunakan untuk menggambarkan LA dsRNA (oren) dalam sel genotip yang ditunjukkan. Strain ini telah disembuhkan daripada virus L-BC dsRNA yang lemah untuk menghapuskan pewarnaan latar belakang (Butiran Kaedah). Pewarnaan DNA DAPI berwarna biru. (Bar skala, 1 μm.) (C) Tahap protein LA Gag dan 3-fosfogliserat kinase (Pgk1) yang dipadamkan barat dalam strain yang ditunjukkan ditunjukkan. Penanda berat molekul ditunjukkan di sebelah kanan. (D) Ujian pertumbuhan ujian titik bagi strain dari 1C ditunjukkan. Strain dikesan pada -Leu media yang mengandungi sama ada glukosa atau gliserol dan ditanam pada suhu yang ditunjukkan. (E) Protein mitokondria Nuc1 bekerjasama dengan protein sitosol Xrn1 dan SkiC untuk mengawal tahap protein LA dan memastikan kecergasan sel.

Satu lagi gen yang dikenal pasti dalam skrin kami ialah MYG1, homolog yis bagi percambahan MelanocYte manusia Gen 1, eksonuklease RNA 3′-5′ yang mempunyai homolog dalam semua taksonomi (34). Strain mutan yang menggabungkan myg1∆ dan nuc1∆ menunjukkan peningkatan besar dalam protein Gag dan RNA LA berbanding mutan tunggal dan menunjukkan kecacatan pertumbuhan yang bergantung kepada LA yang teruk pada suhu tinggi dan dalam kultur cecair (Rajah 2C dan Lampiran SI, Rajah S2, S4 A dan C). Seperti dengan rex2∆, strain mutan tunggal myg1∆ menunjukkan sedikit peningkatan dalam tahap Gag dan tiada perubahan dalam RNA LA (Rajah 2C dan Lampiran SI, Rajah S4C). Kami dapat memulihkan nuc1∆ ski3∆ myg1∆ triple mutan, walaupun ia sangat perlahan berkembang pada 30 darjah dan mengumpul tahap Gag yang lebih tinggi (Lampiran SI, Rajah S4 A dan C). Kecacatan pertumbuhan ini juga telah diterbalikkan dalam strain L-A0 (Lampiran SI, Rajah S4A). Oleh itu MYG1 mewakili faktor antivirus baharu, bertindak selari dengan kedua-dua NUC1 dan kompleks SKI.

Jadual 1. Pengenalpastian faktor antiviral calon baharu menggunakan pendekatan bioinformatik

Mutasi yang membawa kepada overexpression MYG1 manusia dikaitkan dengan vitiligo gangguan autoimun, menunjukkan bahawa MYG1 mungkin memainkan beberapa peranan dalam imuniti semula jadi manusia (49, 50). Kami meneroka kemungkinan ini menggunakan plasmid yang menyatakan MYG1 manusia di bawah kawalan promoter yis konstitutif (34) dan mendapati bahawa MYG1 manusia menyelamatkan kecacatan pertumbuhan bersyarat mutan nuc1∆ myg1∆ (Lampiran SI, Rajah S4D). Penemuan ini menunjukkan bahawa fungsi antivirus yis MYG1 boleh dicapai oleh MYG1 manusia, menunjukkan potensi fungsi antivirus untuk MYG1 pada manusia.

Rajah 2. Faktor antivirus baru dikenal pasti dengan mengeksploitasi patogenesis LA. (A) Analisis titik bagi strain yang rosak dalam NUC1 dan REX2 ditunjukkan. Strain dikesan pada media SC yang mengandungi sama ada glukosa atau gliserol dan ditanam pada suhu yang ditunjukkan. (B) Penyingkiran barat tahap protein LA Gag dan Pgk1 bagi strain dalam Rajah 2A. Penanda berat molekul ditunjukkan di sebelah kanan. (C) LA RNA dikira oleh qPCR dan dinormalisasi kepada RNA ACT1 endogen. Tahap RNA min dan SD ditunjukkan. n=5. *P < {{10}}.05, **P < 0.01, ***P < 0.001 (ujian t Pelajar tidak berpasangan). (D) Analisis titik bagi strain yang rosak dalam tiga laluan antiviral selari yang mengandungi plasmid yang menyatakan NUC1 ditunjukkan. Terikan dikesan pada media -URA atau media sintetik lengkap (SC) yang ditambah dengan 0.1% 5-asid fluoroorotik (5-FOA).

Satu lagi kategori gen yang dikenal pasti menggunakan skrin bioinformatik kami ialah ekspresi gen. CDC73 dan SPT3 mengekod subunit kompleks berkaitan kromatin yang dipelihara PAF1 dan SAGA, masing-masing. Kedua-dua cdc73∆ dan spt3∆ menyebabkan kematian yang bergantung kepada LA apabila digabungkan dengan nuc1∆ ski3∆ (Jadual 1). Oleh kerana SAGA (SptAda-Gcn5-Acetyltransferase) telah ditunjukkan untuk mengawal selia ekspresi gen antivirus dalam kulat hawar chestnut Cryphonectria parasitica, kami menyiasat kompleks ini dengan lebih lanjut (51). Strain spt3∆ nuc1∆ double-mutant terkumpul peningkatan paras Gag dan mempamerkan kematian bergantung kepada LA pada suhu tinggi (SI Lampiran, Rajah S4 B dan C). SAGA ialah kompleks protein yang besar dan kami mengesahkan bahawa pemadaman dalam beberapa gen pengekodan subunit SAGA lain mempunyai akibat fenotip yang sama seperti spt3∆ (Lampiran SI, Jadual S1, dan S4C). Bersama-sama dengan penemuan dari C. parasitica, keputusan ini menunjukkan bahawa kompleks SAGA mengawal ekspresi gen antivirus dalam spesies kulat yang pelbagai.

Pemeriksaan Penindasan Salinan Tinggi Mengenalpasti Faktor Antiviral Yis yang Juga Antiviral pada Manusia.

Memandangkan overexpression XRN1 menindas kecacatan pertumbuhan strain nuc1∆ ski3∆, kami membuat hipotesis bahawa overexpression faktor antivirus lain akan menghasilkan kesan yang sama, yang boleh digunakan sebagai skrin untuk mengenal pasti sistem antivirus baharu. Kami menggunakan skrin penindasan plasmid salinan tinggi untuk mengesan gen yang overexpressionnya mengurangkan kematian bersyarat bagi strain nuc1Δ ski3Δ (Butiran Kaedah). Menggunakan skrin ini, kami mengenal pasti SRO9, SLF1, dan PAB1 sebagai penindas salinan tinggi nuc1∆ ski3∆, yang kesemuanya mengekod protein pengikat RNA berkaitan ribosom (Rajah 3A) (52, 53). Sro9 dan Slf1 adalah protein yang mengandungi domain lupus-autoantigen (La) paralogous yang banyak ditemui dalam eukariota. Terutama, homolog manusia mereka, Larp1, baru-baru ini dikenal pasti dalam skrin untuk protein yang terikat pada SARS-Cov-2 ditambah untaian ssRNA atau nukleokapsid (32, 54). Larp1 merupakan tumpuan utama dalam salah satu kajian ini dan ditunjukkan untuk melemahkan replikasi SARS-Cov-2 dalam sel manusia, walaupun mekanismenya tidak diketahui (32). PAB1 mengekodkan PolyA-Binding Protein yang sangat terpelihara, yang merupakan sasaran biasa perencatan virus pada manusia melalui pelbagai mekanisme (33). Kami mendapati bahawa overexpression PAB1 atau SRO9 dengan ketara mengurangkan tahap Gag dalam mutan nuc1∆ ski3∆, menerangkan fenotip penyelamat mereka (Rajah 3B). Anehnya, walaupun ekspresi berlebihan SLF1 menyelamatkan kecacatan pertumbuhan nuc1∆ ski3∆ sama seperti SRO9, ia tidak membawa kepada sebarang pengurangan dalam tahap Gag (Rajah 3 A dan B). Penemuan ini mencadangkan bahawa PAB1 dan SRO9 menyelamat sel dengan menekan replikasi LA dan SLF1 melindungi sel daripada akibat patogenik replikasi virus yang tinggi.

cistanche tubulosa-meningkatkan sistem imun

Nombor Salinan LA yang tinggi Membawa kepada Tekanan Proteostatik Sitotoksik.

Untuk mendapatkan gambaran tentang mekanisme berbeza bagi aktiviti antivirus Sro9 dan Slf1, kami mempertimbangkan kesan fisiologi patogenesis LA dan bagaimana SRO9 / SLF1 mungkin memberi kesan yang berbeza kepada mereka. Kami mencatatkan kajian terdahulu di mana pemadaman NUC1 atau gen kompleks SKI membawa kepada induksi lemah gen wartawan GFP yang dikawal oleh Hsf1 (55), faktor transkripsi terpelihara yang merasakan tekanan proteostatik dan mengaktifkan tindak balas ekspresi gen (56-58). ). Menggunakan sitometri aliran dengan wartawan ini (HSE-GFP), kami mengesahkan keputusan ini dan menentukan bahawa mutan berganda nuc1∆ ski3∆ menyebabkan pengaktifan HSE-GFP secara sinergistik dan bergantung kepada LA (Rajah 3C dan SI Lampiran, Rajah S5). Kami membuat hipotesis bahawa pengeluaran besar-besaran Gag yang diperhatikan dalam nuc1∆ ski3∆ mutan menyumbang kepada tindak balas tekanan proteostatik ini. Menyokong ini, pengaktifan HSE-GFP mutan berganda nuc1∆ ski3∆ telah dikembalikan oleh ekspresi berlebihan PAB1 atau SRO9, mencerminkan akibat gen ini untuk pengumpulan Gag (Rajah 3 B dan C). Terutama, ekspresi berlebihan SRO9 paralog SLF1 tidak menghalang pengaktifan HSE-GFP. Perbezaan evolusi gen SRO9 dan SLF1 paralogus telah mengakibatkan mekanisme antivirus yang berbeza, dengan SRO9 menindas pengumpulan protein virus dan tekanan proteostatik yang berkaitan dan SLF1 seolah-olah melindungi sel daripada akibat toksik tekanan proteostatik yang disebabkan oleh virus.

Rajah 3. Ekspresi berlebihan faktor kawalan terjemahan mengurangkan patogenesis LA. (A) Ujian titik pertumbuhan ujian bagi penindas salinan tinggi SRO9, SLF1, dan PAB1 ditunjukkan. Strain dikesan pada media –LEU yang mengandungi sama ada glukosa atau gliserol dan ditanam pada suhu yang ditunjukkan. (B) Western blotting untuk tahap protein LA Gag, Pgk1, Sro9, dan Slf1 dalam strain dari 3A. Penanda berat molekul ditunjukkan di sebelah kanan. (C) Sitometri aliran digunakan untuk mengukur ekspresi HSE GFP dalam strain yang ditunjukkan (n {{10}}). Kuartil pertama dan ketiga ditandakan dengan kotak kelabu. Keamatan GFP median ditandakan oleh bar hitam di dalamnya. *P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001 (ujian t Pelajar tidak berpasangan). (D) Mikroskopi pendarfluor Hsp{17}}GFP dalam strain yang ditunjukkan. Sel telah diwarnai dengan DAPI untuk menggambarkan nukleus. (Bar skala, 1 μm.) Peratusan sel dengan 3+ fokus GFP ditunjukkan di sebelah kanan. n=3. 75 hingga 140 sel dikira untuk setiap replika.

Tekanan proteostatik sering dikaitkan dengan pengumpulan agregat protein sitotoksik yang boleh divisualisasikan menggunakan GFP yang digabungkan dengan disaggregase protein Hsp104, sasaran langsung pengaktifan transkrip Hsf1 yang diketahui bersama-sama dengan agregat protein (59, 60). Untuk meneroka lebih lanjut kecacatan proteostatik yang dikaitkan dengan patogenesis LA, kami menggunakan mikroskop pendarfluor untuk memvisualisasikan fokus Hsp104-GFP dalam pelbagai jenis. Seperti yang dijangkakan, sel jenis liar yang tumbuh pada 30 darjah jarang terkumpul fokus Hsp104-GFP yang boleh diperhatikan. Walaupun mutan tunggal nuc1∆ dan ski3∆ menyerupai jenis liar, secara ketara, mutan berganda nuc1∆ ski3∆ mempamerkan lebih daripada 25% sel dengan tiga atau lebih fokus Hsp104-GFP (Gamb. 3D). Seperti semua fenotip lain yang telah kami perhatikan untuk nuc1∆ ski3∆, pengumpulan Hsp104-Foci GFP adalah bergantung pada kehadiran LA (Rajah 3D). Penemuan ini menunjukkan bahawa viral load yang tinggi disebabkan oleh pemadaman NUC1 dan SKI3 membawa kepada pengumpulan Hsp104-Fokus GFP yang menunjukkan pengagregatan protein sitotoksik.

Oleh kerana patogenesis LA dikaitkan dengan kecacatan proteostatik, kami membuat hipotesis bahawa Hsf1 akan berfungsi sebagai faktor antivirus. Pemadaman HSF1 adalah maut, jadi kami menggunakan alel sensitif suhu hsf1-848 yang diperoleh daripada koleksi strain yang diterbitkan sebelum ini (61). Alel hsf1-848 menunjukkan ketiadaan pertumbuhan pada 39 darjah, fenotip pertumbuhan pertengahan pada 37 darjah, dan tiada kecacatan pertumbuhan yang ketara pada 35 darjah (Rajah 4A). Ujian titik menunjukkan bahawa fenotip pertumbuhan hsf{11}} pada 35 darjah dan 37 darjah sangat dipertingkatkan apabila digabungkan dengan sama ada nuc1∆ atau ski3∆ dan bahawa kecacatan pertumbuhan ini telah diterbalikkan dalam strain yang tidak mempunyai virus LA (Rajah 4A) . Seperti yang dijangkakan, ketidakupayaan semua strain mutan hsf{18}} kekal dalam sel yang tumbuh pada 39 darjah tanpa mengira kehadiran LA. Selain itu, menggunakan pembedahan tetrad, kami menunjukkan bahawa hsf1-848 nuc1∆ ski3∆ triple mutan tidak dapat dielakkan pada suhu permisif jika mereka dijangkiti LA tetapi sihat jika ia berasal daripada strain LA0 (SI Lampiran, Rajah S6). Menggunakan western blotting, kami mendapati bahawa hsf1-848 nuc1∆ dan hsf1-848 ski3∆ mengumpul jumlah LA Gag yang meningkat berbanding dengan mutan tunggal (Rajah 4B). Bersama-sama dengan kajian biologi sel kami, penemuan ini mencadangkan bahawa tindak balas tekanan proteostatik yang dikawal Hsf{34}}berfungsi sebagai sistem antivirus dalam yis, menentang akibat patogenik replikasi LA yang berleluasa.

Oleh kerana kecacatan proteostatik diketahui menjadi lebih teruk dan membawa kepada sitotoksisiti pada suhu tinggi (59), model mudah mengaitkan akibat maut patogenesis LA pada suhu tinggi kepada tekanan proteostatik bencana. Untuk menguji model ini lagi, kami merawat strain dengan azetidine-2-asid karboksilik (AZC), analog prolin yang digabungkan ke dalam protein yang membawa kepada tekanan ortostatik (38). Eksperimen ini menunjukkan bahawa nuc1∆ ski3∆ mempamerkan sensitiviti yang kuat kepada AZC dalam cara yang bergantung kepada virus LA (Rajah 4C dan Lampiran SI, Rajah S6). Selanjutnya, kami mendapati bahawa nuc1∆ ski3∆ mempamerkan kepekaan kepada 5% etanol, keadaan yang turut menyebabkan kecacatan proteostatik, tetapi tidak kepada 0.5 M NaCl, yang menyebabkan tekanan osmotik (Lampiran SI, Rajah S6). Penemuan ini menunjukkan bahawa akibat maut dari patogenesis LA secara khusus disebabkan oleh tekanan proteostatik yang luar biasa.

Rajah 4. Tindak balas kejutan haba menyekat patogenesis LA. (A) Analisis titik bagi strain yang rosak dalam HSF1, NUC1, dan SKI3 dengan atau tanpa LA ditunjukkan. Strain dikesan pada media SC yang mengandungi glukosa dan ditanam pada suhu yang ditunjukkan. (B) Western blotting untuk tahap protein LA Gag dan Pgk1 bagi strain yang ditunjukkan. Penanda berat molekul ditunjukkan di sebelah kanan. (C) Analisis titik bagi strain yang dirawat dengan analog prolin proteotoksik, azetidine-2-asid karboksilik (AZC), ditunjukkan. Strain dikesan pada media SC yang mengandungi glukosa ditambah dengan atau tanpa 0.1 mg/mL AZC dan ditanam pada 30 darjah .

Perbincangan

Walaupun kehadirannya di mana-mana dalam strain makmal, kajian tentang virus LA dsRNA telah terhad kerana sifatnya yang jinak. Di sini, kami menunjukkan bahawa LA mempunyai akibat yang mendalam untuk yis apabila replikasinya tidak terkawal dan sistem imun semula jadi yang pelbagai mengekalkan replikasi LA pada tahap yang boleh diterima. Khususnya, kami menunjukkan bahawa, dalam strain yang tidak mempunyai gen antiviral NUC1 dan SKI3 yang bertindak selari, replikasi LA dikawal secara besar-besaran, membawa kepada tekanan ortostatik dan kematian bersyarat pada suhu tinggi. Dengan memanfaatkan penemuan baharu ini, kami menggunakan skrin genetik bioinformatik dan ke hadapan untuk mengenal pasti gen yis baharu yang berfungsi untuk menyekat replikasi LA atau melindungi sel daripada akibat patogen replikasi LA yang tidak terkawal. Oleh kerana skrin ini tidak tepu, genom yis berkemungkinan mengekodkan banyak faktor antivirus lain. Banyak kajian berwawasan telah dilakukan dalam yis mengkaji replikasi RNA virus yang diperkenalkan secara eksogen daripada organisma lain dan ia akan menjadi menarik untuk menentukan sama ada faktor antiviral LA bertindak sama pada RNA virus ini (62, 63).

Memandangkan risiko jangkitan LA yang jelas, bagaimana ia berterusan dalam menghadapi aktiviti antivirus yang sentiasa ada adalah membingungkan. Penjelasan untuk paradoks ini mungkin LA menyediakan manfaat pengimbang. Satu kemungkinan manfaat LA ialah ia membolehkan beberapa strain mengekalkan virus satelit yang mengekodkan toksin yang dirembeskan yang membunuh sel jiran yang tidak dijangkiti. Walau bagaimanapun, LA terdapat dalam banyak strain yang kekurangan satelit "Pembunuh", jadi penjelasan ini tidak mencukupi untuk menjelaskan kegigihan jangkitan LA. Oleh itu, kami membuat spekulasi bahawa LA mungkin mempunyai beberapa manfaat samar yang mengimbangi potensi merosakkannya.

Penemuan kami tentang Rex2 sebagai faktor pengecilan virus mengembangkan senjata faktor antiviral mitokondria yang diketahui melebihi Nuc1 dan mencadangkan bahawa mitokondria ialah hab antivirus utama dalam yis. Malah, mitokondria memainkan peranan penting dalam pertahanan virus sebagai pengawal selia kematian sel yang diprogramkan dan sebagai platform untuk isyarat antivirus pada manusia. Bagaimanakah nuklease mitokondria melemahkan virus yang berada dalam sitosol dalam yis? Satu kemungkinan ialah enzim ini, walaupun disasarkan kepada mitokondria, namun mungkin terkumpul ke tahap yang rendah tetapi mencukupi dalam sitosol untuk mencapai pengecilan LA secara langsung. Selaras dengan hipotesis ini, kami menunjukkan sebelum ini bahawa Nuc1 terkumpul dalam sitosol sel meiotik, walaupun kaedah kami tidak dapat mengesannya dalam sitosol sel mitosis (27). Hipotesis lain ialah beberapa aspek kitaran replikasi LA berlaku dalam hubungan intim dengan mitokondria. Sebagai contoh, transkrip LA boleh dikaitkan dengan dan mungkin merentasi mitokondria, mendedahkannya kepada Nuc1 dan/atau Rex2. Keputusan kami menyerlahkan potensi kepentingan umum mitokondria untuk imuniti semula jadi virus dalam eukariota dan meletakkan sistem yis-LA sebagai model yang berkuasa untuk kajian lanjut mengenai topik ini.

Kompleks SKI antivirus yang dikaitkan dengan penterjemahan ribosom dan pengenalpastian kami Pab1, Sro9, dan Slf1 sebagai penindas salinan tinggi patogenesis LA mendedahkan lagi ribosom terjemahan sebagai hab utama aktiviti antivirus yis. Penemuan bahawa PAB1 (protein pengikat poliA) menindas LA adalah mengejutkan memandangkan ketiadaan ekor polyA dalam transkrip LA, menunjukkan bahawa Pab1 tidak bertindak pada LA secara langsung. Penemuan sebelumnya menunjukkan bahawa transkrip LA bersaing dengan mRNA yis polyA+ untuk menangkap subunit ribosom 60S untuk membentuk kompleks penterjemahan 80S (64). Satu model yang menerangkan penemuan kami ialah Pab1 meningkatkan terjemahan mRNA yang mengandungi ekor polyA, yang kemudiannya mengurangkan ketersediaan subunit 60S untuk transkrip LA untuk terjemahan. Peranan Sro9 dan Slf1 dalam terjemahan kurang difahami, tetapi fungsinya mungkin berkaitan dengan persaingan transkrip LA untuk subunit 60S. Yang penting, homolog Pab1 dan Sro9/ Slf1 terlibat dalam pertahanan virus manusia dan kajian lanjut tentang gen ini dalam yis akan memberi penerangan tentang mekanisme antivirus yang dipelihara daripada yis kepada manusia.

sistem imun yang meningkatkan tumbuhan cistanche

Kami mengenal pasti peranan antivirus untuk faktor transkripsi terpelihara HSF1 bersama-sama dengan tindak balas tekanan proteostatik yang disebabkan oleh LA yang melibatkan pengumpulan fokus Hsp104-GFP, penanda HSF1-yang diaktifkan bagi agregat protein sitotoksik. Keputusan ini menyokong model di mana patogenesis LA disebabkan oleh tekanan proteotoksik. Kami juga menemui fungsi antivirus untuk kompleks SAGA, yang telah terbukti bertindak sebagai coactivator induksi gen sasaran Hsf1 berikutan kejutan haba (65, 66). Pemerhatian ini menunjukkan bahawa tahap LA yang tinggi membawa kepada pengaktifan gen sasaran Hsf1 yang bergantung kepada SAGA yang kemudiannya menjalankan fungsi antivirus, menerangi program ekspresi gen antivirus yang berpotensi dalam yis tunas. Model ini membuat banyak ramalan yang boleh diuji yang mungkin berkaitan dengan patogenesis virus dalam organisma lain. Sesungguhnya, HSF1 manusia juga mengawal ekspresi faktor pengawalseliaan proteolitik. Walaupun fungsi antivirus HSF1 manusia telah diterangkan, tidak jelas apakah peranan yang dimainkan oleh tindak balas tekanan ortostatik dalam hal ini (39). Penemuan kami menerangi sistem yang berkuasa untuk membezakan fungsi antivirus Hsf1 berkenaan dengan peranannya dalam pengaktifan tindak balas tekanan proteostatik.

rujukan

1. T. Nakayashiki, CP Kurtzman, HK Edskes, RB Wickner, Prion ragi [URE3] dan [PSI+] adalah penyakit. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 10575–10580 (2005).

2. RB Wickner, T. Fujimura, R. Esteban, Virus dan prion Saccharomyces cerevisiae. Adv. Virus Re. 86, 1–36 (2013).

3. T. Fujimura, R. Esteban, Mekanisme cap-snatching dalam virus RNA double-stranded LA ragi. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 17667–17671 (2011).

4. JD Dinman, T. Icho, RB Wickner, A -1 anjakan bingkai ribosom dalam virus RNA rantai dua ragi membentuk protein gabungan gag-pol. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 174–178 (1991).

5. A. Bernheim et al., Viperin prokariotik menghasilkan molekul antiviral yang pelbagai. Alam 589, 120–124 (2021).

6. A. Bernheim, R. Sorek, Sistem pan-imun bakteria: Pertahanan antiviral sebagai sumber komuniti. Nat. Mikrobiol Rev. 18, 113–119 (2020).

7. AG Johnson et al., Dalang bakteria mendedahkan mekanisme purba kematian sel. Sains 375, 221–225 (2022).

8. BR Morehouse et al., penderiaan dinukleotida kitaran STING berasal dari bakteria. Alam 586, 429–433 (2020).

9. G. Ofir et al., Aktiviti antivirus domain TIR bakteria melalui molekul isyarat imun. Alam 600, 116–120 (2021).

10. KM Slavik et al., reseptor seperti cGAS merasakan RNA dan mengawal isyarat 3'2'-cGAMP dalam Drosophila. Alam 597, 109–113 (2021).

11. AT Whiteley et al., Enzim seperti cGAS bakteria mensintesis pelbagai isyarat nukleotida. Alam 567, 194–199 (2019).

12. HM Burgess, I. Mohr, Selular 5'-3' mRNA exonuclease Xrn1 mengawal pengumpulan RNA untai dua dan tindak balas anti-virus. Mikrob Hos Sel. 17, 332–344 (2015).

13. SC Eckard et al., Eksosom RNA SKIV2L mengehadkan pengaktifan reseptor seperti RIG-I. Nat. Immunol. 15, 839–845 (2014).

14. M. Miyashita, H. Oshiumi, M. Matsumoto, T. Seya, DDX60, helicase kotak DEXD/H, ialah faktor antiviral novel yang menggalakkan isyarat pengantara reseptor seperti RIG-I. Mol. Biol Sel. 31, 3802–3819 (2011).

15. CS Ng, DM Kasumba, T. Fujita, H. Luo, Pencirian spatio-temporal aktiviti antivirus daripada pengagregatan XRN1-DCP1/2 terhadap virus RNA sitoplasma untuk mencegah kematian sel. Kematian Sel Berbeza 27, 2363–2382 (2020).

16. RE Rigby, J. Rehwinkel, kemerosotan RNA dalam imuniti antivirus dan autoimun. Trend Immunol. 36, 179–188 (2015).

17. F. Shiromoto et al., IL-1beta/ATF3-induksi pengantaraan ekspresi Ski2 meningkatkan kemerosotan virus hepatitis B x mRNA. Biokim. Biophys. Res. Commun. 503, 1854–1860 (2018).

18. JT Brown, X. Bai, AW Johnson, Protein antiviral yis Ski2p, Ski3p, dan Ski8p wujud sebagai kompleks dalam vivo. RNA 6, 449–457 (2000).

19. DC Masison et al., Memusnahkan sistem degradasi cap-mRNA oleh virus RNA dua untai dan pengawasan poli(A)-mRNA oleh sistem antivirus yis. Mol. Biol Sel. 15, 2763–2771 (1995).

20. C. Schmidt et al., Struktur cryo-EM bagi ribosom-Ski2-Ski3-kompleks helikase Ski8. Sains 354, 1431–1433 (2016).

21. AM Searfoss, RB Wickner, 3' poli(A) boleh diketepikan untuk terjemahan. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 9133–9137 (2000).

22. EA Toh, P. Guerry, RB Wickner, Mutan pembunuh super kromosom Saccharomyces cerevisiae. J. Bakteriol. 136, 1002–1007 (1978).

23. A. Zinoviev, RK Ayupov, IS Abaeva, CUT Hellen, TV Pestova, Pengekstrakan mRNA daripada Ribosom Terhenti oleh Kompleks Ski. Mol. Sel 77, 1340–1349 e1346 (2020).

24. SG Ball, C. Tirtiaux, RB Wickner, Kawalan genetik nombor salinan La dan L-(Bc) Dsrna dalam sistem pembunuh SACCHAROMYCES CEREVISIAE. Genetik 107, 199–217 (1984).

25. R. Esteban, L. Vega, T. Fujimura, narnavirus RNA 20S menentang aktiviti antivirus SKI1/XRN1 dalam Saccharomyces cerevisiae. J. Biol. Kimia. 283, 25812–25820 (2008).

26. PA Rowley, B. Ho, S. Bushong, A. Johnson, SL Sawyer, XRN1 ialah faktor sekatan virus khusus spesies dalam yis. Pathog PLoS. 12, e1005890 (2016).

27. J. Gao et al., Pengecilan virus Meiotik melalui laluan apoptosis leluhur. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 116, 16454–16462 (2019).

28. LY Li, X. Luo, X. Wang, Endonuclease G ialah DNase apoptosis apabila dibebaskan daripada mitokondria. Alam 412, 95–99 (2001).

29. BJ Thomson, Virus dan apoptosis. Int. J. Exp. Pathol. 82, 65–76 (2001).

30. MD Eastwood, SW Cheung, KY Lee, J. Moffat, MD Meneghini, Pemusnahan nuklear yang diprogramkan secara pembangunan semasa gametogenesis yis. Dev. Sel 23, 35–44 (2012).

31. MD Eastwood, MD Meneghini, Penyelarasan perkembangan pembezaan gamet dengan kematian sel yang diprogramkan dalam yis bersporulasi. Sel Eukariot 14, 858–867 (2015).

32. N. Schmidt et al., Interaksi protein RNA-2 SARS-CoV{2}} dalam sel manusia yang dijangkiti. Nat. mikrobiol. 6, 339–353 (2021).

33. RW Smith, NK Grey, Poly(A)-binding protein (PABP): Sasaran virus biasa. Biokim. J. 426, 1–12 (2010).

34. R. Grover et al., Myg1 exonuclease menggandingkan program translasi nuklear dan mitokondria melalui pemprosesan RNA. Asid Nukleik Res. 47, 5852–5866 (2019).

35. EV Koonin, Domain purba yang dipelihara bergabung dengan superfamili 3'-5' exonucleases yang semakin meningkat. Curr. biol. 7, R604–606 (1997).

36. M. Szewczyk et al., REXO2 Manusia mengawal RNA mitokondria pendek yang dihasilkan oleh pemprosesan mtRNA dan jentera pereputan untuk mengelakkan pengumpulan RNA bertali dua. Asid Nukleik Res. 48, 5572–5590 (2020).

37. Y. Zuo, MP Deutscher, superfamili Exoribonuclease: Analisis struktur dan taburan filogenetik. Asid Nukleik Res. 29, 1017–1026 (2001).

38. EW Trotter, L. Berenfeld, SA Krause, GA Petsko, JV Grey, Kesalahan lipatan protein dan peningkatan suhu menyebabkan penahanan G1 melalui mekanisme biasa yang bergantung kepada faktor kejutan haba dalam Saccharomyces cerevisiae. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 7313–7318 (2001).

39. A. Reyes, AJ Navarro, B. Diethelm-Varela, AM Kalergis, PA Gonzalez, Adakah terdapat peranan untuk HSF1 dalam jangkitan virus? FEBS Open Bio 12, 1112–1124 (2022).

40. F. Weber, V. Wagner, SB Rasmussen, R. Hartmann, SR Paludan, RNA untai ganda dihasilkan oleh virus RNA untai positif dan virus DNA tetapi tidak dalam jumlah yang boleh dikesan oleh virus RNA untai negatif. J. Virol. 80, 5059–5064 (2006).

41. S. Welsch et al., Komposisi dan seni bina tiga dimensi bagi tapak replikasi dan pemasangan virus denggi. Mikrob Hos Sel. 5, 365–375 (2009).

42. I. Fernandez de Castro, R. Tenorio, C. Risco, Kilang pemasangan virus dalam dunia lipid. Curr. Pendapat. Virol. 18, 20–26 (2016).

43. YX Liu, CL Dieckmann, Pengeluaran berlebihan zarah seperti virus yis oleh strain yang kekurangan dalam nuklease mitokondria. Mol. Biol Sel. 9, 3323–3331 (1989).

44. AW Johnson, RD Kolodner, Kematian sintetik sep1 (xrn1) ski2 dan sep1 (xrn1) ski3 mutan Saccharomyces cerevisiae adalah bebas daripada virus pembunuh dan mencadangkan peranan umum untuk gen ini dalam kawalan terjemahan. Mol. Biol Sel. 15, 2719–2727 (1995).

45. C. Stark et al., BioGRID: Repositori umum untuk set data interaksi. Asid Nukleik Res. 34, D535–539 (2006).

46. ​​L. Espert et al., ISG20, RNase teraruh interferon baharu khusus untuk RNA untai tunggal, mentakrifkan laluan antivirus alternatif terhadap virus genomik RNA. J. Biol. Kimia. 278, 16151–16158 (2003).

47. T. Hanekamp, ​​PE Thorsness, YNT20, penindas pintasan yme1 yme2, mengekodkan eksonuklease 3'-5' yang diduga disetempatkan dalam mitokondria Saccharomyces cerevisiae. Curr. Genet 34, 438–448 (1999).

48. A. van Hoof, P. Lennertz, R. Parker, Tiga ahli terpelihara daripada keluarga RNase D mempunyai fungsi yang unik dan bertindih dalam pemprosesan RNA 5S, 5.8S, U4, U5, RNase MRP dan RNase P dalam yis. . EMBO J. 19, 1357–1365 (2000).

49. M. Dwivedi, NC Laddha, R. Begum, Korelasi peningkatan ekspresi MYG1 dan polimorfisme promoternya dengan perkembangan penyakit dan kerentanan yang lebih tinggi dalam pesakit vitiligo. J. Dermatol. Sci. 71, 195–202 (2013).

50. K. Kingo et al., MYG1, gen yang berkaitan dengan melanosit novel, telah meningkatkan ekspresi dalam vitiligo. J. Dermatol. Sci. 44, 119–122 (2006).

51. IB Andika, A. Jamal, H. Kondo, N. Suzuki, kompleks SAGA menjadi pengantara pengawalseliaan transkrip bagi pembungkaman RNA antivirus. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114, E3499–E3506 (2017).

52. SG Sobel, SL Wolin, Dua yis La protein yang mengandungi motif ialah protein pengikat RNA yang dikaitkan dengan poliribosom. Mol. biol. Sel 10, 3849–3862 (1999).

53. A. Proweller, JS Butler, Perkaitan ribosom protein pengikat poli(A) dalam Saccharomyces cerevisiae yang kekurangan poli(A). J. Biol. Kimia. 271, 10859–10865 (1996).

54. DE Gordon et al., Peta interaksi protein SARS-CoV-2 mendedahkan sasaran untuk tujuan semula dadah. Alam 583, 459–468 (2020).

55. O. Brandman et al., Kompleks kawalan kualiti terikat ribosom mencetuskan degradasi peptida yang baru lahir dan memberi isyarat tekanan terjemahan. Sel 151, 1042–1054 (2012).

56. J. Anckar, L. Sistonen, Peraturan fungsi HSF1 dalam tindak balas tekanan haba: Implikasi dalam penuaan dan penyakit. Annu. Rev. Biochem. 80, 1089–1115 (2011).

57. J. Li, J. Labbadia, RI Morimoto, Memikirkan semula HSF1 dalam tekanan, perkembangan dan kesihatan organisma. Trends Cell Biol. 27, 895–905 (2017).

58. PK Sorger, HR Pelham, Pemurnian dan pencirian protein pengikat unsur kejutan haba daripada yis. EMBO J. 6, 3035–3041 (1987).

59. EJ Solis et al., Mentakrifkan fungsi penting yis Hsf1 mendedahkan program transkrip padat untuk mengekalkan proteostasis eukariotik. Mol. Sel 63, 60–71 (2016).

60. JR Glover, S. Lindquist, Hsp104, Hsp70, dan Hsp40: Sistem pendamping baru yang menyelamatkan protein terkumpul sebelum ini. Sel 94, 73–82 (1998).

61. Z. Li et al., Penerokaan sistematik fungsi gen yis penting dengan mutan sensitif suhu. Nat. Bioteknol. 29, 361–367 (2011).

62. RY Zhao, Yis untuk penyelidikan virus. mikrob. Sel 4, 311–330 (2017).

63. T. Panavas, E. Serviene, J. Brasher, PD Nagy, Skrin lebar genom ragi mendedahkan set gen perumah yang berbeza yang mempengaruhi replikasi virus RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 7326–7331 (2005).

64. Y. Ohtake, RB Wickner, Pembiakan virus Yis bergantung secara kritikal pada kepekatan subunit ribosom 60S percuma. Mol. Biol Sel. 15, 2772–2781 (1995).

65. Kompleks pengubahsuaian kromatin SB Kremer, DS Gross, SAGA dan Rpd3 secara dinamik mengawal struktur dan ekspresi gen kejutan haba. J. Biol. Kimia. 284, 32914–32931 (2009).

66. MD Leach et al., Hsf1 dan Hsp90 mengatur pembentukan semula transkrip global dan seni bina kromatin yang bergantung kepada suhu dalam Candida albicans. Nat. Commun. 7, 11704 (2016).

67. CS Sitron, JH Park, JM Giafaglione, O. Brandman, Pengagregatan ekor CAT menyekat kemerosotannya dan menyebabkan proteotoksisiti dalam S. cerevisiae. PLoS One 15, e0227841 (2020).

68. L. Magtanong et al., Rangkaian interaksi genetik penindasan dos meningkatkan gambar rajah pendawaian berfungsi sel. Nat. Bioteknol. 29, 505–511 (2011).

69. V. Bilanchone et al., Ty3 retrotransposon merampas badan pemprosesan RNA ragi yang mengawan untuk menjangkiti genom baru. Genet PLoS. 11, e1005528 (2015).

70. L. Ruan et al., Proteostasis sitosolik melalui pengimportan protein tersalah lipat ke dalam mitokondria. Alam 543, 443–446 (2017).