Analisis Data Penjujukan Generasi Seterusnya Beranotasi Baik Mendedahkan Peningkatan Kes Jangkitan Semula SARS-CoV-2 Dengan Omicron

SARS-CoV-2 telah bermutasi secara meluas mewujudkan varian kebimbangan (VOC) yang mengakibatkan lonjakan jangkitan global. Omicron VOC menjangkiti semula individu yang terdedah kepada varian awal SARS CoV-2 pada kekerapan yang lebih tinggi daripada yang dilihat sebelum ini untuk VOC bukan Omicron. Analisis sub-keturunan yang dikaitkan dengan jangkitan utama Omicron dan jangkitan semula Omicron mendedahkan bahawa kejadian jangkitan semula Omicron-Omicron berlaku dalam selang masa yang lebih singkat daripada yang dilihat selepas jangkitan utama dengan VOC bukan Omicron. Analisis kami mencadangkan bahawa satu jangkitan daripada SARS-CoV-2 mungkin tidak menjana imuniti perlindungan yang diperlukan untuk mempertahankan diri daripada jangkitan semula daripada keturunan Omicron yang muncul. Analisis ini dimungkinkan oleh penjujukan generasi seterusnya (NGS) kohort Denmark dengan metadata klinikal pada kedua-dua jangkitan yang berlaku pada individu yang sama. Kami mencadangkan bahawa penerusan COVID{10}} NGS dan kemasukan metadata klinikal adalah perlu untuk memastikan pengawasan yang berkesan terhadap genomik SARS CoV-2, membantu dalam rawatan dan pembangunan vaksin serta membimbing cadangan kesihatan awam.

cistanche tubulosa-meningkatkan sistem imun

Pertubuhan Kesihatan Sedunia telah menetapkan lima varian kebimbangan (VOC) untuk SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan COVID-19: Alpha, Beta, Gamma, Delta dan Omicron1. VOC dan varian baru muncul ini kekal sebagai halangan penting dalam menghapuskan wabak SARS-CoV-2. Penggunaan penjujukan penjanaan (NGS) dan metadata yang disertakan telah membolehkan pemahaman yang lebih mendalam tentang cara VOC merebak antara hos3–5. Inisiatif Global untuk Berkongsi Data Selesema Burung (GISAID) telah mengkatalogkan lebih 12 juta jujukan SARS-CoV-2 sehingga kini3. Analisis data menunjukkan bahawa setiap VOC dikaitkan dengan tahap infektiviti dan virulensi yang berbeza4,5 dan varian novel, termasuk varian yang sedang beredar, mempunyai potensi untuk menjangkiti semula perumah walaupun terdapat usaha vaksinasi global6,7. Varian terbaharu, Omicron, atau B.1.1.529, telah ditetapkan pada November 2021 sebagai VOC sejurus selepas pengenalan awalnya di Afrika Selatan dan Botswana1. Sub-keturunan Omicron BA.1, BA.2, dan BA.3 telah tersebar di seluruh dunia, menjadi varian Omicron dominan awal, diikuti oleh BA.4 dan BA.5 pada minggu-minggu berikutnya1,8. Kecuali vaksin khusus Omicron yang diluluskan baru-baru ini untuk digunakan di UK9 dan US10, vaksin DNA, RNA dan protein keseluruhan yang direka menggunakan jujukan terikan asal telah digunakan sebagai sebahagian daripada usaha mengawal wabak itu. Kajian terbaru telah mengkaji kes baharu jangkitan Omicron yang telah menunjukkan pelepasan daripada antibodi peneutral yang disebabkan oleh vaksin, yang membawa kepada peningkatan kes jangkitan terobosan11,12. Virus ini telah bermutasi dengan ketara kepada VOC sejak wabak awal pada Disember 2019. Antibodi yang disebabkan oleh vaksin yang mampu mengikat protein spike yang telah meneutralkan varian sebelumnya kelihatan kurang berkesan, dan titer antibodi semakin berkurangan dari semasa ke semasa13,14. Imuniti pengantara antibodi yang diperoleh hasil daripada pendedahan sebelumnya kepada VOC sebelum ini dianggap mencukupi untuk mencegah jangkitan Omicron, namun, disebabkan gabungan antibodi yang semakin berkurangan dan mutasi varian, imuniti pasca COVID-19 tidak memberikan perlindungan lengkap terhadap jangkitan semula oleh Omicron15.

faedah tambahan cistanche-meningkatkan imuniti

Kajian kami tentang genomik jangkitan virus dan jangkitan semula daripada Omicron dan sub-garis keturunannya menggunakan set data berasaskan Denmark yang terdiri daripada genom SARS-CoV-2 yang dianalisis melalui NGS. Setiap entri telah dianotasi dengan metadata untuk berlakunya jangkitan semula. Analisis menunjukkan bahawa jangkitan semula melalui VOC Omicron berlaku pada kekerapan yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan jangkitan semula sebelumnya melalui VOC bukan Omicron. Analisis lanjut sub-keturunan mendedahkan bahawa jangkitan semula Omicron-Omicron berlaku dalam selang masa yang lebih singkat berbanding dengan jangkitan semula VOC bukan Omicron sebelumnya. Ini menunjukkan bahawa varian Omicron lebih berkebolehan dan lebih pantas untuk menjangkiti semula hos daripada yang kita lihat setakat ini dalam wabak itu. Potensi mutasi yang mendorong pembentukan VOC baharu dan dengan itu jangkitan semula perlu dipantau selama-lamanya untuk memaklumkan dasar kesihatan awam yang berterusan dan membangunkan modaliti farmaseutikal. Analisis yang dibentangkan di sini ialah contoh penyelidikan yang tidak mungkin dilakukan tanpa set data yang mantap dan pemantauan genomik yang berterusan. NGS genom virus yang muncul perlu diteruskan di seluruh dunia dengan metadata yang lebih terperinci untuk membolehkan cerapan yang lebih baik tentang perkembangan SARS-CoV-2. Penyatuan set data berbeza yang menyampaikan jujukan genom virus, metadata dan rekod kesihatan perubatan setiap individu yang dijangkiti atau dijangkiti semula adalah penting untuk matlamat ini dicapai.

Keputusan

SARS-CoV-2 Data Penjujukan Generasi Seterusnya

faedah suplemen cistanche-bagaimana untuk menguatkan sistem imun

Klik di sini untuk melihat produk Cistanche Enhance Immunity

【Minta lebih lanjut】 E-mel:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Kami melaporkan analisis kami tentang Konsortium Genom COVID{0}} Denmark yang boleh diakses melalui GISAID yang meneliti kes individu jangkitan semula hos merentas VOC, termasuk sub-keturunan3. Pada masa ini terdapat 21,708 entri jangkitan semula tersedia mulai 1 Mac 2020 hingga 28 Ogos 2022. Setiap entri melaporkan tarikh pengumpulan tepat kedua-dua jangkitan awal dan jangkitan semula untuk individu yang sama, bersama-sama dengan jujukan NGS untuk genom virus jangkitan kedua. Jangkitan utama dan titik masa jangkitan semula direkodkan sebagai metadata hos, membolehkan tempoh antara jangkitan diukur. Sebahagian kecil entri dataset (7595) melaporkan keturunan Pango virus kedua-dua jangkitan, sebagai tambahan kepada tarikh pengumpulan, dan data NGS untuk jangkitan awal dan sampel jangkitan semula daripada individu yang sama. Tatanama keturunan Pango menggunakan NGS untuk mengklasifikasikan secara filogenetik virus berdasarkan komposisi genomnya yang membawa kepada pengenalpastian strain virus16,17. Majoriti set data tidak mempunyai data NGS untuk jangkitan awal dan sebaliknya bergantung pada ujian tindak balas rantai polimer transkripase terbalik (rtPCR) untuk menentukan sama ada subjek positif SARS-CoV-2 pada tarikh yang dilaporkan. Ujian rtPCR tidak menyatakan keturunan Pango virus, dan oleh itu sampel tersebut tidak dimasukkan dalam analisis yang ditunjukkan dalam Rajah 1. Oleh kerana sampel masih mengandungi jangkitan awal yang disahkan, mereka hanya dimasukkan dalam Rajah 2a, sebagai NGS bagi jangkitan semula memberikan pengesahan varian keturunan Pango yang diperlukan untuk analisis. Subset kecil kes, 70, (<1% of total cases) had identical Pango lineages for the initial infection and reinfection. These cases were removed from the dataset because they did not satisfy the strict Pango lineage filtering methodology. This threshold was chosen because even with small nucleotide or amino acid differences within the same Pango lineage, those entries could be consistent with persistent and unresolved infection rather than reinfection18.

Peratus kes jangkitan semula dan selang mengikut varian

Bagi setiap VOC berciri NGS yang ditemui dan dilaporkan dengan data keturunan Pango yang berkaitan, kami mendapati kekerapan jangkitan semula yang semakin meningkat yang memihak kepada jangkitan semula dengan Omicron VOC (p < 0.0001, ujian Chi kuasa dua) (Rajah 1a). 26% daripada individu yang dijangkiti strain virus asal menunjukkan kekerapan jangkitan semula yang semakin tinggi dengan varian berikutnya. Mereka yang pada mulanya dijangkiti dengan varian Alpha tidak mempunyai kes jangkitan semula disebabkan oleh Alpha; walau bagaimanapun, peningkatan kekerapan jangkitan semula daripada Delta (2.3%, 169 kes) dan Omicron (25.1%, 1875 kes) diperhatikan (Rajah 1a). Bagi mereka yang pada mulanya dijangkiti Delta, jangkitan semula disebabkan oleh varian Delta adalah terhad (<1%, 18 cases), but 41% (3060 cases) were reported for Omicron variant reinfections. Thus far in the pandemic, reinfection within the same variant but different sub-lineages, other than for Omicron, was found to be small (0.3%, 24 cases), yet a higher number of individuals initially infected with Omicron report reinfection due to Omicron sublineages (4.6%, 340 cases). There is a high frequency of reinfection with Omicron among all those reinfected since March 2020, during which time a total of 93.2% reinfections were due to Omicron. These results suggest that primary infection with either the Original, Alpha, or Delta variant does not provide sufficient protection against reinfection, in particular for an Omicron reinfection.

faedah suplemen cistanche-bagaimana untuk menguatkan sistem imun

Untuk menyiasat perkara ini dengan lebih lanjut, kami mengstratifikasikan kes jangkitan semula Omicron-ke Omicron mengikut sebutan sub-keturunan utama mereka (Rajah 1b). Keturunan BA.2, BA.4, dan BA.5 berkongsi rapat urutan asid amino lonjakan berbanding dengan keturunan Omicron yang lain. Terdapat hanya tiga perbezaan mutasi dalam protein spike antara BA.2 dan kedua-dua BA.4 dan BA.5: del69-70, L452R dan F486V8. Walaupun persamaan ini, kekerapan jangkitan semula Omicron-ke-Omicron yang tinggi telah dilaporkan dengan perbezaan yang ketara antara taburan kiraan yang diperhatikan dan taburan kiraan yang dijangka, menunjukkan bahawa terdapat hubungan antara sub-garis keturunan Omicron untuk jangkitan semula dan bukan disebabkan oleh peluang (p < 0.0001, Ujian Khi kuasa dua) (Rajah 1b). Individu yang pada mulanya dijangkiti sub-keturunan BA.1 menyumbang kekerapan tinggi jumlah jangkitan semula Omicron-to-Omicron (62%, 211 kes) dengan jangkitan kedua yang kebanyakannya disebabkan oleh BA.2 (20%, 68 kes) atau BA .5 (30%, 102 kes) (Rajah 1b). Begitu juga, individu yang pada mulanya dijangkiti BA.2 menunjukkan kekerapan jangkitan semula yang tinggi (38%, 129 kes) dengan BA.5 (26.2%, 89 kes) (Rajah 1b). Jangkitan yang ditetapkan sebagai "Lain-lain" dalam Rajah 1b tidak mempunyai tatanama umum yang mentakrifkan keturunan. Frekuensi tinggi jangkitan semula menunjukkan bahawa perbezaan yang dicirikan dalam protein pancang BA.1 atau BA.2 dan BA.5 cukup tinggi untuk menghalang keupayaan antibodi peneutral pasca jangkitan daripada BA.1 atau BA.2 untuk mengikat kepada BA. .5 spike protein12,16. Keturunan BA.1, BA.4 dan varian Omicron beranotasi lain yang lebih rendah mempunyai tahap kejangkitan semula yang lebih rendah berbanding BA.2 dan BA.5.

Rajah 1 Peratusan Kes Jangkitan Semula dan Selang Mengikut Varian. Peta haba yang menunjukkan kekerapan jumlah jangkitan semula antara dua varian untuk kedua-dua jangkitan awal dan jangkitan semula di Denmark. Kiraan mentah ditunjukkan di bawah nilai kekerapan dalam kurungan. Tiada data tersedia untuk petak putih kosong. n=7467 kes jangkitan semula. b Peta haba menunjukkan kekerapan jangkitan semula antara jangkitan Omicron awal dan jangkitan Omicron kedua oleh sub-linage di Denmark. Kiraan mentah ditunjukkan di bawah nilai kekerapan dalam kurungan. Tiada data tersedia untuk petak putih kosong. n=340 Kes jangkitan semula Omicron-to-Omicron. c Scatterplot menunjukkan masa antara kes (minggu) untuk jangkitan pertama dan kedua dari varian yang berbeza di Denmark. Cara kumpulan ditunjukkan dengan bar hitam. Petak merah menyerlahkan beberapa kes awal Omicron-ke-Omicron yang disebut dalam teks yang berlaku sebelum tempoh 10-minggu. n=7467 kes jangkitan semula. d Scatterplot untuk masa antara kes (minggu) untuk jangkitan Omicron-to-Omicron mengikut keturunan di Denmark. Cara kumpulan ditunjukkan dengan bar hitam. Petak merah menyerlahkan kes awal Omicron-ke-Omicron yang disebut dalam teks yang berlaku sebelum 10-tempoh minggu untuk sub-keturunan tertentu. n=340 Kes jangkitan semula Omicron-to-Omicron.

Rajah 2 Peratusan jangkitan semula dan kiraan penjujukan. peratusan penjujukan Denmark dari semasa ke semasa berstrata mengikut varian yang diwakili sebagai plot garis dengan tindanan plot bar mewakili peratusan jangkitan kedua yang distrata oleh varian yang termasuk data NGS dan rtPCR. b Kiraan penjujukan seluruh dunia berstrata mengikut benua dalam tempoh selang satu bulan. Data tersebut juga ditunjukkan sebagai peratusan kes yang disusun dalam tempoh satu bulan dalam angka tambahan 2.

Penurunan antibodi peneutralan berikutan jangkitan menimbulkan kebimbangan tentang berapa lama imuniti semula jadi akan bertahan dalam individu tertentu. Model Pra-Omicron menganggarkan lebih daripada 90% keberkesanan imuniti awal selepas jangkitan, tetapi anggaran ini menurun kepada kurang daripada 10% selepas 108 minggu19. Rajah 1c dan d menunjukkan masa antara jangkitan oleh VOC pertama dan kedua yang dilihat sepanjang wabak itu. Aliran langkah demi langkah peningkatan masa untuk jangkitan semula ditunjukkan antara VOC yang berbeza disebabkan oleh masa kemunculan, penyebaran dan penguasaan mereka dalam wabak (Rajah 1c). Khususnya, kejadian jangkitan semula Omicron-ke-Omicron muncul dalam masa 3 minggu selepas jangkitan awal, dengan purata 22 minggu (Rajah 1c). Daripada jangkitan semula Omicron-to-Omicron ini, 50 daripada jumlah 340 (14.7%) kes berlaku dalam tempoh 10 minggu dari jangkitan awal; ditandakan dengan kotak merah dalam Rajah 1c. Ujian-t telah dijalankan untuk kepentingan masa antara jangkitan semula Omicron-to-Omicron ini yang berlaku sebelum dan selepas 10 minggu. Kedua-dua subkumpulan ini menunjukkan kepentingan purata masa jangkitan semula (p <0.0001, 95% CI: 17.17–20.19). Ini membawa kepada analisis lanjut untuk menentukan apa yang boleh menyebabkan pengedaran bimodal yang ketara ini dalam kumpulan jangkitan semula Omicron-Omicron. Jangkitan semula ini daripada Rajah 1c berstrata mengikut sub-keturunan dalam Rajah 1d. Kejadian jangkitan semula sebelum 10 minggu, ditandakan dengan kotak merah dalam Rajah 1d, kebanyakannya dikaitkan dengan BA.1 dahulu dan kemudian jangkitan semula dengan BA.2. Analisis Varians (ANOVA) telah dijalankan (data tambahan 1) antara kumpulan ini dalam Rajah 1d menunjukkan kepentingan antara perbezaan min untuk majoriti disebabkan oleh ketersediaan data NGS yang diproses menggunakan bioinformatik untuk mendedahkan garis keturunan Pango sampel dalam dataset .

Peratus kes jangkitan semula

Menggunakan set data gabungan kedua-dua sampel NGS dan rtPCR seperti yang diterangkan sebelum ini, bilangan jangkitan semula yang lebih tinggi telah dilaporkan dalam tempoh lapan bulan yang lalu (2 Disember021 hingga Julai 2022) berbanding VOC lain pada tahun lepas (Rajah . 2a). Perkadaran sub-keturunan Omicron terhadap jumlah jangkitan di Denmark diperincikan dalam rajah tambahan. 1. Semasa gelombang jangkitan Omicron global, Denmark mempunyai bahagian puncak jangkitan semula sebanyak 19.5% daripada jumlah sampel kes pada Julai 2022. Sebagai perbandingan, puncak pada 1.4% daripada jumlah kes semasa gelombang Delta dilaporkan sebagai jangkitan semula. Perbezaan ini menyerlahkan tahap tinggi jangkitan semula yang diperhatikan semasa perkembangan wabak ke dalam VOC Omicron. Tambahan pula, data menunjukkan bahawa apabila varian jangkitan dominan diagihkan hampir sama rata pada 50% antara Delta dan Omicron, tidak terdapat pengedaran jangkitan semula yang sama rata. Jangkitan semula pada masa itu, Disember 2021, disebabkan oleh Delta dalam 0.6% kes, dan oleh Omicron dalam 1.6% kes. Ini adalah penemuan penting antara Delta dan Omicron kerana kemungkinan pendedahan adalah lebih kurang sama, tetapi kemungkinan jangkitan semula tidak.

Perbincangan

Keputusan kami dalam petikan data serantau yang tersedia ini menggambarkan dua konsep asas. Pertama, individu sedang dijangkiti semula dengan SARS-COV-2, dan jangkitan semula Omicron-to-Omicron nampaknya berlaku lebih hampir bersama-sama dengan kekerapan yang lebih tinggi daripada yang dilihat untuk jangkitan semula yang dikaitkan dengan VOC sebelumnya. Sebilangan kajian terdahulu mengkaji kekerapan jangkitan semula dalam SARS-CoV-2, termasuk Omicron, dan sementara jenis kajian ini memberikan cerapan berharga, mereka selalunya terhad kepada data PCR sahaja6,7,20 dan tidak menamakan garis keturunan Pango sekali gus menyekat keupayaan untuk mendapatkan pandangan tentang wabak itu. Kedua, terdapat keperluan berterusan untuk NGS dengan metadata klinikal pesakit yang disertakan untuk terus memerhatikan perubahan dalam kadar jangkitan virus dan keberkesanan vaksin. Penjejakan genomik yang berkesan membolehkan kami memahami trend dalam keterjangkitan virus dan menilai tahap ancaman semasa VOC yang muncul. Kami telah melihat tahap kerjasama saintifik di seluruh dunia yang belum pernah terjadi sebelumnya yang bertujuan untuk menangkap urutan virus daripada individu yang dijangkiti untuk membina pangkalan data yang dihadapi oleh orang ramai. Kerjasama ini telah menyediakan data berharga kepada orang ramai supaya kami boleh memantau perubahan dalam genomik virus, menjalankan kajian epidemiologi, membimbing dasar kesihatan awam dan memaklumkan reka bentuk vaksin3. Walaupun GISAID mempunyai lebih 12 juta jujukan yang tersedia pada masa analisis ini, kadar jujukan semasa menurun dengan ketara3. Pecahan kiraan NGS mengikut benua ditunjukkan dengan penurunan baru-baru ini di Amerika Utara dan Eropah (Rajah 2b). Penurunan ini memberi kesan negatif kepada keupayaan komuniti saintifik kami untuk menganalisis SARS-CoV-2 dan COVID-19 kerana data keturunan Pango hanya boleh dijana daripada data NGS. Tambahan pula, penjujukan genomik yang tersedia pada masa ini sering dilaporkan sebagai sama ada jangkitan awal atau jangkitan semula, tetapi jangkitan awal dan data NGS jangkitan semula biasanya tidak dilaporkan bersama untuk individu yang sama. Dataset Denmark menggambarkan kepentingan melaporkan data NGS setiap individu, sebagai cara untuk menganalisis risiko jangkitan semula. Ini adalah kohort unik dalam pangkalan data GISAID kerana terdapat 21,708 genom beranotasi baik dari Denmark yang digunakan dalam kajian ini. Kurang daripada 2,000 genom jangkitan semula beranotasi tambahan tersedia di seluruh Dunia dengan tahap perincian jangkitan semula yang terhad dan selalunya tiada kaitan pesakit. Saiz kajian ini, serta saiz relatif Denmark dan kepadatan penduduk, sesuai untuk membantu mengurangkan berat sebelah dalam analisis. Memandangkan jangkitan semula menjadi lebih biasa untuk bukan sahaja jangkitan kedua, tetapi jangkitan ketiga dan keempat, data yang dilaporkan di seluruh dunia boleh memberikan lebih banyak maklumat tentang jangkitan semula. Selain itu, jangkitan kronik boleh dianalisis dengan teliti dengan pelbagai analisis NGS pada sampel dari semasa ke semasa untuk memahami cara virus berkembang dalam hos tertentu.

Jangkitan semula boleh dipengaruhi oleh berat sebelah luar bukan biologi seperti tempoh penutupan dan langkah perlindungan seperti topeng, vaksin dan pelbagai sekatan. Penutupan negara telah dilaksanakan di Denmark pada 11 Mac 2020, dengan dua fasa pembukaan semula berlaku sejurus selepas itu pada 6 April dan pada 27 Mei. Sekatan nasional kedua telah dilaksanakan pada 16 Disember 2020 dengan pembukaan semula berikutan dalam dua fasa pada 16 Februari dan 1 Mac 2021. Semua sekatan, seperti keperluan topeng, had saiz pada perhimpunan, dan sekatan operasi perniagaan telah dialih keluar pada September 2021 Walaupun mengembalikan semula sekatan ini untuk membantu mengurangkan penyebaran virus dari Disember 2021 hingga Februari 2022, 7084 kes jangkitan semula Omicron yang diperhatikan dalam tempoh ini menunjukkan peningkatan daripada 1.5 kepada 6%, tahap jangkitan semula yang tidak pernah dilihat sebelum ini (Rajah 2a). Denmark menjadi negara pertama di dunia yang menghentikan program vaksinasi mereka, menghentikan vaksinasi primer pada 15 Mei 2022. Alasannya menyatakan bahawa 81% negara telah divaksinasi dan 62% telah menerima penggalak ketiga pada Februari 2022. Menamatkan program vaksinasi boleh berpotensi menyebabkan peningkatan dalam jangkitan primer dan kadar jangkitan semula kerana masih terdapat sebahagian besar individu yang tidak divaksinasi di Denmark 21–24. Kebimbangan dalam pandemik-19 COVID ialah jangkitan terobosan akan berlaku pada individu yang divaksin daripada varian dan sub-keturunan mereka disebabkan penurunan titer antibodi yang meneutralkan13,14. Kami tidak dapat menganalisis ini dalam kajian kami kerana metadata yang mengiringi jenis vaksin, bilangan dos yang diterima dan tarikh pentadbiran tidak wujud. Metadata vaksinasi dan banyak lagi, seperti umur atau keadaan kesihatan yang sedia ada, boleh membenarkan analisis jangkitan semula pada tahap perlindungan atau risiko dengan lebih terperinci berdasarkan kes demi kes. Kajian telah menggunakan metadata jenis ini untuk analisis jangkitan semula Omicron, tetapi data NGS yang mentakrifkan garis keturunan Pango tidak hadir sebagai pengganti rtPCR25,26. Analisis di Qatar dihadkan oleh rtPCR tetapi membuat kesimpulan bahawa terhadap BA.4 atau BA.5 hadir pada tahap sederhana daripada jangkitan bukan Omicron sebelumnya tetapi lebih kuat selepas jangkitan Omicron. Individu masih boleh dijangkiti semula tanpa mengira varian jangkitan pertama, tetapi menariknya ini tidak banyak berubah bagi individu yang divaksinasi. Individu yang divaksinasi dicadangkan untuk mempunyai perlindungan yang lebih tinggi sedikit daripada jangkitan semula. Penemuan daripada kajian di Qatar diperolehi oleh ujian rtPCR positif yang direka untuk penghapusan protein Spike biasa yang dikaitkan dengan tarikh varian dominan, BA.4 atau BA.5. Memandangkan pemadaman ini terdapat dalam berbilang sub-keturunan Omicron, BA.4 dan BA.5, ia tidak boleh dipisahkan untuk analisis tanpa pengesahan garis keturunan Pango oleh NGS20. Kami amat percaya bahawa penjujukan generasi seterusnya bagi sampel SARS CoV-2 mesti diteruskan dengan penambahan metadata yang menerangkan hos. Walaupun penurunan dalam penjujukan adalah membimbangkan, penyepaduan data manusia tunggal ke atas berbilang sumber merupakan perkembangan penting ke arah menemui cerapan baharu tentang COVID-19. Sebagai contoh, adalah penting untuk memautkan penjujukan generasi seterusnya untuk pengecaman genom virus, rekod perubatan untuk memeriksa umur dan keadaan sedia ada serta metadata untuk menjejak masa dan status jangkitan semula.

sistem imun yang meningkatkan tumbuhan cistanche

Dalam kes jangkitan semula, maklumat penjujukan yang mencirikan kedua-dua masa antara jangkitan dan komposisi genom virus bagi setiap jangkitan adalah penting untuk memaklumkan cadangan kesihatan awam yang tepat dan mereka bentuk farmaseutikal yang berkesan dan tahan lama. Kajian kami mencadangkan bahawa jangkitan semula dengan Omicron VOC berlaku pada frekuensi yang lebih tinggi dan dalam selang masa yang lebih pendek daripada yang diperhatikan untuk VOC lain sebelum ini semasa wabak. Ini mempunyai implikasi yang ketara kepada penggubal dasar kesihatan awam. Analisis yang dibentangkan di sini ialah contoh penyelidikan yang tidak akan dapat dilakukan tanpa set data teguh ini yang perlu meneruskan NGS Worldwide dan dipertingkatkan lagi oleh kesatuan set data yang menyampaikan setiap jujukan genom virus, metadata dan kesihatan perubatan individu yang dijangkiti atau dijangkiti semula. rekod.

Kajian kami mencadangkan bahawa jangkitan semula dengan Omicron VOC berlaku pada kekerapan yang lebih tinggi dan dalam selang masa yang lebih singkat daripada yang diperhatikan untuk VOC lain sebelum ini semasa wabak; walau bagaimanapun, keupayaan kami untuk mengukur dan mengukur penyebaran virus telah berkurangan secara eksponen disebabkan oleh penurunan pembiayaan/ keupayaan/ untuk menyusun sampel pesakit secara berterusan.

Rujukan

1. Viana, R. et al. Peluasan wabak pesat varian SARS-CoV-2 Omicron di selatan Afrika. Alam 603, 679–686 (2022).

2. Oliu-Barton, M. et al. Penghapusan berbanding pengurangan SARS-CoV-2 dengan adanya vaksin yang berkesan. Lancet Glob. Kesihatan 10, e142–e147 (2022).

3. Khare, S. et al. Peranan GISAID dalam tindak balas wabak. China CDC Wkly. 3, 1049–1051 (2021).

4. Gómez, CE, Perdiguero, B. & Esteban, M. Varian SARS-CoV-2 yang muncul dan kesan dalam program vaksinasi global terhadap SARS-CoV-2/COVID-19. Vaksin 9, 243 (2021).

5. Wu, H. et al. Mutasi nukleokapsid R203K/G204R meningkatkan infektiviti, kecergasan dan virulensi SARS-CoV-2. Mikrob Hos Sel 29, 1788–1801.e6 (2021).

6. Rahman, S. et al. Jangkitan semula COVID-19 dalam kalangan individu yang dijangkiti secara semula jadi dan divaksin. Sci. Rep. 12, 1438 (2022).

7. Pulliam, JRC et al. Peningkatan risiko jangkitan semula SARS-CoV-2 yang dikaitkan dengan kemunculan Omicron di Afrika Selatan. Sains 376, eabn4947 (2022).

8. Tegally, H. et al. Kemunculan SARS-CoV-2 Omicron keturunan BA.4 dan BA.5 di Afrika Selatan. Nat. Med. 28, 1785–1790 (2022).

9. Mahase, E. Covid-19: UK akan melancarkan vaksin omicron BA.1 Moderna sebagai sebahagian daripada program penggalak musim luruh. BMJ 378, o2038 (2022).

10. CDC. CDC Mengesyorkan Penggalak COVID-19 Pertama yang Dikemas kini. https://www. cdc.gov/media/releases/2022/s0901-covid-19-booster.html (2022).

11. Yu, J. et al. Peneutralan varian SARS-CoV-2 Omicron BA.1 dan BA.2. N. Inggeris. J. Med. 386, 1579–1580 (2022).

12. Tuekprakhon, A. et al. Antibodi melarikan diri SARS-CoV-2 Omicron BA.4 dan BA.5 daripada vaksin dan serum BA.1. Sel 185, 2422–2433.e13 (2022).

13. Kurhade, C. et al. Peneutralan Omicron BA.1, BA.2 dan BA.3 SARS CoV-2 dengan 3 dos vaksin BNT162b2. Nat. Commun. 13, 3602 (2022).

14. Woodbridge, Y., Amit, S., Huppert, A. & Kopelman, NM Dinamik beban virus bagi varian SARS-CoV-2 Delta dan Omicron berikutan berbilang dos vaksin dan jangkitan sebelumnya. Nat. Commun. 13, 6706 (2022).

15. Goldberg, Y. et al. Perlindungan dan Penurunan Kekebalan Semulajadi dan Hibrid kepada SARS-CoV-2. N. Inggeris. J. Med. 386, 2201–2212 (2022).

16. Rambaut, A. et al. Cadangan tatanama dinamik untuk silsilah SARS-CoV-2 untuk membantu epidemiologi genom. Nat. mikrobiol. 5, 1403–1407 (2020).

17. O'Toole, Á., et al. Penetapan garis keturunan epidemiologi dalam pandemik yang muncul menggunakan Alat Trenggiling. Virus Evol. 7, veab064 (2021).

18. Weigang, S. et al. Evolusi dalam hos SARS-CoV-2 dalam pesakit COVID-19 imunosupresi sebagai sumber varian pelarian imun. Nat. Commun. 12, 6405 (2021).

19. Prillaman, M. Satu jangkitan coronavirus menangkis yang lain—tetapi hanya jika ia adalah varian yang serupa. Alam Semula Jadi https://doi.org/10.1038/d41586-022-01914-6 (2022)

20. Altarawneh, HN et al. Kesan perlindungan jangkitan SARS-CoV-2 sebelumnya terhadap subvarian Omicron BA.4 dan BA.5. N. Inggeris. J. Med 387, 1620–1622 (2022).

21. Danielsen, S., Joensen, A., Andersen, PK, Madsen, T. & Strandberg-Larsen, K. Simptom kecederaan diri, bunuh diri dan gangguan makan dalam kalangan dewasa muda berikutan penguncian COVID-19 di Denmark. Nat. Hum. perangai. https://doi. org/10.1038/s41562-022-01511-7. (2023)

22. Peltier E. Denmark, Melimpah Dengan Kes Virus, Mengamalkan Sikap 'Bring It On'. The New York Times https://www.nytimes.com/2022/02/08/world/ europe/denmark-covid-infections.html (2022).

23. Ellyatt H. Denmark menjadi negara pertama yang menghentikan program vaksinasi COVID-19nya. CNBC https://www.cnbc.com/2022/04/28/denmark-the-first country-to-halt-its-covid-vaccination-program.html (2022).

24. Sekatan Covid Denmark ditarik balik walaupun kes meningkat. BBC https://www. bbc.com/news/world-europe-60215200 (2022).

25. Eythorsson, E., Runolfsdottir, HL, Ingvarsson, RF, Sigurdsson, MI & Palsson, R. Kadar jangkitan semula SARS-CoV-2 semasa Gelombang Omicron di Iceland. JAMA Netw. Buka 5, e2225320 (2022).

26. Carazo, S. et al. Anggaran perlindungan jangkitan SARS-CoV-2 terdahulu daripada jangkitan semula dengan varian Omicron dalam kalangan individu yang divaksinasi dan tidak divaksinasi RNA messenger di Quebec, Kanada. JAMA Netw. Buka 5, e2236670 (2022).

27. Falahi, S. & Kenarkoohi, A. COVID{1}} jangkitan semula: penumpahan berpanjangan atau jangkitan semula benar? N. Mikrob N. Jangkitan. 38, 100812 (2020).

28. Burkholz, S. et al. Kod untuk: Peningkatan Kes SARS-CoV-2 Jangkitan Semula Omicron Mendedahkan Kekebalan Selepas COVID-19 Yang Tidak Berkesan di Denmark dan Menyampaikan Keperluan untuk Penjujukan Generasi Seterusnya yang Berterusan. https://doi. org/10.5281/ZENODO.7659150. (2023).